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- EMDB-16877: Subtomogram averaging structure of cofilactin filament inside mic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16877
タイトルSubtomogram averaging structure of cofilactin filament inside microtubule lumen of Drosophila S2 cell protrusion.
マップデータMasked map at 16.5 A resolution. Sharpened with a B-factor of -500 A2.
試料
  • 細胞: Cofilactin filament inside the microtubule lumen of induced Drosophila S2 cell protrusion
    • タンパク質・ペプチド: Actin-5C
    • タンパク質・ペプチド: Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog
キーワードCytoskeleton / Filament / Actin / Cofilactin / CONTRACTILE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of imaginal disc-derived wing hair orientation / establishment of ommatidial planar polarity / imaginal disc-derived leg segmentation / meiotic cytokinesis / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / EPHB-mediated forward signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cell-extracellular matrix interactions / RHOBTB2 GTPase cycle ...establishment of imaginal disc-derived wing hair orientation / establishment of ommatidial planar polarity / imaginal disc-derived leg segmentation / meiotic cytokinesis / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / EPHB-mediated forward signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cell-extracellular matrix interactions / RHOBTB2 GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ovarian fusome organization / Platelet degranulation / MAP2K and MAPK activation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / compound eye morphogenesis / DNA Damage Recognition in GG-NER / mushroom body development / rhabdomere development / actin filament fragmentation / actomyosin contractile ring assembly / Clathrin-mediated endocytosis / border follicle cell migration / compound eye development / sperm individualization / centrosome separation / UCH proteinases / establishment of planar polarity / epithelial structure maintenance / maintenance of protein location in cell / brahma complex / actin filament severing / actin filament depolymerization / Ino80 complex / tube formation / regulation of lamellipodium assembly / lamellipodium assembly / female gonad development / mitotic cytokinesis / actin filament polymerization / axonogenesis / actin filament organization / positive regulation of protein secretion / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear matrix / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / hydrolase activity / chromatin remodeling / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site ...ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-5C / Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila (ハエ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Ventura Santos C / Carter AP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1011 英国
Wellcome Trust210711/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: CryoET shows cofilactin filaments inside the microtubule lumen.
著者: Camilla Ventura Santos / Stephen L Rogers / Andrew P Carter /
要旨: Cytoplasmic microtubules are tubular polymers that can harbor small proteins or filaments inside their lumen. The identity of these objects and what causes their accumulation has not been ...Cytoplasmic microtubules are tubular polymers that can harbor small proteins or filaments inside their lumen. The identity of these objects and what causes their accumulation has not been conclusively established. Here, we used cryogenic electron tomography (cryoET) of S2 cell protrusions and found filaments inside the microtubule lumen, which resemble those reported recently in human HAP1 cells. The frequency of these filaments increased upon inhibition of the sarco/endoplasmic reticulum Ca ATPase (SERCA) with the small-molecule drug thapsigargin. Subtomogram averaging showed that the luminal filaments adopt a helical structure reminiscent of cofilin-bound actin (cofilactin). Consistent with this, cofilin was activated in cells under the same conditions that increased luminal filament occurrence. Furthermore, RNAi knock-down of cofilin reduced the frequency of luminal filaments with cofilactin morphology. These results suggest that cofilin activation stimulates its accumulation on actin filaments inside the microtubule lumen.
履歴
登録2023年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16877.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked map at 16.5 A resolution. Sharpened with a B-factor of -500 A2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 724.48 Å		2.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 724.48 Å		2.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 724.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00337
最小 - 最大-0.008817553 - 0.011251742
平均 (標準偏差)-0.0000033504755 (±0.00048764705)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 724.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16877_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unmasked map at 16.5 A resolution. Sharpened with...

ファイルemd_16877_additional_1.map
注釈Unmasked map at 16.5 A resolution. Sharpened with a B-factor of -500 A2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_16877_half_map_1.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_16877_half_map_2.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cofilactin filament inside the microtubule lumen of induced Droso...

全体名称: Cofilactin filament inside the microtubule lumen of induced Drosophila S2 cell protrusion
要素
  • 細胞: Cofilactin filament inside the microtubule lumen of induced Drosophila S2 cell protrusion
    • タンパク質・ペプチド: Actin-5C
    • タンパク質・ペプチド: Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog

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超分子 #1: Cofilactin filament inside the microtubule lumen of induced Droso...

超分子名称: Cofilactin filament inside the microtubule lumen of induced Drosophila S2 cell protrusion
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila (ハエ)

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分子 #1: Actin-5C

分子名称: Actin-5C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Drosophila (ハエ)
分子量理論値: 41.16098 KDa
配列文字列: AALVVDNGSG MCKAGFAGDD APRAVFPSIV GRPRHQGVMV GMGQKDSYVG DEAQSKRGIL TLKYPIEHGI VTNWDDMEKI WHHTFYNEL RVAPEEHPVL LTEAPLNPKA NREKMTQIMF ETFNTPAMYV AIQAVLSLYA SGRTTGIVLD SGDGVSHTVP I YEGYALPH ...文字列:
AALVVDNGSG MCKAGFAGDD APRAVFPSIV GRPRHQGVMV GMGQKDSYVG DEAQSKRGIL TLKYPIEHGI VTNWDDMEKI WHHTFYNEL RVAPEEHPVL LTEAPLNPKA NREKMTQIMF ETFNTPAMYV AIQAVLSLYA SGRTTGIVLD SGDGVSHTVP I YEGYALPH AILRLDLAGR DLTDYLMKIL TERGYSFTTT AEREIVRDIK EKLCYVALDF EQEMATAASS SSLEKSYELP DG QVITIGN ERFRCPEALF QPSFLGMEAC GIHETTYNSI MKCDVDIRKD LYANTVLSGG TTMYPGIADR MQKEITALAP STM KIKIIA PPERKYSVWI GGSILASLST FQQMWISKQE YDESGPSIVH RKCF

UniProtKB: Actin-5C

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分子 #2: Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog

分子名称: Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila (ハエ)
分子量理論値: 17.180529 KDa
配列文字列:
MASGVTVSDV CKTTYEEIKK DKKHRYVIFY IRDEKQIDVE TVADRNAEYD QFLEDIQKCG PGECRYGLFD FEYMHQCQGT SESSKKQKL FLMSWCPDTA KVKKKMLYSS SFDALKKSLV GVQKYIQATD LSEASREAVE EKLRATDRQ

UniProtKB: Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
詳細: Quantifoil R3.5/1 Au200 grids were glow discharged for 30s at 20 - 30 mA and subsequently coated with 0.25 ug/mL Concanavalin Aater for 1 - 16 h at 37 degrees Celcius.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 198.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: Data was collected on Gatan K2 summit (2.952 A/pixel) and Gatan K3 summit (2.659 A/pixel) with 3 degree increments (3 e/A2 dose per tilt). The total dose was between 118 and 122 e/A2.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: helical symmetry (-162 twist, 29A rise) was applied during 3D classification but not during refinements.
使用したサブトモグラム数: 3801
抽出トモグラム数: 58 / 使用した粒子像数: 7549
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Drosophila cofilin and actin structures were predicted as a complex with Alphafold 2-Multimer. Actin from the predicted cofilin-actin complex was iteratively aligned with 8 actin subunits in the chicken cofilactin PDB model 5yU8. Two cofilin moieties at the pointed end were removed. Side chains were truncated. The model was not refined.
得られたモデル

PDB-8oh4:
Subtomogram averaging structure of cofilactin filament inside microtubule lumen of Drosophila S2 cell protrusion.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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