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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Nucleocapsid protein Sars-Cov2, refined map | |||||||||
![]() | map | |||||||||
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![]() | Nucleocapsid protein / Sars-Cov2 / N protein / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
![]() | Farci D / Piano D | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nucleocapsid protein Sars-Cov2 著者: Farci D / Piano D | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 240.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 19.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 473.7 MB 473.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half A
ファイル | emd_16868_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half B
ファイル | emd_16868_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Nucleocapsid protein Sars-Cov2
全体 | 名称: Nucleocapsid protein Sars-Cov2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Nucleocapsid protein Sars-Cov2
超分子 | 名称: Nucleocapsid protein Sars-Cov2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9013 / 平均電子線量: 59.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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