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万見
- EMDB-16455: Electron cryo-tomography of HeLa cells expressing Cidec-EGFP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16455
タイトルElectron cryo-tomography of HeLa cells expressing Cidec-EGFP
マップデータRepresentative tomogram of HeLa cells expressing Cidec-EGFP. Binned by factor 4.
試料
  • 細胞: HeLa cells expressing Cidec-EGFP
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Ganeva I / Lim K / Boulanger J / Hoffmann PC / Muriel O / Borgeaud AC / Hagen WJH / Savage DB / Kukulski W
資金援助 英国, スイス, 5件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/8 英国
Swiss National Science Foundation201158 スイス
Swiss National Science Foundation185544 スイス
Wellcome TrustWT 219417 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRC_MC_UU_12012.1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: The architecture of Cidec-mediated interfaces between lipid droplets.
著者: Iva Ganeva / Koini Lim / Jerome Boulanger / Patrick C Hoffmann / Olivia Muriel / Alicia C Borgeaud / Wim J H Hagen / David B Savage / Wanda Kukulski /
要旨: Lipid droplets (LDs) are intracellular organelles responsible for storing surplus energy as neutral lipids. Their size and number vary enormously. In white adipocytes, LDs can reach 100 μm in ...Lipid droplets (LDs) are intracellular organelles responsible for storing surplus energy as neutral lipids. Their size and number vary enormously. In white adipocytes, LDs can reach 100 μm in diameter, occupying >90% of the cell. Cidec, which is strictly required for the formation of large LDs, is concentrated at interfaces between adjacent LDs and facilitates directional flux of neutral lipids from the smaller to the larger LD. The mechanism of lipid transfer is unclear, in part because the architecture of interfaces between LDs remains elusive. Here we visualize interfaces between LDs by electron cryo-tomography and analyze the kinetics of lipid transfer by quantitative live fluorescence microscopy. We show that transfer occurs through closely apposed monolayers, is slowed down by increasing the distance between the monolayers, and follows exponential kinetics. Our data corroborate the notion that Cidec facilitates pressure-driven transfer of neutral lipids through two "leaky" monolayers between LDs.
履歴
登録2023年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16455.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Representative tomogram of HeLa cells expressing Cidec-EGFP. Binned by factor 4.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
29.8 Å/pix.
x 101 pix.
= 3009.8 Å		29.8 Å/pix.
x 463 pix.
= 13797.399 Å		29.8 Å/pix.
x 480 pix.
= 14304. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 29.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-791.0 - 591.0
平均 (標準偏差)7.090758 (±35.638996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin8-8-38
サイズ463480101
Spacing480463101
セルA: 14304.0 Å / B: 13797.399 Å / C: 3009.7998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HeLa cells expressing Cidec-EGFP

全体名称: HeLa cells expressing Cidec-EGFP
要素
  • 細胞: HeLa cells expressing Cidec-EGFP

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超分子 #1: HeLa cells expressing Cidec-EGFP

超分子名称: HeLa cells expressing Cidec-EGFP / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 1 nA / 集束イオンビーム - 時間: 2000 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 100 nm
集束イオンビーム - 詳細: Rough milling: 30 kV, 1-0.1 nA. Fine milling: 16kV, 23 pA.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Scios. This is not in a list of allowed ...集束イオンビーム - 詳細: Rough milling: 30 kV, 1-0.1 nA. Fine milling: 16kV, 23 pA.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Scios. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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