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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state active site | |||||||||||||||||||||
![]() | Full map locally filtered by resolution | |||||||||||||||||||||
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![]() | DNA / Polymerase / Complex / TRANSFERASE | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA polymerase activity / DNA polymerase complex / bidirectional double-stranded viral DNA replication / 5'-3' exonuclease activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / ribonuclease H / SOS response / base-excision repair, gap-filling ...DNA polymerase activity / DNA polymerase complex / bidirectional double-stranded viral DNA replication / 5'-3' exonuclease activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / ribonuclease H / SOS response / base-excision repair, gap-filling / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Gustavsson E / Grunewald K / Elias P / Hallberg BM | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dynamics of the Herpes simplex virus DNA polymerase holoenzyme during DNA synthesis and proof-reading revealed by Cryo-EM. 著者: Emil Gustavsson / Kay Grünewald / Per Elias / B Martin Hällberg / ![]() ![]() 要旨: Herpes simplex virus 1 (HSV-1), a double-stranded DNA virus, replicates using seven essential proteins encoded by its genome. Among these, the UL30 DNA polymerase, complexed with the UL42 ...Herpes simplex virus 1 (HSV-1), a double-stranded DNA virus, replicates using seven essential proteins encoded by its genome. Among these, the UL30 DNA polymerase, complexed with the UL42 processivity factor, orchestrates leading and lagging strand replication of the 152 kb viral genome. UL30 polymerase is a prime target for antiviral therapy, and resistance to current drugs can arise in immunocompromised individuals. Using electron cryo-microscopy (cryo-EM), we unveil the dynamic changes of the UL30/UL42 complex with DNA in three distinct states. First, a pre-translocation state with an open fingers domain ready for nucleotide incorporation. Second, a halted elongation state where the fingers close, trapping dATP in the dNTP pocket. Third, a DNA-editing state involving significant conformational changes to allow DNA realignment for exonuclease activity. Additionally, the flexible UL30 C-terminal domain interacts with UL42, forming an extended positively charged surface binding to DNA, thereby enhancing processive synthesis. These findings highlight substantial structural shifts in the polymerase and its DNA interactions during replication, offering insights for future antiviral drug development. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 104.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 1.3 GB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 19.8 MB 19.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ojbMC ![]() 8oj6C ![]() 8oj7C ![]() 8ojaC ![]() 8ojcC ![]() 8ojdC ![]() 9enpC ![]() 9enqC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map locally filtered by resolution | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.505 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap B focused refinement
ファイル | emd_16910_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap B focused refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap A focused refinement
ファイル | emd_16910_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap A focused refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state
全体 | 名称: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state |
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要素 |
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-超分子 #1: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state
超分子 | 名称: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: DNA (47-MER)
分子 | 名称: DNA (47-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 14.260221 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(AS) |
-分子 #2: DNA polymerase catalytic subunit
分子 | 名称: DNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 136.683844 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFSGGGGPLS PGGKSAARAA SGFFAPAGPR GASRGPPPCL RQNFYNPYLA PVGTQQKPTG PTQRHTYYSE CDEFRFIAPR VLDEDAPPE KRAGVHDGHL KRAPKVYCGG DERDVLRVGS GGFWPRRSRL WGGVDHAPAG FNPTVTVFHV YDILENVEHA Y GMRAAQFH ...文字列: MFSGGGGPLS PGGKSAARAA SGFFAPAGPR GASRGPPPCL RQNFYNPYLA PVGTQQKPTG PTQRHTYYSE CDEFRFIAPR VLDEDAPPE KRAGVHDGHL KRAPKVYCGG DERDVLRVGS GGFWPRRSRL WGGVDHAPAG FNPTVTVFHV YDILENVEHA Y GMRAAQFH ARFMDAITPT GTVITLLGLT PEGHRVAVHV YGTRQYFYMN KEEVDRHLQC RAPRDLCERM AAALRESPGA SF RGISADH FEAEVVERTD VYYYETRPAL FYRVYVRSGR VLSYLCDNFC PAIKKYEGGV DATTRFILDN PGFVTFGWYR LKP GRNNTL AQPRAPMAFG TSSDVEFNCT ADNLAIEGGM SDLPAYKLMC FDIECKAGGE DELAFPVAGH PEDLVIQISC LLYD LSTTA LEHVLLFSLG SCDLPESHLN ELAARGLPTP VVLEFDSEFE MLLAFMTLVK QYGPEFVTGY NIINFDWPFL LAKLT DIYK VPLDGYGRMN GRGVFRVWDI GQSHFQKRSK IKVNGMVNID MYGIITDKIK LSSYKLNAVA EAVLKDKKKD LSYRDI PAY YAAGPAQRGV IGEYCIQDSL LVGQLFFKFL PHLELSAVAR LAGINITRTI YDGQQIRVFT CLLRLADQKG FILPDTQ GR FRGAGGEAPK RPAAAREDEE RPEEEGEDED EREEGGGERE PEGARETAGR HVGYQGARVL DPTSGFHVNP VVVFDFAS L YPSIIQAHNL CFSTLSLRAD AVAHLEAGKD YLEIEVGGRR LFFVKAHVRE SLLSILLRDW LAMRKQIRSR IPQSSPEEA VLLDKQQAAI KVVCNSVYGF TGVQHGLLPC LHVAATVTTI GREMLLATRE YVHARWAAFE QLLADFPEAA DMRAPGPYSM RIIYGDTDS IFVLCRGLTA AGLTAVGDKM ASHISRALFL PPIKLECEKT FTKLLLIAKK KYIGVIYGGK MLIKGVDLVR K NNCAFINR TSRALVDLLF YDDTVSGAAA ALAERPAEEW LARPLPEGLQ AFGAVLVDAH RRITDPERDI QDFVLTAELS RH PRAYTNK RLAHLTVYYK LMARRAQVPS IKDRIPYVIV AQTREVEETV ARLAALRELD AAAPGDEPAP PAALPSPAKR PRE TPSPAD PPGGASKPRK LLVSELAEDP AYAIAHGVAL NTDYYFSHLL GAACVTFKAL FGNNAKITES LLKRFIPEVW HPPD DVAAR LRTAGFGAVG AGATAEETRR MLHRAFDTLA UniProtKB: DNA polymerase catalytic subunit |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 116 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: 20mM HEPES pH7.8, 150mM NaCl, 5mM CaCl2, 2mM DTT | |||||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 142948 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) |