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- EMDB-16779: Cryo-EM structure of CRaf dimer with 14:3:3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16779
タイトルCryo-EM structure of CRaf dimer with 14:3:3
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isoform zeta
    • タンパク質・ペプチド: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta isoform X1
キーワードKinase / Complex / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / GP1b-IX-V activation signalling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / face development / pseudopodium / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / somatic stem cell population maintenance / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MAP kinase kinase kinase activity / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / Schwann cell development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / activation of adenylate cyclase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to muscle stretch / myelination / CD209 (DC-SIGN) signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / RAF activation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Stimuli-sensing channels / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / insulin receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein zeta isoform X1 / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Dedden D / Graedler U / Schwarz D / Thomsen M / Leuthner B / Schneider E / Nitsche J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structures of CRAF/14-3-3 and CRAF/14-3-3/MEK1 Complexes.
著者: Dirk Dedden / Julius Nitsche / Elisabeth V Schneider / Maren Thomsen / Daniel Schwarz / Birgitta Leuthner / Ulrich Grädler /
要旨: RAF protein kinases are essential effectors in the MAPK pathway and are important cancer drug targets. Structural understanding of RAF activation is so far based on cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...RAF protein kinases are essential effectors in the MAPK pathway and are important cancer drug targets. Structural understanding of RAF activation is so far based on cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray structures of BRAF in different conformational states as inactive or active complexes with KRAS, 14-3-3 and MEK1. In this study, we have solved the first cryo-EM structures of CRAF/14-3-3 at 3.4 Å resolution and CRAF/14-3-3/MEK1 at 4.2 Å resolution using CRAF kinase domain expressed as constitutively active Y340D/Y341D mutant in insect cells. The overall architecture of our CRAF/14-3-3 and CRAF/14-3-3/MEK1 cryo-EM structures is highly similar to corresponding BRAF structures in complex with 14-3-3 or 14-3-3/MEK1 and represent the activated dimeric RAF conformation. Our CRAF cryo-EM structures provide additional insights into structural understanding of the activated CRAF/14-3-3/MEK1 complex.
履歴
登録2023年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16779.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 256 pix.
= 187.136 Å		0.73 Å/pix.
x 256 pix.
= 187.136 Å		0.73 Å/pix.
x 256 pix.
= 187.136 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.153
最小 - 最大-0.50221443 - 0.7062712
平均 (標準偏差)0.0013063657 (±0.020929947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 187.136 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16779_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16779_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isofo...

全体名称: Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isoform zeta
要素
  • 複合体: Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isoform zeta
    • タンパク質・ペプチド: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta isoform X1

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超分子 #1: Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isofo...

超分子名称: Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isoform zeta
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

分子名称: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.184477 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEHIQGAWKT ISNGFGFKDA VFDGSSCISP TIVQQFGYQR RASDDGKLTD PSKTSNTIRV FLPNKQRTVV NVRNGMSLHD CLMKALKVR GLQPECCAVF RLLHEHKGKK ARLDWNTDAA SLIGEELQVD FLDHVPLTTH NFARKTFLKL AFCDICQKFL L NGFRCQTC ...文字列:
MEHIQGAWKT ISNGFGFKDA VFDGSSCISP TIVQQFGYQR RASDDGKLTD PSKTSNTIRV FLPNKQRTVV NVRNGMSLHD CLMKALKVR GLQPECCAVF RLLHEHKGKK ARLDWNTDAA SLIGEELQVD FLDHVPLTTH NFARKTFLKL AFCDICQKFL L NGFRCQTC GYKFHEHCST KVPTMCVDWS NIRQLLLFPN STIGDSGVPA LPSLTMRRMR ESVSRMPVSS QHRYSTPHAF TF NTSSPSS EGSLSQRQRS TSTPNVHMVS TTLPVDSRMI EDAIRSHSES ASPSALSSSP NNLSPTGWSQ PKTPVPAQRE RAP VSGTQE KNKIRPRGQR DSSYDWEIEA SEVMLSTRIG SGSFGTVYKG KWHGDVAVKI LKVVDPTPEQ FQAFRNEVAV LRKT RHVNI LLFMGYMTKD NLAIVTQWCE GSSLYKHLHV QETKFQMFQL IDIARQTAQG MDYLHAKNII HRDMKSNNIF LHEGL TVKI GDFGLATVKS RWSGSQQVEQ PTGSVLWMAP EVIRMQDNNP FSFQSDVYSY GIVLYELMTG ELPYSHINNR DQIIFM VGR GYASPDLSKL YKNCPKAMKR LVADCVKKVK EERPLFPQIL SSIELLQHSL PKINRSA(SEP)EP SLHRAAHTED INA CTLTTS PRLPVF

UniProtKB: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

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分子 #2: 14-3-3 protein zeta isoform X1

分子名称: 14-3-3 protein zeta isoform X1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 28.108514 KDa
配列文字列: MSVDKEELVQ RAKLAEQAER YDDMAAAMKE VTETGVELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TEGSERKQQM AKEYRVKVE KELREICYDV LGLLDKHLIP KASNPESKVF YLKMKGDYYR YLAEVATGET RNSVVEDSQK AYQDAFEISK A KMQPTHPI ...文字列:
MSVDKEELVQ RAKLAEQAER YDDMAAAMKE VTETGVELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TEGSERKQQM AKEYRVKVE KELREICYDV LGLLDKHLIP KASNPESKVF YLKMKGDYYR YLAEVATGET RNSVVEDSQK AYQDAFEISK A KMQPTHPI RLGLALNFSV FYYEILNSPD KACQLAKQAF DDAIAELDTL NEDSYKDSTL IMQLLRDNLT LWTSDTQGDG DE PAEGGDN

UniProtKB: 14-3-3 protein zeta isoform X1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3omv

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 653449
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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