EMDB-16931: NAPE-PLD dimer bound to a nanodisc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-16931

タイトル

NAPE-PLD dimer bound to a nanodisc

マップデータ

試料

複合体: NAPE-PLD bound to a nanodisc

キーワード

NAPE-PLD / Lipid / Membrane / nanodisc / LIPID BINDING PROTEIN

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å

データ登録者

Chaves-Sanjuan A / Garau G / Bolognesi M

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: NAPE-PLD bound to a nanodisc
著者: Chaves-Sanjuan A / Garau G / Bolognesi M

履歴

登録	2023年3月29日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年7月10日	-
マップ公開	2024年7月10日	-
更新	2024年7月10日	-
現状	2024年7月10日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_16931.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_16931.map.gz	85.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-16931-v30.xml emd-16931.xml	14.2 KB 14.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_16931_fsc.xml	12.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_16931.png	66.6 KB
マスクデータ	emd_16931_msk_1.map	178 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-16931.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_16931_half_map_1.map.gz emd_16931_half_map_2.map.gz	165 MB 165 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16931 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16931	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16932C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_16931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.889 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.27
最小 - 最大	-0.18183602 - 1.0821947
平均 (標準偏差)	0.0014977551 (±0.053556494)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_16931_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイル

emd_16931_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_16931_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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全体 : NAPE-PLD bound to a nanodisc

全体	名称: NAPE-PLD bound to a nanodisc
要素	複合体: NAPE-PLD bound to a nanodisc

-
超分子 #1: NAPE-PLD bound to a nanodisc

超分子	名称: NAPE-PLD bound to a nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量	理論値: 42 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

0.6 mg/mL

緩衝液

pH: 7.4
構成要素:

濃度	式	名称
20.0 mM	Tris	Tris
100.0 mM	NaCl	NaCl

グリッド

モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 30mA

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: incubated on grid for 60 s.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2500 / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 214527
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3) / ソフトウェア - 詳細: homogeneus refinement / 使用した粒子像数: 8927
初期角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3) / ソフトウェア - 詳細: homogeneus refinement
最終 3次元分類	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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