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- EMDB-16672: Pyruvate dehydrogenase complex core (E2, dihydrolipoyl transacetylase) -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Pyruvate dehydrogenase complex core (E2, dihydrolipoyl transacetylase) | |||||||||
![]() | Pyruvate dehydrogenase complex core | |||||||||
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![]() | transferase / dodecahedron / mitochondrion | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
![]() | Plokhikh KS / Chesnokov YM | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Association of 2-oxoacid dehydrogenase complexes with respirasomes in mitochondria. 著者: Konstantin S Plokhikh / Semen V Nesterov / Yuriy M Chesnokov / Anton G Rogov / Roman A Kamyshinsky / Aleksandr L Vasiliev / Lev S Yaguzhinsky / Raif G Vasilov / ![]() 要旨: In the present study, cryo-electron tomography was used to investigate the localization of 2-oxoacid dehydrogenase complexes (OADCs) in cardiac mitochondria and mitochondrial inner membrane samples. ...In the present study, cryo-electron tomography was used to investigate the localization of 2-oxoacid dehydrogenase complexes (OADCs) in cardiac mitochondria and mitochondrial inner membrane samples. Two classes of ordered OADC inner cores with different symmetries were distinguished and their quaternary structures modeled. One class corresponds to pyruvate dehydrogenase complexes and the other to dehydrogenase complexes of α-ketoglutarate and branched-chain α-ketoacids. OADCs were shown to be localized in close proximity to membrane-embedded respirasomes, as observed both in densely packed lamellar cristae of cardiac mitochondria and in ruptured mitochondrial samples where the dense packing is absent. This suggests the specificity of the OADC-respirasome interaction, which allows localized NADH/NAD exchange between OADCs and complex I of the respiratory chain. The importance of this local coupling is based on OADCs being the link between respiration, glycolysis and amino acid metabolism. The coupling of these basic metabolic processes can vary in different tissues and conditions and may be involved in the development of various pathologies. The present study shows that this important and previously missing parameter of mitochondrial complex coupling can be successfully assessed using cryo-electron tomography. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 781.5 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 5.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 199 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 8 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 5.9 MB 5.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 514.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 514.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Pyruvate dehydrogenase complex core | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16672_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16672_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ruptured mitochondrial membrane samples
全体 | 名称: ruptured mitochondrial membrane samples |
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要素 |
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-超分子 #1: ruptured mitochondrial membrane samples
超分子 | 名称: ruptured mitochondrial membrane samples / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: dihydrolipoyl transacetylase
分子 | 名称: dihydrolipoyl transacetylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MWRVCARRVQ SAVPRAGFRA RWATLKGPRT GPAAVRCGSG IPSYGVRSLC GWSYGSATVP RNRILQQLLG SPSRRSYSLP PHQKVPLPSL SPTMQAGTIA RWEKKEGEKI SEGDLIAEVE TDKATVGFES LEECYMAKIL VPEGTRDVPV GSIICITVEK PQDIEAFKNY ...文字列: MWRVCARRVQ SAVPRAGFRA RWATLKGPRT GPAAVRCGSG IPSYGVRSLC GWSYGSATVP RNRILQQLLG SPSRRSYSLP PHQKVPLPSL SPTMQAGTIA RWEKKEGEKI SEGDLIAEVE TDKATVGFES LEECYMAKIL VPEGTRDVPV GSIICITVEK PQDIEAFKNY TLDSATAATQ AAPAPAAAPA AAPAAPSASA PGSSYPVHMQ IVLPALSPTM TMGTVQRWEK KVGEKLSEGD LLAEIETDKA TIGFEVQEEG YLAKILVPEG TRDVPLGTPL CIIVEKQEDI AAFADYRPTE VTSLKPQAPP PVPPPVAAVP PIPQPLAPTP SAAPAGPKGR VFVSPLAKKL AAEKGIDLTQ VKGTGPEGRI IKKDIDSFVP TKAAPAAAAA APPGPRVAPT PAGVFIDIPI SNIRRVIAQR LMQSKQTIPH YYLSVDVNMG EVLLVRKELN KMLEGKGKIS VNDFIIKASA LACLKVPEAN SSWMDTVIRQ NHVVDVSVAV STPAGLITPI VFNAHIKGLE TIASDVVSLA SKAREGKLQP HEFQGGTFTI SNLGMFGIKN FSAIINPPQA CILAIGASED KLIPADNEKG FDVASVMSVT LSCDHRVVDG AVGAQWLAEF KKYLEKPVTM LL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 名称: Hepes/KOH |
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グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |