EMDB-16863: Molecular Mechanism of trypanosomal AQP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-16863

タイトル

Molecular Mechanism of trypanosomal AQP2

マップデータ

試料

複合体: Aquaporin 2 tetramer wildtype
- タンパク質・ペプチド: Aquaglyceroporin 2
リガンド: 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE

キーワード

Aquaporin / Tetramer / Drug Uptake / Glycerol / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / urea transmembrane transport / glycerol transmembrane transport / water channel activity / water transport / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) /

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Weyand SN / Matusevicius M / Yamashita K

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular Mechanism of trypanosomal AQP2
著者: Weyand SN

履歴

登録	2023年3月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年10月2日	-
マップ公開	2024年10月2日	-
更新	2024年10月2日	-
現状	2024年10月2日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_16863.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_16863.map.gz	8.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-16863-v30.xml emd-16863.xml	15.5 KB 15.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_16863_fsc.xml	11.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_16863.png	69.9 KB
マスクデータ	emd_16863_msk_1.map	9.2 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-16863.cif.gz	5.6 KB
その他	emd_16863_half_map_1.map.gz emd_16863_half_map_2.map.gz	8.3 MB 8.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16863 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16863	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_16863_validation.pdf.gz	826.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_16863_full_validation.pdf.gz	826.1 KB	表示
XML形式データ	emd_16863_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_16863_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16863 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16863	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ofyMC 16862C 16864C 8ofxC 8ofzC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (3)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_16863.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.04 Å/pix. x 134 pix. = 139.628 Å	1.04 Å/pix. x 134 pix. = 139.628 Å	1.04 Å/pix. x 134 pix. = 139.628 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.042 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1.8
最小 - 最大	-6.0193944 - 7.6156206
平均 (標準偏差)	-0.023292592 (±0.42445332)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_16863_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_16863_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_16863_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Aquaporin 2 tetramer wildtype

全体	名称: Aquaporin 2 tetramer wildtype
要素	複合体: Aquaporin 2 tetramer wildtype タンパク質・ペプチド: Aquaglyceroporin 2 リガンド: 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE

-
超分子 #1: Aquaporin 2 tetramer wildtype

超分子	名称: Aquaporin 2 tetramer wildtype / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量	理論値: 220 KDa

-
分子 #1: Aquaglyceroporin 2

分子	名称: Aquaglyceroporin 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Pentamidine / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量	理論値: 33.614645 KDa
組換発現	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列	文字列: MQSQPDNVAY PMELQAVNKD GTVEVRVQGN VDNSSNERWD ADVQKHEVAE AQEKPVGGIN FWAPRELRLN YRDYVAEFLG NFVLIYIAK GAVITSLLVP DFGLLGLTIG IGVAVTMALY VSLGISGGHL NSAVTVGNAV FGDFPWRKVP GYIAAQMLGT F LGAACAYG ...文字列: MQSQPDNVAY PMELQAVNKD GTVEVRVQGN VDNSSNERWD ADVQKHEVAE AQEKPVGGIN FWAPRELRLN YRDYVAEFLG NFVLIYIAK GAVITSLLVP DFGLLGLTIG IGVAVTMALY VSLGISGGHL NSAVTVGNAV FGDFPWRKVP GYIAAQMLGT F LGAACAYG VFADLLKAHG GGELIAFGEK GIAWVFAMYP AEGNGIFYPI FAELISTAVL LLCVCGIFDP NNSPAKGYET VA IGALVFV MVNNFGLASP LAMNPSLDFG PRVFGAILLG GEVFSHANYY FWVPLVVPFF GAILGLFLYK YFLPH UniProtKB: Aquaglyceroporin-2

-
分子 #2: 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE

分子	名称: 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: PNT
分子量	理論値: 340.419 Da
Chemical component information	ChemComp-PNT: 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE / ペンタミジン / 薬剤, Antimicrobial*YM

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

0.8 mg/mL

緩衝液

pH: 7.2
構成要素:

濃度	式	名称
100.0 mM	NaCl	Sodium Chloride
20.0 mM	C₈H₁₈N₂O₄S	HEPES

詳細: 20 mM HEPES 100 mM NaCl

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

詳細

Monodisperse

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 56.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 100075
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	使用したクラス数: 6 / 想定した対称性 - 点群: C₄ (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83845
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化	空間: RECIPROCAL
得られたモデル	PDB-8ofy: Molecular Mechanism of trypanosomal AQP2

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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