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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Human apo pseudouridine synthase 3 (PUS3) | ||||||||||||
![]() | human full-legnth apo PUS3 | ||||||||||||
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![]() | RNA modification / pseudouridylation / tRNA / homodimer / RNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA pseudouridine38/39 synthase / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | ||||||||||||
![]() | Lin T-Y / Glatt S / Koziej L | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human apo pseudouridine synthase 3 (PUS3) 著者: Lin T-Y / Glatt S | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 30.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 26.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 672.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 672.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9f9qM M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | human full-legnth apo PUS3 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : homodimer of PUS3
全体 | 名称: homodimer of PUS3 |
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要素 |
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-超分子 #1: homodimer of PUS3
超分子 | 名称: homodimer of PUS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 550 KDa |
-分子 #1: pseudouridine syntase 3
分子 | 名称: pseudouridine syntase 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA pseudouridine38/39 synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AMADNDTDRN QTEKLLKRVR ELEQEVQRLK KEQAKNKEDS NIRENSAGAG KTKRAFDFSA HGRRHVALRI AYMGWGYQGF ASQENTNNTI EEKLFEALTK TRLVESRQTS NYHRCGRTAK GVSAFGQVIS LDLRSQFPRG RDSEDFNVKE EANAAAEEIR YTHILNRVLP ...文字列: AMADNDTDRN QTEKLLKRVR ELEQEVQRLK KEQAKNKEDS NIRENSAGAG KTKRAFDFSA HGRRHVALRI AYMGWGYQGF ASQENTNNTI EEKLFEALTK TRLVESRQTS NYHRCGRTAK GVSAFGQVIS LDLRSQFPRG RDSEDFNVKE EANAAAEEIR YTHILNRVLP PDIRILAWAP VEPSFSARFS CLERTYRYFF PRADLDIVTM DYAAQKYVGT HDFRNLCKMD VANGVINFQR TILSAQVQLV GQSPGEGRWQ EPFQLCQFEV TGQAFLYHQV RCMMAILFLI GQGMEKPEII DELLNIEKNP QKPQYSMAVE FPLVLYDCKF ENVKWIYDQE AQEFNITHLQ QLWANHAVKT HMLYSMLQGL DTVPVPCGIG PKMDGMTEWG NVKPSVIKQT SAFVEGVKMR TYKPLMDRPK CQGLESRIQH FVRRGRIEHP HLFHEEETKA KRDCNDTLEE ENTNLETPTK RVCVDTEIKS II UniProtKB: tRNA pseudouridine(38/39) synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 8 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7353 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 3.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |