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万見
- PDB-8pc4: MEMBRANE TARGET COMPLEX 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pc4
タイトルMEMBRANE TARGET COMPLEX 1
要素N-acyl-phosphatidylethanolamine-hydrolyzing phospholipase D
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane / Target / Dimer / Drug
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylphosphatidylethanolamine-hydrolysing phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / Biosynthesis of A2E, implicated in retinal degradation / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / smooth endoplasmic reticulum membrane / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / phospholipid catabolic process / bile acid binding / photoreceptor outer segment membrane ...N-acetylphosphatidylethanolamine-hydrolysing phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / Biosynthesis of A2E, implicated in retinal degradation / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / smooth endoplasmic reticulum membrane / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / phospholipid catabolic process / bile acid binding / photoreceptor outer segment membrane / temperature homeostasis / positive regulation of brown fat cell differentiation / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of inflammatory response / nuclear envelope / presynaptic membrane / early endosome membrane / postsynaptic membrane / early endosome / neuron projection / Golgi membrane / neuronal cell body / Golgi apparatus / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-acyl-phosphatidylethanolamine-hydrolysing phospholipase D / Beta-lactamase superfamily domain / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Chem-HCZ / N-acyl-phosphatidylethanolamine-hydrolyzing phospholipase D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Garau, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2025
タイトル: NAPE-PLD is target of thiazide diuretics.
著者: Chiarugi, S. / Margheriti, F. / De Lorenzi, V. / Martino, E. / Margheritis, E.G. / Moscardini, A. / Marotta, R. / Chaves-Sanjuan, A. / Del Seppia, C. / Federighi, G. / Lapi, D. / Bandiera, T. ...著者: Chiarugi, S. / Margheriti, F. / De Lorenzi, V. / Martino, E. / Margheritis, E.G. / Moscardini, A. / Marotta, R. / Chaves-Sanjuan, A. / Del Seppia, C. / Federighi, G. / Lapi, D. / Bandiera, T. / Rapposelli, S. / Scuri, R. / Bolognesi, M. / Garau, G.
履歴
登録2023年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_contact_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_contact_author.email / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acyl-phosphatidylethanolamine-hydrolyzing phospholipase D
B: N-acyl-phosphatidylethanolamine-hydrolyzing phospholipase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,29019
ポリマ－91,3092
非ポリマー5,98117
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.389, 94.389, 442.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 57 through 71 or resid 73...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 57 through 71 or resid 73...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERTHRTHRAA57 - 7157 - 71
d_12LYSLYSPROPROAA73 - 7573 - 75
d_13ILEILEPROPROAA77 - 11577 - 115
d_14GLUGLUARGARGAA117 - 166117 - 166
d_15SERSERARGARGAA168 - 314168 - 314
d_16PHEPHELEULEUAA316 - 370316 - 370
d_17ALAALAASNASNAA372 - 388372 - 388
d_18ZNZNZNZNAC401
d_19ZNZNZNZNAD402
d_1103PE3PE3PE3PEAE403
d_111DXCDXCDXCDXCAF404
d_112DXCDXCDXCDXCAG405
d_113DXCDXCDXCDXCAH406
d_114DXCDXCDXCDXCAI407
d_115DXCDXCDXCDXCAJ408
d_21SERSERTHRTHRBB57 - 7157 - 71
d_22LYSLYSPROPROBB73 - 7573 - 75
d_23ILEILEPROPROBB77 - 11577 - 115
d_24GLUGLUARGARGBB117 - 166117 - 166
d_25SERSERARGARGBB168 - 314168 - 314
d_26PHEPHELEULEUBB316 - 370316 - 370
d_27ALAALAASNASNBB372 - 388372 - 388
d_28ZNZNZNZNBN603
d_29ZNZNZNZNBO604
d_2103PE3PE3PE3PEBP605
d_211DXCDXCDXCDXCAK409
d_212DXCDXCDXCDXCBL601
d_213DXCDXCDXCDXCBM602
d_214DXCDXCDXCDXCBQ606
d_215DXCDXCDXCDXCBR607

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.457594414051, -0.877942766307, -0.140797199256), (-0.877979962222, 0.421106632606, 0.227640923191), (-0.140565067372, 0.227784334546, -0.963512199596)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.457594414051, -0.877942766307, -0.140797199256), (-0.877979962222, 0.421106632606, 0.227640923191), (-0.140565067372, 0.227784334546, -0.963512199596)
ベクター: 44.4991379076, -30.2500232542, 362.034219848)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N-acyl-phosphatidylethanolamine-hydrolyzing phospholipase D / N-acyl phosphatidylethanolamine phospholipase D / NAPE-PLD / NAPE-hydrolyzing phospholipase D


分子量: 45654.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAPEPLD, C7orf18 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
参照: UniProt: Q6IQ20, N-acetylphosphatidylethanolamine-hydrolysing phospholipase D

-
非ポリマー , 5種, 55分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-HCZ / 6-chloro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine-7-sulfonamide 1,1-dioxide / ヒドロクロロチアジド


分子量: 297.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8ClN3O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→88.47 Å / Num. obs: 35073 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 87.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.86→3.02 Å / Rmerge(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4539

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→54.75 Å / SU ML: 0.5135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.9187
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3011 1468 5.17 %
Rwork0.2651 26937 -
obs0.2669 28405 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→54.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5457 0 389 38 5884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26128382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0678892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.92462197
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.82148408728 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.950.51181540.46812577X-RAY DIFFRACTION98.56
2.95-3.070.43461460.42462580X-RAY DIFFRACTION99.02
3.07-3.210.38281310.35372640X-RAY DIFFRACTION99.5
3.21-3.380.3361370.33342652X-RAY DIFFRACTION99.54
3.38-3.590.351440.322628X-RAY DIFFRACTION99.53
3.59-3.870.30421360.27292672X-RAY DIFFRACTION99.57
3.87-4.260.25531510.24222697X-RAY DIFFRACTION99.93
4.26-4.870.23481410.21942727X-RAY DIFFRACTION99.86
4.87-6.130.33411600.23112765X-RAY DIFFRACTION99.97
6.14-54.750.27051680.24232999X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.91861123212 Å / Origin y: 25.4107830206 Å / Origin z: 187.556216922 Å
111213212223313233
T0.921180366191 Å20.205877195543 Å20.028110544058 Å2-0.404430574264 Å2-0.052029358794 Å2--0.550016794814 Å2
L2.44905609561 °20.0461597490002 °21.04261779268 °2-0.909053585493 °20.189780647051 °2--1.93092398003 °2
S0.0182716997203 Å °0.0354099339788 Å °-0.0960513951019 Å °0.145555179622 Å °-0.0276515789406 Å °0.0214216050624 Å °-0.148105601556 Å °0.148081010159 Å °0.0367984021471 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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