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- EMDB-16431: Pontibacter korlensis curli subunit CsgA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16431
タイトルPontibacter korlensis curli subunit CsgA
マップデータ
試料
  • 複合体: curli fiber of Pontibacteri korlensis CsgA
    • タンパク質・ペプチド: Curlin associated repeat-containing protein
キーワードbacterial functional amyloid / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Curlin associated / Curlin associated repeat / pilus / cell adhesion / Curlin associated repeat-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pontibacter korlensis (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Remaut H / Sleutel M / Pradhan B
資金援助 ベルギー, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G043021N ベルギー
European Research Council (ERC)649082European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural analysis and architectural principles of the bacterial amyloid curli.
著者: Mike Sleutel / Brajabandhu Pradhan / Alexander N Volkov / Han Remaut /
要旨: Two decades have passed since the initial proposition that amyloids are not only (toxic) byproducts of an unintended aggregation cascade, but that they can also be produced by an organism to serve a ...Two decades have passed since the initial proposition that amyloids are not only (toxic) byproducts of an unintended aggregation cascade, but that they can also be produced by an organism to serve a defined biological function. That revolutionary idea was borne out of the realization that a large fraction of the extracellular matrix that holds Gram-negative cells into a persistent biofilm is composed of protein fibers (curli; tafi) with cross-β architecture, nucleation-dependent polymerization kinetics and classic amyloid tinctorial properties. The list of proteins shown to form so-called functional amyloid fibers in vivo has greatly expanded over the years, but detailed structural insights have not followed at a similar pace in part due to the associated experimental barriers. Here we combine extensive AlphaFold2 modelling and cryo-electron transmission microscopy to propose an atomic model of curli protofibrils, and their higher modes of organization. We uncover an unexpected structural diversity of curli building blocks and fibril architectures. Our results allow for a rationalization of the extreme physico-chemical robustness of curli, as well as earlier observations of inter-species curli promiscuity, and should facilitate further engineering efforts to expand the repertoire of curli-based functional materials.
履歴
登録2023年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16431.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16431.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.485 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0175
最小 - 最大-0.047862876 - 0.07084798
平均 (標準偏差)0.000025754442 (±0.0031930818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 222.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16431_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16431_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : curli fiber of Pontibacteri korlensis CsgA

全体名称: curli fiber of Pontibacteri korlensis CsgA
要素
  • 複合体: curli fiber of Pontibacteri korlensis CsgA
    • タンパク質・ペプチド: Curlin associated repeat-containing protein

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超分子 #1: curli fiber of Pontibacteri korlensis CsgA

超分子名称: curli fiber of Pontibacteri korlensis CsgA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Sample is generated by in vitro polymerisation of Pontibacter korlensis Csga subunits
由来(天然)生物種: Pontibacter korlensis (バクテリア)

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分子 #1: Curlin associated repeat-containing protein

分子名称: Curlin associated repeat-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pontibacter korlensis (バクテリア)
分子量理論値: 38.033785 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: QGTTSSATTS QTGNTNTAVI DQVGGLNNSA EASQAGDGNV ATVTQAEGMD NAVYIDQVGL TNTATVLQEG GLDNDADVDQ DGDLNVAYI WQNLGEDNDA DIDQDGTLND AAIEQDGGED NDADIDQDGS ENAAYVGQTG GEDNDADIDQ DGTFNNAYIG Q FGGEDNEA ...文字列:
QGTTSSATTS QTGNTNTAVI DQVGGLNNSA EASQAGDGNV ATVTQAEGMD NAVYIDQVGL TNTATVLQEG GLDNDADVDQ DGDLNVAYI WQNLGEDNDA DIDQDGTLND AAIEQDGGED NDADIDQDGS ENAAYVGQTG GEDNDADIDQ DGTFNNAYIG Q FGGEDNEA DLDQDGDANY AAILQDGGED NDADIDQDGT NNWAETNQIQ GNDNDVEVDQ DGSDNIAEVW QMHGEDNEAN VD QDGDLNN AYILQEGGMN NLADVHQNGV SNTAEIYQYG GMDNEAYLIQ DGDMHTGVIT QSGDGANYAE LNQMGLMNTG SIT QDGMGN SAITSQGGSM NMSTVTQSGT GNISLVNQHG GHHHHHH

UniProtKB: Curlin associated repeat-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6 / 詳細: 15 mM MES pH 6.0
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4455 / 平均電子線量: 64.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 72.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 180 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 64138
Segment selection選択した数: 1817890 / ソフトウェア - 名称: crYOLO
詳細: 1000 filaments were manually boxed using e2helixboxer.py of the EMAN2 package and used as a training dataset for SPHIRE-crYOLO.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cylinder of 4nm
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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