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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16791 | |||||||||
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タイトル | Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, K1179W mutant | |||||||||
マップデータ | Locally filtered map used for model building | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacterial toxin / Tc toxin / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Nganga PN / Roderer D / Belyy A / Prumbaum D / Raunser S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Kinetics of the syringe-like injection mechanism of Tc toxins 著者: Nganga PN / Folz J / Kucher S / Roderer D / Xu Y / Sitsel O / Belyy A / Prumbaum D / Assafa TE / Kuehnemuth R / Dong M / Seidel C / Bordignon E / Raunser S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16791.map.gz | 95.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16791-v30.xml emd-16791.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16791.png | 121.9 KB | ||
マスクデータ | emd_16791_msk_1.map | 166.4 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16791.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_16791_additional_1.map.gz emd_16791_half_map_1.map.gz emd_16791_half_map_2.map.gz | 130.9 MB 130.5 MB 130.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16791 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16791 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16791_validation.pdf.gz | 732 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16791_full_validation.pdf.gz | 731.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16791_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16791_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16791 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16791 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally filtered map used for model building | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16791_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: A map for fitting the receptor binding domain B
ファイル | emd_16791_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | A map for fitting the receptor binding domain B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First half-map
ファイル | emd_16791_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second half-map
ファイル | emd_16791_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Second half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TcdA1
全体 | 名称: TcdA1 |
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要素 |
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-超分子 #1: TcdA1
超分子 | 名称: TcdA1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.5 MDa |
-分子 #1: TcdA1
分子 | 名称: TcdA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 285.432812 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHSS GLEVLFQGPM NESVKEIPDV LKSQCGFNCL TDISHSSFNE FRQQVSEHLS WSETHDLYHD AQQAQKDNRL YEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAELI GYNNQFSGRA SQYVAPGTVS SMFSPAAYLT ELYREARNLH ASDSVYYLDT R RPDLKSMA ...文字列: MAHHHHHHSS GLEVLFQGPM NESVKEIPDV LKSQCGFNCL TDISHSSFNE FRQQVSEHLS WSETHDLYHD AQQAQKDNRL YEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAELI GYNNQFSGRA SQYVAPGTVS SMFSPAAYLT ELYREARNLH ASDSVYYLDT R RPDLKSMA LSQQNMDIEL STLSLSNELL LESIKTESKL ENYTKVMEML STFRPSGATP YHDAYENVRE VIQLQDPGLE QL NASPAIA GLMHQASLLG INASISPELF NILTEEITEG NAEELYKKNF GNIEPASLAM PEYLKRYYNL SDEELSQFIG KAS NFGQQE YSNNQLITPV VNSSDGTVKV YRITREYTTN AYQMDVELFP FGGENYRLDY KFKNFYNASY LSIKLNDKRE LVRT EGAPQ VNIEYSANIT LNTADISQPF EIGLTRVLPS GSWAYAAAKF TVEEYNQYSF LLKLNKAIRL SRATELSPTI LEGIV RSVN LQLDINTDVL GKVFLTKYYM QRYAIHAETA LILCNAPISQ RSYDNQPSQF DRLFNTPLLN GQYFSTGDEE IDLNSG STG DWRKTILKRA FNIDDVSLFR LLKITDHDNK DGKIKNNLKN LSNLYIGKLL ADIHQLTIDE LDLLLIAVGE GKTNLSA IS DKQLATLIRK LNTITSWLHT QKWSVFQLFI MTSTSYNKTL TPEIKNLLDT VYHGLQGFDK DKADLLHVMA PYIAATLQ L SSENVAHSVL LWADKLQPGD GAMTAEKFWD WLNTKYTPGS SEAVETQEHI VQYCQALAQL EMVYHSTGIN ENAFRLFVT KPEMFGAATG AAPAHDALSL IMLTRFADWV NALGEKASSV LAAFEANSLT AEQLADAMNL DANLLLQASI QAQNHQHLPP VTPENAFSC WTSINTILQW VNVAQQLNVA PQGVSALVGL DYIQSMKETP TYAQWENAAG VLTAGLNSQQ ANTLHAFLDE S RSAALSTY YIRQVAKAAA AIKSRDDLYQ YLLIDNQVSA AIKTTRIAEA IASIQLYVNR ALENVEENAN SGVISRQFFI DW DKYNKRY STWAGVSQLV YYPENYIDPT MRIGQTKMMD ALLQSVSQSQ LNADTVEDAF MSYLTSFEQV ANLKVISAYH DNI NNDQGL TYFIGLSETD AGEYYWRSVD HSKFNDGKFA ANAWSEWHKI DCPINPYKST IRPVIYKSRL YLLWLEQKEI TWQT GNSKD GYQTETDYRY ELKLAHIRYD GTWNTPITFD VNKKISELKL EKNRAPGLYC AGYQGEDTLL VMFYNQQDTL DSYKN ASMQ GLYIFADMAS KDMTPEQSNV YRDNSYQQFD TNNVRRVNNR YAEDYEIPSS VSSRKDYGWG DYYLSMVYNG DIPTIN YKA ASSDLKIYIS PKLRIIHNGY EGQKRNQCNL MNKYGKLGDK FIVYTSLGVN PNNSSNKLMF YPVYQYSGNT SGLNQGR LL FHRDTTYPSK VEAWIPGAKR SLTNQNAAIG DDYATDSLNK PDDLKQYIFM TDSKGTATDV SGPVEINTAI SPAKVQII V KAGGKEQTFT ADKDVSIQPS PSFDEMNYQF NALEIDGSGL NFINNSASID VTFTAFAEDG RKLGYESFSI PVTLKVSTD NALTLHHNEN GAQYMQWQSY RTRLNTLFAR QLVARATTGI DTILSMETQN IQEPQLGKGF YATFVIPPYN LSTHGDERWF KLYIKHVVD NNSHIIYSGQ LTDTNINITL FIPLDDVPLN QDYHAKVYMT FKKSPSDGTW WGPHFVRDDK GIVTINPKSI L THFESVNV LNNISSEPMD FSGANSLYFW ELFYYTPMLV AQRLLHEQNF DEANRWLKYV WSPSGYIVHG QIQNYQWNVR PL LEDTSWN SDPLDSVDPD AVAQHDPMHY KVSTFMRTLD LLIARGDHAY RQLERDTLNE AKMWYMQALH LLGDKPYLPL STT WSDPRL DRAADITTQN AHDSAIVALR QNIPTPAPLS LRSANTLTDL FLPQINEVMM NYWQTLAQRV YNLRHNLSID GQPL YLPIY ATPADPKALL SAAVATSQGG GKLPESFMSL WRFPHMLENA RGMVSQLTQF GSTLQNIIER QDAEALNALL QNQAA ELIL TNLSIQDKTI EELDAEKTVL EKSKAGAQSR FDSYGKLYDE NINAGENQAM TLRASAAGLT TAVQASRLAG AAADLV PNI FGFAGGGSRW GAIAEATGYV MEFSANVMNT EADKISQSET YRRRRQEWEI QRNNAEAELK QIDAQLKSLA VRREAAV LQ KTSLKTQQEQ TQSQLAFLQR KFSNQALYNW LRGRLAAIYF QFYDLAVARC LMAEQAYRWE LNDDSARFIK PGAWQGTY A GLLAGETLML SLAQMEDAHL KRDKRALEVE RTVSLAEVYA GLPKDNGPFS LAQEIDKLVS QGSGSAGSGN NNLAFGAGT DTKTSLQASV SFADLKIRED YPASLGKIRR IKQISVTLPA LLGPYQDVQA ILSYGDKAGL ANGCEALAVS HGMNDSGQFQ LDFNDGKFL PFEGIAIDQG TLTLSFPNAS MPEKGKQATM LKTLNDIILH IRYTIK UniProtKB: TcdA1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 11.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5494 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8cpz: |