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- EMDB-1684: Helicase Domain hexamer from double hexamer LTag -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1684
タイトルHelicase Domain hexamer from double hexamer LTag
マップデータHelicase domain hexamer from double hexamer LTag
試料
  • 試料: Helicase hexamer from double hexamer of wild type LTag
  • タンパク質・ペプチド: LTag
  • DNA: SV40 ori
キーワードHelicase / Large T antigen / DNA Replication / SV40 / Electron microscopy
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Cuesta I / Nunez-Ramirez R / Scheres SHW / Gai D / Chen XS / Fanning E / Carazo JM
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Conformational rearrangements of SV40 large T antigen during early replication events.
著者: Isabel Cuesta / Rafael Núñez-Ramírez / Sjors H W Scheres / Dahai Gai / Xiaojiang S Chen / Ellen Fanning / Jose María Carazo /
要旨: The Simian virus 40 (SV40) large tumor antigen (LTag) functions as the replicative helicase and initiator for viral DNA replication. For SV40 replication, the first essential step is the assembly of ...The Simian virus 40 (SV40) large tumor antigen (LTag) functions as the replicative helicase and initiator for viral DNA replication. For SV40 replication, the first essential step is the assembly of an LTag double hexamer at the origin DNA that will subsequently melt the origin DNA to initiate fork unwinding. In this study, we used three-dimensional cryo-electron microscopy to visualize early events in the activation of DNA replication in the SV40 model system. We obtained structures of wild-type double-hexamer complexes of LTag bound to SV40 origin DNA, to which atomic structures have been fitted. Wild-type LTag was observed in two distinct conformations: In one conformation, the central module containing the J-domains and the origin binding domains of both hexamers is a compact closed ring. In the other conformation, the central module is an open ring with a gap formed by rearrangement of the N-terminal regions of the two hexamers, potentially allowing for the passage of single-stranded DNA generated from the melted origin DNA. Double-hexamer complexes containing mutant LTag that lacks the N-terminal J-domain show the central module predominantly in the closed-ring state. Analyses of the LTag C-terminal regions reveal that the LTag hexamers bound to the A/T-rich tract origin of replication and early palindrome origin of replication elements are structurally distinct. Lastly, visualization of DNA density protruding from the LTag C-terminal domains suggests that oligomerization of the LTag complex takes place on double-stranded DNA.
履歴
登録2010年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年3月3日-
マップ公開2011年1月28日-
更新2011年1月28日-
現状2011年1月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1684.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1684.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 245.1 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helicase domain hexamer from double hexamer LTag
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.2 Å/pix.
x 40 pix.
= 41.6 Å		5.2 Å/pix.
x 40 pix.
= 41.6 Å		5.2 Å/pix.
x 40 pix.
= 41.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.0415936 - 0.0917288
平均 (標準偏差)0.00339081 (±0.0170315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ404040
Spacing404040
セルA=B=C: 41.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.25.25.2
M x/y/z888
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z41.60041.60041.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ121121121
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS404040
D min/max/mean-0.0420.0920.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Helicase hexamer from double hexamer of wild type LTag

全体名称: Helicase hexamer from double hexamer of wild type LTag
要素
  • 試料: Helicase hexamer from double hexamer of wild type LTag
  • タンパク質・ペプチド: LTag
  • DNA: SV40 ori

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超分子 #1000: Helicase hexamer from double hexamer of wild type LTag

超分子名称: Helicase hexamer from double hexamer of wild type LTag
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hexameric / Number unique components: 1
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 500 KDa

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分子 #1: LTag

分子名称: LTag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: LTag / コピー数: 12 / 集合状態: Dodecameric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Simian virus 40 (ウイルス) / 別称: SV40 / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 500 KDa

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分子 #2: SV40 ori

分子名称: SV40 ori / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: SV40 ori / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Simian virus 40 (ウイルス) / 別称: SV40
分子量実験値: 70 KDa / 理論値: 70 KDa
配列文字列:
aagctttctc actacttctg gaatagctca gaggccgagg cggcctcggc ctctgcataa ataaaaaaaa ttagtcagcc atgggtcgac cggatccccg ggaattc

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM TrisHCl (pH 7.5), 100 mM NaCl, 5 mM KCl, 5 mM MgCl2, 3 mM ADP
グリッド詳細: Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: LEICA PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Leica Plunger / 手法: Blot for 2-3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 93 K / 最高: 93 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: CTF correction
日付2007年11月26日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 実像数: 93 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Symmetry C6 was applied in 3D reconstruction. Tilt angle restricted to 60-90
CTF補正詳細: Plate
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 2200
最終 2次元分類クラス数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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