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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16714 | |||||||||
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タイトル | TFIIIC TauB-DNA dimer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | TFIIIC / tRNA gene / B-Box promoter / DNA recognition / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA transcription / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / rRNA transcription / transcription by RNA polymerase III ...tRNA transcription / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / rRNA transcription / transcription by RNA polymerase III / tRNA transcription by RNA polymerase III / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / enzyme activator activity / ribonucleoprotein complex / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Wolfram SD / Mathias G / Luis H / Thomas H / Sebastian E / Christoph M | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural insights into human TFIIIC promoter recognition. 著者: Wolfram Seifert-Davila / Mathias Girbig / Luis Hauptmann / Thomas Hoffmann / Sebastian Eustermann / Christoph W Müller / 要旨: Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB ...Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB is the first critical step for tRNA synthesis but is mechanistically poorly understood. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the six-subunit human TFIIIC complex unbound and bound to a tRNA gene. The τB module recognizes the B-box via DNA shape and sequence readout through the assembly of multiple winged-helix domains. TFIIIC220 forms an integral part of both τA and τB connecting the two subcomplexes via a ~550-amino acid residue flexible linker. Our data provide a structural mechanism by which high-affinity B-box recognition anchors TFIIIC to promoter DNA and permits scanning for low-affinity A-boxes and TFIIIB for Pol III activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16714.map.gz | 242.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16714-v30.xml emd-16714.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16714.png | 99.1 KB | ||
マスクデータ | emd_16714_msk_1.map emd_16714_msk_2.map | 421.9 MB 421.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16714.cif.gz | 8.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16714 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16714 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16714_validation.pdf.gz | 444.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16714_full_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16714_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16714_validation.cif.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16714 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16714 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16714_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_16714_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TFIIIC tauB-DNA Dimer
全体 | 名称: TFIIIC tauB-DNA Dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: TFIIIC tauB-DNA Dimer
超分子 | 名称: TFIIIC tauB-DNA Dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 600 KDa |
-分子 #1: General transcription factor 3C polypeptide 1
分子 | 名称: General transcription factor 3C polypeptide 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 244.200719 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDALESLLDE VALEGLDGLC LPALWSRLET RVPPFPLPLE PCTQEFLWRA LATHPGISFY EEPRERPDLQ LQDRYEEIDL ETGILESRR DPVALEDVYP IHMILENKDG IQGSCRYFKE RKNITNDIRT KSLQPRCTMV EAFDRWGKKL IIVASQAMRY R ALIGQEGD ...文字列: MDALESLLDE VALEGLDGLC LPALWSRLET RVPPFPLPLE PCTQEFLWRA LATHPGISFY EEPRERPDLQ LQDRYEEIDL ETGILESRR DPVALEDVYP IHMILENKDG IQGSCRYFKE RKNITNDIRT KSLQPRCTMV EAFDRWGKKL IIVASQAMRY R ALIGQEGD PDLKLPDFSY CILERLGRSR WQGELQRDLH TTAFKVDAGK LHYHRKILNK NGLITMQSHV IRLPTGAQQH SI LLLLNRF HVDRRSKYDI LMEKLSVMLS TRTNHIETLG KLREELGLCE RTFKRLYQYM LNAGLAKVVS LRLQEIHPEC GPC KTKKGT DVMVRCLKLL KEFKRNDHDD DEDEEVISKT VPPVDIVFER DMLTQTYDLI ERRGTKGISQ AEIRVAMNVG KLEA RMLCR LLQRFKVVKG FMEDEGRQRT TKYISCVFAE ESDLSRQYQR EKARSELLTT VSLASMQEES LLPEGEDTFL SESDS EEER SSSKRRGRGS QKDTRASANL RPKTQPHHST PTKGGWKVVN LHPLKKQPPS FPGAAEERAC QSLASRDSLL DTSSVS EPN VSFVSHCADS NSGDIAVIEE VRMENPKESS SSLKTGRHSS GQDKPHETYR LLKRRNLIIE AVTNLRLIES LFTIQKM IM DQEKQEGVST KCCKKSIVRL VRNLSEEGLL RLYRTTVIQD GIKKKVDLVV HPSMDQNDPL VRSAIEQVRF RISNSSTA N RVKTSQPPVP QGEAEEDSQG KEGPSGSGDS QLSASSRSES GRMKKSDNKM GITPLRNYHP IVVPGLGRSL GFLPKMPRL RVVHMFLWYL IYGHPASNTV EKPSFISERR TIKQESGRAG VRPSSSGSAW EACSEAPSKG SQDGVTWEAE VELATETVYV DDASWMRYI PPIPVHRDFG FGWALVSDIL LCLPLSIFIQ IVQVSYKVDN LEEFLNDPLK KHTLIRFLPR PIRQQLLYKR R YIFSVVEN LQRLCYMGLL QFGPTEKFQD KDQVFIFLKK NAVIVDTTIC DPHYNLARSS RPFERRLYVL NSMQDVENYW FD LQCVCLN TPLGVVRCPR VRKNSSTDQG SDEEGSLQKE QESAMDKHNL ERKCAMLEYT TGSREVVDEG LIPGDGLGAA GLD SSFYGH LKRNWIWTSY IINQAKKENT AAENGLTVRL QTFLSKRPMP LSARGNSRLN IWGEARVGSE LCAGWEEQFE VDRE PSLDR NRRVRGGKSQ KRKRLKKDPG KKIKRKKKGE FPGEKSKRLR YHDEADQSAL QRMTRLRVTW SMQEDGLLVL CRIAS NVLN TKVKGPFVTW QVVRDILHAT FEESLDKTSH SVGRRARYIV KNPQAYLNYK VCLAEVYQDK ALVGDFMNRR GDYDDP KVC ANEFKEFVEK LKEKFSSALR NSNLEIPDTL QELFARYRVL AIGDEKDQTR KEDELNSVDD IHFLVLQNLI QSTLALS DS QMKSYQSFQT FRLYREYKDH VLVKAFMECQ KRSLVNRRRV NHTLGPKKNR ALPFVPMSYQ LSQTYYRIFT WRFPSTIC T ESFQFLDRMR AAGKLDQPDR FSFKDQDNNE PTNDMVAFSL DGPGGNCVAV LTLFSLGLIS VDVRIPEQII VVDSSMVEN EVIKSLGKDG SLEDDEDEED DLDEGVGGKR RSMEVKPAQA SHTNYLLMRG YYSPGIVSTR NLNPNDSIVV NSCQMKFQLR CTPVPARLR PAAAPLEELT MGTSCLPDTF TKLINPQENT CSLEEFVLQL ELSGYSPEDL TAALEILEAI IATGCFGIDK E ELRRRFSA LEKAGGGRTR TFADCIQALL EQHQVLEVGG NTARLVAMGS AWPWLLHSVR LKDREDADIQ REDPQARPLE GS SSEDSPP EGQAPPSHSP RGTKRRASWA SENGETDAEG TQMTPAKRPA LQDSNLAPSL GPGAEDGAEA QAPSPPPALE DTA AAGAAQ EDQEGVGEFS SPGQEQLSGQ AQPPEGSEDP RGFTESFGAA NISQAARERD CESVCFIGRP WRVVDGHLNL PVCK GMMEA MLYHIMTRPG IPESSLLRHY QGVLQPVAVL ELLQGLESLG CIRKRWLRKP RPVSLFSTPV VEEVEVPSSL DESPM AFYE PTLDCTLRLG RVFPHEVNWN KWIHLGGGSG GGSGGSLEVL FQGPGSGSDY KDDDDKGDYK DDDDKGDYKD DDDK UniProtKB: General transcription factor 3C polypeptide 1 |
-分子 #2: General transcription factor 3C polypeptide 4
分子 | 名称: General transcription factor 3C polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 92.093195 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MNTADQARVG PADDGPAPSG EEEGEGGGEA GGKEPAADAA PGPSAAFRLM VTRREPAVKL QYAVSGLEPL AWSEDHRVSV STARSIAVL ELICDVHNPG QDLVIHRTSV PAPLNSCLLK VGSKTEVAEC KEKFAASKDP TVSQTFMLDR VFNPEGKALP P MRGFKYTS ...文字列: MNTADQARVG PADDGPAPSG EEEGEGGGEA GGKEPAADAA PGPSAAFRLM VTRREPAVKL QYAVSGLEPL AWSEDHRVSV STARSIAVL ELICDVHNPG QDLVIHRTSV PAPLNSCLLK VGSKTEVAEC KEKFAASKDP TVSQTFMLDR VFNPEGKALP P MRGFKYTS WSPMGCDANG RCLLAALTMD NRLTIQANLN RLQWVQLVDL TEIYGERLYE TSYRLSKNEA PEGNLGDFAE FQ RRHSMQT PVRMEWSGIC TTQQVKHNNE CRDVGSVLLA VLFENGNIAV WQFQLPFVGK ESISSCNTIE SGITSPSVLF WWE YEHNNR KMSGLIVGSA FGPIKILPVN LKAVKGYFTL RQPVILWKEM DQLPVHSIKC VPLYHPYQKC SCSLVVAARG SYVF WCLLL ISKAGLNVHN SHVTGLHSLP IVSMTADKQN GTVYTCSSDG KVRQLIPIFT DVALKFEHQL IKLSDVFGSV RTHGI AVSP CGAYLAIITT EGMINGLHPV NKNYQVQFVT LKTFEEAAAQ LLESSVQNLF KQVDLIDLVR WKILKDKHIP QFLQEA LEK KIESSGVTYF WRFKLFLLRI LYQSMQKTPS EALWKPTHED SKILLVDSPG MGNADDEQQE EGTSSKQVVK QGLQERS KE GDVEEPTDDS LPTTGDAGGR EPMEEKLLEI QGKIEAVEMH LTREHMKRVL GEVYLHTWIT ENTSIPTRGL CNFLMSDE E YDDRTARVLI GHISKKMNKQ TFPEHCSLCK EILPFTDRKQ AVCSNGHIWL RCFLTYQSCQ SLIYRRCLLH DSIARHPAP EDPDWIKRLL QSPCPFCDSP VF UniProtKB: General transcription factor 3C polypeptide 4 |
-分子 #3: General transcription factor 3C polypeptide 2
分子 | 名称: General transcription factor 3C polypeptide 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 102.612453 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHENL YFQGMDTCGV GYVALGEAGP VGNMTVVDSP GQEVLNQLDV KTSSEMTSAE ASVEMSLPTP LPGFEDSPDQ RRLPPEQES LSRLEQPDLS SEMSKVSKPR ASKPGRKRGG RTRKGPKRPQ QPNPPSAPLV PGLLDQSNPL STPMPKKRGR K SKAELLLL ...文字列: MHHHHHHENL YFQGMDTCGV GYVALGEAGP VGNMTVVDSP GQEVLNQLDV KTSSEMTSAE ASVEMSLPTP LPGFEDSPDQ RRLPPEQES LSRLEQPDLS SEMSKVSKPR ASKPGRKRGG RTRKGPKRPQ QPNPPSAPLV PGLLDQSNPL STPMPKKRGR K SKAELLLL KLSKDLDRPE SQSPKRPPED FETPSGERPR RRAAQVALLY LQELAEELST ALPAPVSCPE GPKVSSPTKP KK IRQPAAC PGGEEVDGAP RDEDFFLQVE AEDVEESEGP SESSSEPEPV VPRSTPRGST SGKQKPHCRG MAPNGLPNHI MAP VWKCLH LTKDFREQKH SYWEFAEWIP LAWKWHLLSE LEAAPYLPQE EKSPLFSVQR EGLPEDGTLY RINRFSSITA HPER WDVSF FTGGPLWALD WCPVPEGAGA SQYVALFSSP DMNETHPLSQ LHSGPGLLQL WGLGTLQQES CPGNRAHFVY GIACD NGCI WDLKFCPSGA WELPGTPRKA PLLPRLGLLA LACSDGKVLL FSLPHPEALL AQQPPDAVKP AIYKVQCVAT LQVGSM QAT DPSECGQCLS LAWMPTRPHQ HLAAGYYNGM VVFWNLPTNS PLQRIRLSDG SLKLYPFQCF LAHDQAVRTL QWCKANS HF LVSAGSDRKI KFWDLRRPYE PINSIKRFLS TELAWLLPYN GVTVAQDNCY ASYGLCGIHY IDAGYLGFKA YFTAPRKG T VWSLSGSDWL GTIAAGDISG ELIAAILPDM ALNPINVKRP VERRFPIYKA DLIPYQDSPE GPDHSSASSG VPNPPKART YTETVNHHYL LFQDTDLGSF HDLLRREPML RMQEGEGHSQ LCLDRLQLEA IHKVRFSPNL DSYGWLVSGG QSGLVRIHFV RGLASPLGH RMQLESRAHF NAMFQPSSPT RRPGFSPTSH RLLPTP UniProtKB: General transcription factor 3C polypeptide 2 |
-分子 #4: tDNA (35-MER)
分子 | 名称: tDNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.819942 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG) (DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) |
-分子 #5: tDNA (35-MER)
分子 | 名称: tDNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.7179 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2 model |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35379 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |