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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16334 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a Staphylococus aureus 30S-RbfA complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome / RbfA / 30S subunit maturation / cryo-EM / ribosome biogenesis / translation / Staphylococcus aureus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Bikmullin AG / Fatkhullin B / Stetsenko A / Guskov A / Yusupov M | |||||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: Yet Another Similarity between Mitochondrial and Bacterial Ribosomal Small Subunit Biogenesis Obtained by Structural Characterization of RbfA from . 著者: Aydar G Bikmullin / Bulat Fatkhullin / Artem Stetsenko / Azat Gabdulkhakov / Natalia Garaeva / Liliia Nurullina / Evelina Klochkova / Alexander Golubev / Iskander Khusainov / Natalie ...著者: Aydar G Bikmullin / Bulat Fatkhullin / Artem Stetsenko / Azat Gabdulkhakov / Natalia Garaeva / Liliia Nurullina / Evelina Klochkova / Alexander Golubev / Iskander Khusainov / Natalie Trachtmann / Dmitriy Blokhin / Albert Guskov / Shamil Validov / Konstantin Usachev / Marat Yusupov / 要旨: Ribosome biogenesis is a complex and highly accurate conservative process of ribosomal subunit maturation followed by association. Subunit maturation comprises sequential stages of ribosomal RNA and ...Ribosome biogenesis is a complex and highly accurate conservative process of ribosomal subunit maturation followed by association. Subunit maturation comprises sequential stages of ribosomal RNA and proteins' folding, modification and binding, with the involvement of numerous RNAses, helicases, GTPases, chaperones, RNA, protein-modifying enzymes, and assembly factors. One such assembly factor involved in bacterial 30S subunit maturation is ribosomal binding factor A (RbfA). In this study, we present the crystal (determined at 2.2 Å resolution) and NMR structures of RbfA as well as the 2.9 Å resolution cryo-EM reconstruction of the 30S-RbfA complex from (). Additionally, we show that the manner of RbfA action on the small ribosomal subunit during its maturation is shared between bacteria and mitochondria. The obtained results clarify the function of RbfA in the 30S maturation process and its role in ribosome functioning in general. Furthermore, given that is a serious human pathogen, this study provides an additional prospect to develop antimicrobials targeting bacterial pathogens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16334.map.gz | 97.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16334-v30.xml emd-16334.xml | 38.6 KB 38.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16334_fsc.xml | 12.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16334.png | 164.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16334.cif.gz | 9 KB | ||
その他 | emd_16334_half_map_1.map.gz emd_16334_half_map_2.map.gz | 179.2 MB 179.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16334 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8byvMC 8bxaC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.022 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16334_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16334_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 30S small ribosomal subunit with ribosome binding factor A
+超分子 #1: 30S small ribosomal subunit with ribosome binding factor A
+超分子 #2: 30S Small ribosomal subunit
+超分子 #3: Ribosome-binding factor A
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: Ribosome-binding factor A
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 53.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |