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万見
- EMDB-1650: Reconstruction of a 13 nm wide Abeta(1-40) amyloid fibril -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1650
タイトルReconstruction of a 13 nm wide Abeta(1-40) amyloid fibril
マップデータThis is a reconstruction of an Abeta(1-40) amyloid fibril
試料
  • 試料: Abeta(1-40) amyloid fibril
  • タンパク質・ペプチド: Abeta(1-40) peptide
キーワードAlzheimer's disease / amyloid / prion / protein folding
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Schmidt M / Sachse C / Richter W / Xu C / Fandrich M / Grigorieff N
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Comparison of Alzheimer Abeta(1-40) and Abeta(1-42) amyloid fibrils reveals similar protofilament structures.
著者: Matthias Schmidt / Carsten Sachse / Walter Richter / Chen Xu / Marcus Fändrich / Nikolaus Grigorieff /
要旨: We performed mass-per-length (MPL) measurements and electron cryomicroscopy (cryo-EM) with 3D reconstruction on an Abeta(1-42) amyloid fibril morphology formed under physiological pH conditions. The ...We performed mass-per-length (MPL) measurements and electron cryomicroscopy (cryo-EM) with 3D reconstruction on an Abeta(1-42) amyloid fibril morphology formed under physiological pH conditions. The data show that the examined Abeta(1-42) fibril morphology has only one protofilament, although two protofilaments were observed with a previously studied Abeta(1-40) fibril. The latter fibril was resolved at 8 A resolution showing pairs of beta-sheets at the cores of the two protofilaments making up a fibril. Detailed comparison of the Abeta(1-42) and Abeta(1-40) fibril structures reveals that they share an axial twofold symmetry and a similar protofilament structure. Furthermore, the MPL data indicate that the protofilaments of the examined Abeta(1-40) and Abeta(1-42) fibrils have the same number of Abeta molecules per cross-beta repeat. Based on this data and the previously studied Abeta(1-40) fibril structure, we describe a model for the arrangement of peptides within the Abeta(1-42) fibril.
履歴
登録2009年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年9月24日-
マップ公開2009年9月24日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1650.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a reconstruction of an Abeta(1-40) amyloid fibril
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.8 Å/pix.
x 10 pix.
= 48. Å		4.8 Å/pix.
x 40 pix.
= 192. Å		4.8 Å/pix.
x 40 pix.
= 192. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.313765 - 0.515397
平均 (標準偏差)0.00522568 (±0.124983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ404010
Spacing404010
セルA: 192 Å / B: 192 Å / C: 48 Å
α=β=γ: 90 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Abeta(1-40) amyloid fibril

全体名称: Abeta(1-40) amyloid fibril
要素
  • 試料: Abeta(1-40) amyloid fibril
  • タンパク質・ペプチド: Abeta(1-40) peptide

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超分子 #1000: Abeta(1-40) amyloid fibril

超分子名称: Abeta(1-40) amyloid fibril / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Cross-beta structure / Number unique components: 1

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分子 #1: Abeta(1-40) peptide

分子名称: Abeta(1-40) peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Alzheimer peptide / 集合状態: Cross-beta / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 4.33 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8.7 / 詳細: 50 mM sodium borate
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual plunger (Brandeis) / 手法: One-sided blotting for 5 seconds before plunging
詳細Incubation for 4 days at 4 degC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 4 / 平均電子線量: 35 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 12
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 58090 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Fibrils were selected using BOXER
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 詳細: Final map was calculated from 4 fibrils
CTF補正詳細: Each particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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