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- PDB-8c50: Pontibacter korlensis curli subunit CsgA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c50
タイトルPontibacter korlensis curli subunit CsgA
要素Curlin associated repeat-containing protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / bacterial functional amyloid
機能・相同性Curlin associated / Curlin associated repeat / pilus / cell adhesion / Curlin associated repeat-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pontibacter korlensis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Remaut, H. / Sleutel, M. / Pradhan, B.
資金援助 ベルギー, European Union, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G043021N ベルギー
European Research Council (ERC)649082European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural analysis and architectural principles of the bacterial amyloid curli.
著者: Mike Sleutel / Brajabandhu Pradhan / Alexander N Volkov / Han Remaut /
要旨: Two decades have passed since the initial proposition that amyloids are not only (toxic) byproducts of an unintended aggregation cascade, but that they can also be produced by an organism to serve a ...Two decades have passed since the initial proposition that amyloids are not only (toxic) byproducts of an unintended aggregation cascade, but that they can also be produced by an organism to serve a defined biological function. That revolutionary idea was borne out of the realization that a large fraction of the extracellular matrix that holds Gram-negative cells into a persistent biofilm is composed of protein fibers (curli; tafi) with cross-β architecture, nucleation-dependent polymerization kinetics and classic amyloid tinctorial properties. The list of proteins shown to form so-called functional amyloid fibers in vivo has greatly expanded over the years, but detailed structural insights have not followed at a similar pace in part due to the associated experimental barriers. Here we combine extensive AlphaFold2 modelling and cryo-electron transmission microscopy to propose an atomic model of curli protofibrils, and their higher modes of organization. We uncover an unexpected structural diversity of curli building blocks and fibril architectures. Our results allow for a rationalization of the extreme physico-chemical robustness of curli, as well as earlier observations of inter-species curli promiscuity, and should facilitate further engineering efforts to expand the repertoire of curli-based functional materials.
履歴
登録2023年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Curlin associated repeat-containing protein
B: Curlin associated repeat-containing protein
C: Curlin associated repeat-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1013
ポリマ－114,1013
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Curlin associated repeat-containing protein


分子量: 38033.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pontibacter korlensis (バクテリア)
遺伝子: PKOR_12675 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3UX01

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: curli fiber of Pontibacteri korlensis CsgA / タイプ: COMPLEX
詳細: Sample is generated by in vitro polymerisation of Pontibacter korlensis Csga subunits
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pontibacter korlensis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 6 / 詳細: 15 mM MES pH 6.0
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 64.66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4455

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM3.0.8画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 180 ° / 軸方向距離/サブユニット: 72 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 1817890
詳細: 1000 filaments were manually boxed using e2helixboxer.py of the EMAN2 package and used as a training dataset for SPHIRE-crYOLO.
3次元再構成解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64138 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0017845
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42110680
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.0312736
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461161
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0011563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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