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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1670 | |||||||||
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タイトル | Structure of a rabbit ribosome with P site tRNA | |||||||||
![]() | This is a map of a rabbit reticulocyte lysate ribosome stalled on a mRNA by a stem-loop with a P-site tRNA. | |||||||||
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![]() | Ribosome / mRNA / tRNA / stem-loop | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.6 Å | |||||||||
![]() | Flanagan IV JF / Namy O / Brierley I / Gilbert RJC | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Direct observation of distinct A/P hybrid-state tRNAs in translocating ribosomes. 著者: John F Flanagan / Olivier Namy / Ian Brierley / Robert J C Gilbert / ![]() ![]() 要旨: Transfer RNAs (tRNAs) link the genetic code in the form of messenger RNA (mRNA) to protein sequence. Translocation of tRNAs through the ribosome from aminoacyl (A) site to peptidyl (P) site and from ...Transfer RNAs (tRNAs) link the genetic code in the form of messenger RNA (mRNA) to protein sequence. Translocation of tRNAs through the ribosome from aminoacyl (A) site to peptidyl (P) site and from P site to exit site is catalyzed in eukaryotes by the translocase elongation factor 2 (EF-2) and in prokaryotes by its homolog EF-G. During tRNA movement one or more "hybrid" states (A/P) is occupied, but molecular details of them and of the translocation process are limited. Here we show by cryo-electron microscopy that a population of mammalian ribosomes stalled at an mRNA pseudoknot structure contains structurally distorted tRNAs in two different A/P hybrid states. In one (A/P'), the tRNA is in contact with the translocase EF-2, which induces it. In the other (A/P''), the translocase is absent. The existence of these alternative A/P intermediate states has relevance to our understanding of the mechanics and kinetics of translocation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 83.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 212.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 211.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | This is a map of a rabbit reticulocyte lysate ribosome stalled on a mRNA by a stem-loop with a P-site tRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a stem-loop-containing mR...
全体 | 名称: Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a stem-loop-containing mRNA with a P-site tRNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a stem-loop-containing mR...
超分子 | 名称: Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a stem-loop-containing mRNA with a P-site tRNA タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Ribosome, mRNA and tRNA / Number unique components: 3 |
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-超分子 #1: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Ribosome 詳細: Sample was purified by affinity chromatography using a tag in the mRNA. コピー数: 1 / 集合状態: 40S and 60S / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: tRNA
分子 | 名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: tRNA 詳細: Sample was purified by affinity chromatography using a tag in the mRNA. 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #2: Infectious bronchitis virus mRNA
分子 | 名称: Infectious bronchitis virus mRNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: mRNA / 詳細: Sample was purified by affinity chromatography. / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 25mM Hepes-KOH pH 7.8, 5mM MgOAc, 1mM cycloheximide, 150mM KOAc |
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グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid with lacey carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Homemade plunger / 手法: Blot with Whatman number 1 paper |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 平均: 115 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: At 200,000 magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 65 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Per micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, WellMAP 詳細: Maps were calculated using 24738 out of 38720 particles selected by the P-site tRNA presence. Presence of the tRNA was proved using multivariate statistical analysis focused classification of ...詳細: Maps were calculated using 24738 out of 38720 particles selected by the P-site tRNA presence. Presence of the tRNA was proved using multivariate statistical analysis focused classification of particles without previous alignment to a tRNA-containing ribosome. 使用した粒子像数: 24738 |
最終 角度割当 | 詳細: Spider convention |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: ![]() 2zkq |
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ソフトウェア | 名称: URO |
詳細 | Protocol: Rigid body in segments. Subregions were defined as described in the paper accompanying this deposition. |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: ![]() 2zkr |
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ソフトウェア | 名称: URO |
詳細 | Protocol: Rigid body in segments. Subregions were defined as described in the paper accompanying this deposition. |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |