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万見
- EMDB-16800: Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16800
タイトルTomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosophila S2 cell with filaments inside the microtubule lumen
マップデータDeconvolved, binned tomogram of an induced protrusion from a cofilin knock-down Drosophila S2 cell. From Dataset 9.
試料
  • 細胞: Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosophila S2 cell.
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Ventura Santos C / Carter AP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1011 英国
Wellcome Trust210711/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: CryoET shows cofilactin filaments inside the microtubule lumen.
著者: Camilla Ventura Santos / Stephen L Rogers / Andrew P Carter /
要旨: Cytoplasmic microtubules are tubular polymers that can harbor small proteins or filaments inside their lumen. The identity of these objects and what causes their accumulation has not been ...Cytoplasmic microtubules are tubular polymers that can harbor small proteins or filaments inside their lumen. The identity of these objects and what causes their accumulation has not been conclusively established. Here, we used cryogenic electron tomography (cryoET) of S2 cell protrusions and found filaments inside the microtubule lumen, which resemble those reported recently in human HAP1 cells. The frequency of these filaments increased upon inhibition of the sarco/endoplasmic reticulum Ca ATPase (SERCA) with the small-molecule drug thapsigargin. Subtomogram averaging showed that the luminal filaments adopt a helical structure reminiscent of cofilin-bound actin (cofilactin). Consistent with this, cofilin was activated in cells under the same conditions that increased luminal filament occurrence. Furthermore, RNAi knock-down of cofilin reduced the frequency of luminal filaments with cofilactin morphology. These results suggest that cofilin activation stimulates its accumulation on actin filaments inside the microtubule lumen.
履歴
登録2023年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16800.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16800.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Deconvolved, binned tomogram of an induced protrusion from a cofilin knock-down Drosophila S2 cell. From Dataset 9.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.81 Å/pix.
x 338 pix.
= 3991.104 Å		11.81 Å/pix.
x 1298 pix.
= 15326.783 Å		11.81 Å/pix.
x 920 pix.
= 10863.359 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.808 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.65688443 - 0.43364882
平均 (標準偏差)-3.221106e-11 (±0.04946076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ1298920338
Spacing9201298338
セルA: 10863.359 Å / B: 15326.783 Å / C: 3991.1038 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosoph...

全体名称: Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosophila S2 cell.
要素
  • 細胞: Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosophila S2 cell.

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超分子 #1: Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosoph...

超分子名称: Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosophila S2 cell.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cofilin levels were reduced by siRNA depletion for 7 - 8 days. Cells were then treated with 2 uM thapsigargin for 5 hours and 2.5 uM Cytochalasin D for 2h before vitrification.
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株: S2 cells

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Cofilin levels were reduced by siRNA depletion for 7 - 8 days. Cells were then treated with 2 uM thapsigargin for 5 hours and 2.5 uM Cytochalasin D for 2h before vitrification.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI Solutions / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: Data was collected on Gatan K3 (2.659 A/pixel) with a total dose of 113.74 e/A2.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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