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- EMDB-1642: Structure of chlorosomes from the green filamentous bacterium Chl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1642
タイトルStructure of chlorosomes from the green filamentous bacterium Chloroflexus aurantiacus
マップデータThis is a tomogram of an individual Chloroflexus aurantiacus chlorosome.
試料
  • 試料: A chlorosome of Chloroflexus aurantiacus
  • 細胞器官・細胞要素: Chlorosome
キーワードChlorosome / light-harvesting complex / Chloroflexus
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Psencik J / Collins AM / Liljeroos L / Torkkeli M / Laurinmaki P / Ansink HM / Ikonen TP / Serimaa RE / Blankenship RE / Tuma R / Butcher SJ
引用ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2009
タイトル: Structure of chlorosomes from the green filamentous bacterium Chloroflexus aurantiacus.
著者: Jakub Psencík / Aaron M Collins / Lassi Liljeroos / Mika Torkkeli / Pasi Laurinmäki / Hermanus M Ansink / Teemu P Ikonen / Ritva E Serimaa / Robert E Blankenship / Roman Tuma / Sarah J Butcher /
要旨: The green filamentous bacterium Chloroflexus aurantiacus employs chlorosomes as photosynthetic antennae. Chlorosomes contain bacteriochlorophyll aggregates and are attached to the inner side of a ...The green filamentous bacterium Chloroflexus aurantiacus employs chlorosomes as photosynthetic antennae. Chlorosomes contain bacteriochlorophyll aggregates and are attached to the inner side of a plasma membrane via a protein baseplate. The structure of chlorosomes from C. aurantiacus was investigated by using a combination of cryo-electron microscopy and X-ray diffraction and compared with that of Chlorobi species. Cryo-electron tomography revealed thin chlorosomes for which a distinct crystalline baseplate lattice was visualized in high-resolution projections. The baseplate is present only on one side of the chlorosome, and the lattice dimensions suggest that a dimer of the CsmA protein is the building block. The bacteriochlorophyll aggregates inside the chlorosome are arranged in lamellae, but the spacing is much greater than that in Chlorobi species. A comparison of chlorosomes from different species suggested that the lamellar spacing is proportional to the chain length of the esterifying alcohols. C. aurantiacus chlorosomes accumulate larger quantities of carotenoids under high-light conditions, presumably to provide photoprotection. The wider lamellae allow accommodation of the additional carotenoids and lead to increased disorder within the lamellae.
履歴
登録2009年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年8月19日-
マップ公開2009年9月3日-
更新2011年9月9日-
現状2011年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 67.030927835
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 67.030927835
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1642.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 335 KB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈This is a tomogram of an individual Chloroflexus aurantiacus chlorosome.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 23 Å
密度
表面レベル登録者による: 58.700000000000003 / ムービー #1: 67.0309278
最小 - 最大-171.0 - 249.0
平均 (標準偏差)1.77992 (±31.613600000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ745940
Spacing745940
セルA: 1702 Å / B: 1357 Å / C: 920 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z232323
M x/y/z745940
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1702.0001357.000920.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS597440
D min/max/mean-171.000249.0001.780

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A chlorosome of Chloroflexus aurantiacus

全体名称: A chlorosome of Chloroflexus aurantiacus
要素
  • 試料: A chlorosome of Chloroflexus aurantiacus
  • 細胞器官・細胞要素: Chlorosome

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超分子 #1000: A chlorosome of Chloroflexus aurantiacus

超分子名称: A chlorosome of Chloroflexus aurantiacus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomeric / Number unique components: 1

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超分子 #1: Chlorosome

超分子名称: Chlorosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Chlorosome / 集合状態: Monomeric / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus (バクテリア) / 細胞: Chloroflexus aurantiacus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: sample was dialyzed against water
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 holey carbon film, copper grid 400 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Homemade plunger / 手法: Blot for 1.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 93 K / 最高: 103 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
詳細Low-dose illumination
日付2008年2月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 1.50 µm / 実像数: 65 / 平均電子線量: 160 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 25840 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 25840
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -64 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64 °
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected manually. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 65. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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