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- EMDB-16978: Architecture of native chromatin fibres revealed by cryo-ET in situ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16978
タイトルArchitecture of native chromatin fibres revealed by cryo-ET in situ
マップデータMain map
試料
  • 細胞: T-Lymphoblast CEM
キーワードnucleosome / nucleus / histone / DNA / NUCLEAR PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Hou Z / Zhu Y / Zhang P
資金援助 英国, European Union, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
European Research Council (ERC)101021133European Union
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150481 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of native chromatin fibres revealed by Cryo-ET in situ.
著者: Zhen Hou / Frank Nightingale / Yanan Zhu / Craig MacGregor-Chatwin / Peijun Zhang /
要旨: The structure of chromatin plays pivotal roles in regulating gene transcription, DNA replication and repair, and chromosome segregation. This structure, however, remains elusive. Here, using cryo-FIB ...The structure of chromatin plays pivotal roles in regulating gene transcription, DNA replication and repair, and chromosome segregation. This structure, however, remains elusive. Here, using cryo-FIB and cryo-ET, we delineate the 3D architecture of native chromatin fibres in intact interphase human T-lymphoblasts and determine the in situ structures of nucleosomes in different conformations. These chromatin fibres are not structured as uniform 30 nm one-start or two-start filaments but are composed of relaxed, variable zigzag organizations of nucleosomes connected by straight linker DNA. Nucleosomes with little H1 and linker DNA density are distributed randomly without any spatial preference. This work will inspire future high-resolution investigations on native chromatin structures in situ at both a single-nucleosome level and a population level under many different cellular conditions in health and disease.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Structure of Native Chromatin Fibres Revealed by Cryo-ET in situ
著者: Hou Z / Nightingale F / Zhu Y / MacGregor-Chatwin C / Zhang P
履歴
登録2023年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16978.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-0.09056714 - 0.6690163
平均 (標準偏差)0.001749569 (±0.022665832)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 418.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_16978_half_map_1.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_16978_half_map_2.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : T-Lymphoblast CEM

全体名称: T-Lymphoblast CEM
要素
  • 細胞: T-Lymphoblast CEM

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超分子 #1: T-Lymphoblast CEM

超分子名称: T-Lymphoblast CEM / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 6790
抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 10000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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