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- EMDB-16971: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16971
タイトルMutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
マップデータMutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
試料
  • 複合体: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
    • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein Msh2
    • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein Msh3
    • DNA: DNA1
    • DNA: DNA2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードProtein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements / positive regulation of helicase activity / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / centromeric DNA binding / mitotic recombination / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / isotype switching / oxidative phosphorylation / response to UV-B / postreplication repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / response to X-ray / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / protein localization to chromatin / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / male gonad development / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / chromatin binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV ...DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein Msh3 / DNA mismatch repair protein Msh2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Lee J-H / Thomsen M / Daub H / Steinbacher S / Sztyler A / Thieulin-Pardo G / Neudegger T / Plotnikov N / Iyer RR / Wilkinson H ...Lee J-H / Thomsen M / Daub H / Steinbacher S / Sztyler A / Thieulin-Pardo G / Neudegger T / Plotnikov N / Iyer RR / Wilkinson H / Monteagudo E / Felsenfeld DP / Haque T / Finley M / Dominguez C / Vogt TF / Prasad BC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
CHDI Foundation 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
著者: Lee J-H / Thomsen M / Daub H / Steinbacher S / Sztyler A / Thieulin-Pardo G / Neudegger T / Plotnikov N / Iyer RR / Wilkinson H / Monteagudo E / Felsenfeld DP / Haque T / Finley M / Dominguez ...著者: Lee J-H / Thomsen M / Daub H / Steinbacher S / Sztyler A / Thieulin-Pardo G / Neudegger T / Plotnikov N / Iyer RR / Wilkinson H / Monteagudo E / Felsenfeld DP / Haque T / Finley M / Dominguez C / Vogt TF / Prasad BC
履歴
登録2023年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16971.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 320 pix.
= 292.544 Å		0.91 Å/pix.
x 320 pix.
= 292.544 Å		0.91 Å/pix.
x 320 pix.
= 292.544 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9142 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.05603385 - 1.9538882
平均 (標準偏差)0.00086580095 (±0.020997403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 292.544 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)

ファイルemd_16971_half_map_1.map
注釈MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)

ファイルemd_16971_half_map_2.map
注釈MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)

全体名称: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
要素
  • 複合体: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)
    • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein Msh2
    • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein Msh3
    • DNA: DNA1
    • DNA: DNA2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form)

超分子名称: MutSbeta bound to (CAG)2 DNA (open form) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA mismatch repair protein Msh2

分子名称: DNA mismatch repair protein Msh2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.861875 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAVQPKETLQ LESAAEVGFV RFFQGMPEKP TTTVRLFDRG DFYTAHGEDA LLAAREVFKT QGVIKYMGPA GAKNLQSVVL SKMNFESFV KDLLLVRQYR VEVYKNRAGN KASKENDWYL AYKASPGNLS QFEDILFGNN DMSASIGVVG VKMSAVDGQR Q VGVGYVDS ...文字列:
MAVQPKETLQ LESAAEVGFV RFFQGMPEKP TTTVRLFDRG DFYTAHGEDA LLAAREVFKT QGVIKYMGPA GAKNLQSVVL SKMNFESFV KDLLLVRQYR VEVYKNRAGN KASKENDWYL AYKASPGNLS QFEDILFGNN DMSASIGVVG VKMSAVDGQR Q VGVGYVDS IQRKLGLCEF PDNDQFSNLE ALLIQIGPKE CVLPGGETAG DMGKLRQIIQ RGGILITERK KADFSTKDIY QD LNRLLKG KKGEQMNSAV LPEMENQVAV SSLSAVIKFL ELLSDDSNFG QFELTTFDFS QYMKLDIAAV RALNLFQGSV EDT TGSQSL AALLNKCKTP QGQRLVNQWI KQPLMDKNRI EERLNLVEAF VEDAELRQTL QEDLLRRFPD LNRLAKKFQR QAAN LQDCY RLYQGINQLP NVIQALEKHE GKHQKLLLAV FVTPLTDLRS DFSKFQEMIE TTLDMDQVEN HEFLVKPSFD PNLSE LREI MNDLEKKMQS TLISAARDLG LDPGKQIKLD SSAQFGYYFR VTCKEEKVLR NNKNFSTVDI QKNGVKFTNS KLTSLN EEY TKNKTEYEEA QDAIVKEIVN ISSGYVEPMQ TLNDVLAQLD AVVSFAHVSN GAPVPYVRPA ILEKGQGRII LKASRHA CV EVQDEIAFIP NDVYFEKDKQ MFHIITGPNM GGKSTYIRQT GVIVLMAQIG CFVPCESAEV SIVDCILARV GAGDSQLK G VSTFMAEMLE TASILRSATK DSLIIIDELG RGTSTYDGFG LAWAISEYIA TKIGAFCMFA THFHELTALA NQIPTVNNL HVTALTTEET LTMLYQVKKG VCDQSFGIHV AELANFPKHV IECAKQKALE LEEFQYIGES QGYDIMEPAA KKCYLEREQG EKIIQEFLS KVKQMPFTEM SEENITIKLK QLKAEVIAKN NSFVNEIISR IKVTT

UniProtKB: DNA mismatch repair protein Msh2

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分子 #2: DNA mismatch repair protein Msh3

分子名称: DNA mismatch repair protein Msh3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.618703 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSRRKPASGG LAASSSAPAR QAVLSRFFQS TGSLKSTSSS TGAADQVDPG AAAAAAAAAA AAPPAPPAPA FPPQLPPHIA TEIDRRKKR PLENDGPVKK KVKKVQQKEG GSDLGMSGNS EPKKCLRTRN VSKSLEKLKE FCCDSALPQS RVQTESLQER F AVLPKCTD ...文字列:
MSRRKPASGG LAASSSAPAR QAVLSRFFQS TGSLKSTSSS TGAADQVDPG AAAAAAAAAA AAPPAPPAPA FPPQLPPHIA TEIDRRKKR PLENDGPVKK KVKKVQQKEG GSDLGMSGNS EPKKCLRTRN VSKSLEKLKE FCCDSALPQS RVQTESLQER F AVLPKCTD FDDISLLHAK NAVSSEDSKR QINQKDTTLF DLSQFGSSNT SHENLQKTAS KSANKRSKSI YTPLELQYIE MK QQHKDAV LCVECGYKYR FFGEDAEIAA RELNIYCHLD HNFMTASIPT HRLFVHVRRL VAKGYKVGVV KQTETAALKA IGD NRSSLF SRKLTALYTK STLIGEDVNP LIKLDDAVNV DEIMTDTSTS YLLCISENKE NVRDKKKGNI FIGIVGVQPA TGEV VFDSF QDSASRSELE TRMSSLQPVE LLLPSALSEQ TEALIHRATS VSVQDDRIRV ERMDNIYFEY SHAFQAVTEF YAKDT VDIK GSQIISGIVN LEKPVICSLA AIIKYLKEFN LEKMLSKPEN FKQLSSKMEF MTINGTTLRN LEILQNQTDM KTKGSL LWV LDHTKTSFGR RKLKKWVTQP LLKLREINAR LDAVSEVLHS ESSVFGQIEN HLRKLPDIER GLCSIYHKKC STQEFFL IV KTLYHLKSEF QAIIPAVNSH IQSDLLRTVI LEIPELLSPV EHYLKILNEQ AAKVGDKTEL FKDLSDFPLI KKRKDEIQ G VIDEIRMHLQ EIRKILKNPS AQYVTVSGQE FMIEIKNSAV SCIPTDWVKV GSTKAVSRFH SPFIVENYRH LNQLREQLV LDCSAEWLDF LEKFSEHYHS LCKAVHHLAT VDCIFSLAKV AKQGDYCRPT VQEERKIVIK NGRHPVIDVL LGEQDQYVPN NTDLSEDSE RVMIITGPNM GGKSSYIKQV ALITIMAQIG SYVPAEEATI GIVDGIFTRM GAADNIYKGR STFMEELTDT A EIIRKATS QSLVILDELG RGTSTHDGIA IAYATLEYFI RDVKSLTLFV THYPPVCELE KNYSHQVGNY HMGFLVSEDE SK LDPGAAE QVPDFVTFLY QITRGIAARS YGLNVAKLAD VPGEILKKAA HKSKELEGLI NTKRKRLKYF AKLWTMHNAQ DLQ KWTEEF NMEETQTSLL H

UniProtKB: DNA mismatch repair protein Msh3

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分子 #3: DNA1

分子名称: DNA1 / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.968785 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)

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分子 #4: DNA2

分子名称: DNA2 / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.133979 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.95 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3thz

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 240958
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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