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- EMDB-16437: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant - Q86R,H305K... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16437
タイトルCyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant - Q86R,H305K,H308K,H323K
マップデータMap of cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant (Q86R/H305K/H308K/H323K)
試料
  • 複合体: Active helical nitrilase homo-oligomer of cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant (Q86R/H305K/H308K/H323K)
    • タンパク質・ペプチド: Cyanide dihydratase
キーワードHelical / homo-oligomeric / cyanide dihydratase / HYDROLASE
機能・相同性Nitrilase/Cyanide hydratase / Nitrilases / cyanide hydratase signature 1. / Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site / nitrilase activity / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / Cyanide dihydratase
機能・相同性情報
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Mulelu AE / Reitz J / van Rooyen J / Scheffer M / Frangakis AS / Dlamini LS / Woodward JD / Benedik MJ / Sewell BT
資金援助 南アフリカ, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation in South Africa 南アフリカ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Role of Histidine Residues in the Oligomerization of Cyanide Dihydratase from Bacillus pumilus C1
著者: Mulelu AE / Reitz J / van Rooyen J / Scheffer M / Frangakis AS / Dlamini LS / Woodward JD / Benedik MJ / Sewell BT
履歴
登録2023年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16437.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant (Q86R/H305K/H308K/H323K)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0248
最小 - 最大-0.073721595 - 0.121908784
平均 (標準偏差)-0.00008425946 (±0.0060234424)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Active helical nitrilase homo-oligomer of cyanide dihydratase fro...

全体名称: Active helical nitrilase homo-oligomer of cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant (Q86R/H305K/H308K/H323K)
要素
  • 複合体: Active helical nitrilase homo-oligomer of cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant (Q86R/H305K/H308K/H323K)
    • タンパク質・ペプチド: Cyanide dihydratase

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超分子 #1: Active helical nitrilase homo-oligomer of cyanide dihydratase fro...

超分子名称: Active helical nitrilase homo-oligomer of cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant (Q86R/H305K/H308K/H323K)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant generated by site-directed mutagenesis.
由来(天然)生物種: Bacillus pumilus (バクテリア)

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分子 #1: Cyanide dihydratase

分子名称: Cyanide dihydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus pumilus (バクテリア)
分子量理論値: 37.503363 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTSIYPKFRA AAVQAAPIYL NLEASVEKSC ELIDEAASNG AKLVAFPEAF LPGYPWFAFI GHPEYTRKFY HELYKNAVEI PSLAIRKIS EAAKRNETYV CISCSEKDGG SLYLAQLWFN PNGDLIGKHR KMRASVAERL IWGDGSGSMM PVFQTEIGNL G GLMCWEHQ ...文字列:
MTSIYPKFRA AAVQAAPIYL NLEASVEKSC ELIDEAASNG AKLVAFPEAF LPGYPWFAFI GHPEYTRKFY HELYKNAVEI PSLAIRKIS EAAKRNETYV CISCSEKDGG SLYLAQLWFN PNGDLIGKHR KMRASVAERL IWGDGSGSMM PVFQTEIGNL G GLMCWEHQ VPLDLMAMNA QNEQVHVASW PGYFDDEISS RYYAIATQTF VLMTSSIYTE EMKEMICLTQ EQRDYFETFK SG HTCIYGP DGEPISDMVP AETEGIAYAE IDVERVIDYK YYIDPAGHYS NQSLSMNFNQ QPTPVVKKLN KQKNEVFTYE DIQ YQKGIL EEKV

UniProtKB: Cyanide dihydratase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 5.4
構成要素:
濃度式名称
0.15 MNaClsodium chloride
0.05 MTristrizma base

詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl pH 5.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 20.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: A 2.5 microlitre sample was applied onto a glow-discharged grid, blotted and plunged without incubation..
詳細Homogeneous protein sample.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 92000
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.7 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -77 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 103000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8c5i:
Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant - Q86R,H305K,H308K,H323K

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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