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万見- EMDB-16619: Tomogram of Yersinia entomophaga in the post-holin state (whole cell) -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16619 | |||||||||
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タイトル | Tomogram of Yersinia entomophaga in the post-holin state (whole cell) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Virulence / Secretion / Tc toxin / Type 10 secretion system / TOXIN | |||||||||
生物種 | Yersinia entomophaga (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Sitsel O / Wang Z / Janning P / Kroczek L / Wagner T / Raunser S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024 タイトル: Yersinia entomophaga Tc toxin is released by T10SS-dependent lysis of specialized cell subpopulations. 著者: Oleg Sitsel / Zhexin Wang / Petra Janning / Lara Kroczek / Thorsten Wagner / Stefan Raunser / 要旨: Disease-causing bacteria secrete numerous toxins to invade and subjugate their hosts. Unlike many smaller toxins, the secretion machinery of most large toxins remains enigmatic. By combining genomic ...Disease-causing bacteria secrete numerous toxins to invade and subjugate their hosts. Unlike many smaller toxins, the secretion machinery of most large toxins remains enigmatic. By combining genomic editing, proteomic profiling and cryo-electron tomography of the insect pathogen Yersinia entomophaga, we demonstrate that a specialized subset of these cells produces a complex toxin cocktail, including the nearly ribosome-sized Tc toxin YenTc, which is subsequently exported by controlled cell lysis using a transcriptionally coupled, pH-dependent type 10 secretion system (T10SS). Our results dissect the Tc toxin export process by a T10SS, identifying that T10SSs operate via a previously unknown lytic mode of action and establishing them as crucial players in the size-insensitive release of cytoplasmically folded toxins. With T10SSs directly embedded in Tc toxin operons of major pathogens, we anticipate that our findings may model an important aspect of pathogenesis in bacteria with substantial impact on agriculture and healthcare. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16619.map.gz | 296 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16619-v30.xml emd-16619.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16619.png | 186.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16619.cif.gz | 3.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16619 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16619 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16619_validation.pdf.gz | 363.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16619_full_validation.pdf.gz | 363.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16619_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16619_validation.cif.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16619 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16619 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16619.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 319.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 22.89 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yersinia entomophaga strain Ara-YenR (YeEln/YeIspn/YeOspn KO)
全体 | 名称: Yersinia entomophaga strain Ara-YenR (YeEln/YeIspn/YeOspn KO) |
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要素 |
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-超分子 #1: Yersinia entomophaga strain Ara-YenR (YeEln/YeIspn/YeOspn KO)
超分子 | 名称: Yersinia entomophaga strain Ara-YenR (YeEln/YeIspn/YeOspn KO) タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / 株: Ara-YenR (YeEln/YeIspn/YeOspn KO) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: Phosphate-Buffered Saline |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Aurion / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 2.08 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 33000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 37 |
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