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万見
- EMDB-16562: Structure of the yeast delta uL16m mitochondrial ribosome assembl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16562
タイトルStructure of the yeast delta uL16m mitochondrial ribosome assembly intermediate - State 1
マップデータState 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large subunit, consensus map
試料
  • 複合体: Large subunit of the yeast mitochondrial ribosome- State 1, delta uL16m
キーワードYeast mitochondrial ribosome / delta uL16 / RIBOSOME
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Conrad J / Rathore S / Barrientos A
資金援助 米国, スウェーデン, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118141 米国
Swedish Research Council201803694 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017009 スウェーデン
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The late stages of yeast mitoribosome large subunit biogenesis
著者: Rathore S / Conrad J / De Silva D / Ferrari A / Bouquio D / Kim H-J / Urlaub H / Ott M / Barrientos A
履歴
登録2023年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16562.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large subunit, consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.2
最小 - 最大-11.15354 - 19.629411999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000005267 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 392.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large...

ファイルemd_16562_additional_1.map
注釈State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large subunit, LSU body
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large subunit, CP

ファイルemd_16562_additional_2.map
注釈State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large subunit, CP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large...

ファイルemd_16562_additional_3.map
注釈State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large subunit, E-site tRNA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large...

ファイルemd_16562_half_map_1.map
注釈State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large subunit, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large...

ファイルemd_16562_half_map_2.map
注釈State 1, delta uL16m, yeast mitochondrial ribosome, large subunit, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Large subunit of the yeast mitochondrial ribosome- State 1, delta...

全体名称: Large subunit of the yeast mitochondrial ribosome- State 1, delta uL16m
要素
  • 複合体: Large subunit of the yeast mitochondrial ribosome- State 1, delta uL16m

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超分子 #1: Large subunit of the yeast mitochondrial ribosome- State 1, delta...

超分子名称: Large subunit of the yeast mitochondrial ribosome- State 1, delta uL16m
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Mitoribosomal particles from an uL16m-deletion strain were purified by sucrose cushion sedimentation of mitochondrial extracts prepared in the presence of 20% Mg2+ and 1% Triton X-100. This ...詳細: Mitoribosomal particles from an uL16m-deletion strain were purified by sucrose cushion sedimentation of mitochondrial extracts prepared in the presence of 20% Mg2+ and 1% Triton X-100. This approach revealed the structures of novel mitoribosome assembly intermediates. After processing, the structural characterization of the uL16m-deletion mitoribosome particles allowed us to define two major states: state 1, state 2.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 株: delta uL16m / Organelle: Mitochondria

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3551

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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