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- EMDB-16441: Omicron B.1.1.529 2 RBD up conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16441
タイトルOmicron B.1.1.529 2 RBD up conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Omicron Spike trimeric complex
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードCOVID-19 / SPIKE TRIMER / OMICRON / B.1.1.529 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Alphacoronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Raghavan SSR / Walker MR / Salanti A / Barfod LK / Wang KT
資金援助 デンマーク, 3件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent Research118248 デンマーク
The Carlsberg FoundationCF20-0045 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF170C0026778 デンマーク
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Broadly potent spike-specific human monoclonal antibodies inhibit SARS-CoV-2 Omicron sub-lineages.
著者: Melanie R Walker / Alexander Underwood / Kasper H Björnsson / Sai Sundar Rajan Raghavan / Maria R Bassi / Alekxander Binderup / Long V Pham / Santseharay Ramirez / Mette Pinholt / Robert ...著者: Melanie R Walker / Alexander Underwood / Kasper H Björnsson / Sai Sundar Rajan Raghavan / Maria R Bassi / Alekxander Binderup / Long V Pham / Santseharay Ramirez / Mette Pinholt / Robert Dagil / Anne S Knudsen / Manja Idorn / Max Soegaard / Kaituo Wang / Andrew B Ward / Ali Salanti / Jens Bukh / Lea Barfod /
要旨: The continuous emergence of SARS-CoV-2 variants of concern has rendered many therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) ineffective. To date, there are no clinically authorized therapeutic antibodies ...The continuous emergence of SARS-CoV-2 variants of concern has rendered many therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) ineffective. To date, there are no clinically authorized therapeutic antibodies effective against the recently circulating Omicron sub-lineages BA.2.86 and JN.1. Here, we report the isolation of broad and potent neutralizing human mAbs (HuMabs) from a healthcare worker infected with SARS-CoV-2 early in the pandemic. These include a genetically unique HuMab, named K501SP6, which can neutralize different Omicron sub-lineages, including BQ.1, XBB.1, BA.2.86 and JN.1, by targeting a highly conserved epitope on the N terminal domain, as well as an RBD-specific HuMab (K501SP3) with high potency towards earlier circulating variants that was escaped by the more recent Omicron sub-lineages through spike F486 and E484 substitutions. Characterizing SARS-CoV-2 spike-specific HuMabs, including broadly reactive non-RBD-specific HuMabs, can give insight into the immune mechanisms involved in neutralization and immune evasion, which can be a valuable addition to already existing SARS-CoV-2 therapies.
履歴
登録2023年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16441.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.36 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.36 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 399.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.5335692 - 2.4932928
平均 (標準偏差)-0.00043143303 (±0.05245601)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 399.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_16441_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16441_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16441_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Omicron Spike trimeric complex

全体名称: Omicron Spike trimeric complex
要素
  • 複合体: Omicron Spike trimeric complex
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: Omicron Spike trimeric complex

超分子名称: Omicron Spike trimeric complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Alphacoronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 0.4 kDa/nm

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alphacoronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 118.193594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LDVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE G KQGNFKNL ...文字列:
QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LDVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE G KQGNFKNL REFVFKNIDG YFKIYSKHTP IIVPEDLPQG FSALEPLVDL PIGINITRFQ TLLALHRSSS GWTAGAAAYY VG YLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFDEVFNAT RFA SVYAWN RKRISNCVAD YSVLYNLAPF FTFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYADSFVIRG DEVRQIAPGQ TGNIADYNYK LPDD FTGCV IAWNSKNLDS KVSGNYNYLY RLFRKSNLKP FERDISTEIY QAGNKPCNGV AGFNCYFPLR SYSFRPTYGV GHQPY RVVV LSFELLHAPA TVCGPKKSTN LVKNKCVNFN FNGLKGTGVL TESNKKFLPF QQFGRDIADT TDAVRDPQTL EILDIT PCS FGGVSVITPG TNTSNQVAVL YQGVNCTEVN VFQTRAGCLI GAEYVNNSYE CDIPIGAGIC ASYQTSQSII AYTMSLG AE NSVAYSNNSI AIPTNFTISV TTEILPVSMT KTSVDCTMYI CGDSTECSNL LLQYGSFCTQ LKRALTGIAV EQDKNTQE V FAQVKQIYKT PPIKYFGGFN FSQILPDPSK SKRSFIEDLL FNKVTKFKGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWT FGAGAALQIP FAMQMAYRFN GIGVTQNVLY ENQKLIANQF NSAIGKIQDS LSSTASALGK LQDVVNHNAQ ALNTLVKQLS SKFGAISSV LNDIFSRLDP PEAEVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG Y HLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CD VVIGIVN NTVYDPLQPE LDS

UniProtKB: Spike glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Homemade / 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7dk6

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19500
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8c5r:
Omicron B.1.1.529 2 RBD up conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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