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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the yeast delta mtg1 mitochondrial ribosome assembly intermediate - State 2 | |||||||||||||||
![]() | State 2, mt-monosome, consensus | |||||||||||||||
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![]() | Yeast mitochondrial ribosome / monosome / RIBOSOME | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||||||||
![]() | Conrad J / Rathore S / Barrientos A | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The late stages of yeast mitoribosome large subunit biogenesis 著者: Rathore S / Conrad J / De Silva D / Ferrari A / Bouquio D / Kim H-J / Urlaub H / Ott M / Barrientos A | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 163.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 123.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 162.6 MB 162.5 MB 156.9 MB 157.6 MB 140.4 MB 139 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 847.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 846.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | State 2, mt-monosome, consensus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: State 2, mt-monosome, LSU body
ファイル | emd_16560_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | State 2, mt-monosome, LSU body | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: State 2, mt-monosome, SSU body
ファイル | emd_16560_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | State 2, mt-monosome, SSU body | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: State 2, mt-monosome, SSU head
ファイル | emd_16560_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | State 2, mt-monosome, SSU head | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: State 2, mt-monosome, CP
ファイル | emd_16560_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | State 2, mt-monosome, CP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: State 2, mt-monosome, halfmap 1
ファイル | emd_16560_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | State 2, mt-monosome, halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: State 2, mt-monosome, halfmap 2
ファイル | emd_16560_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | State 2, mt-monosome, halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : yeast mitochondrial ribosome- State2
全体 | 名称: yeast mitochondrial ribosome- State2 |
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要素 |
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-超分子 #1: yeast mitochondrial ribosome- State2
超分子 | 名称: yeast mitochondrial ribosome- State2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Mitoribosomal particles from an mtg1-deletion strain were purified by sucrose cushion sedimentation of mitochondrial extracts prepared in the presence of 20% Mg2+ and 1% Triton X-100. This ...詳細: Mitoribosomal particles from an mtg1-deletion strain were purified by sucrose cushion sedimentation of mitochondrial extracts prepared in the presence of 20% Mg2+ and 1% Triton X-100. This approach revealed the structures of novel mitoribosome assembly intermediates at resolutions 3.2 A. After processing, the structural characterization of the mtg1-deletion mitoribosome particles allowed us to define three major states: state 1, state 2, and state 3. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 39.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |