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- EMDB-16279: Structure of CEACAM5 A3-B3 domain in Complex with Tusamitamab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16279
タイトルStructure of CEACAM5 A3-B3 domain in Complex with Tusamitamab Fab
マップデータCryo EM map for the complex
試料
  • 複合体: hCEACAM5-A3B3-Tusamitamab Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Tusamitamab Fab heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Tusamitamab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCEACAM5 / Tusamitamab / Cancer / cell adhesion / cryo-EM / small molecular weight / Fab / A3-B3 / human membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane ...GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule CEACAM5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus sp. (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Kumar A / Bertrand T / Rapisarda C / Rak A
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Other private フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into epitope-paratope interactions of a monoclonal antibody targeting CEACAM5-expressing tumors.
著者: Anand Kumar / Francis Duffieux / Marie Gagnaire / Chiara Rapisarda / Thomas Bertrand / Alexey Rak /
要旨: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecules (CEACAMs) are overexpressed in some tumor types. The antibody-drug conjugate tusamitamab ravtansine specifically recognizes the A3-B3 domains ...Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecules (CEACAMs) are overexpressed in some tumor types. The antibody-drug conjugate tusamitamab ravtansine specifically recognizes the A3-B3 domains of human CEACAM5 (hCEACAM5). To understand this specificity, here we map the epitope-paratope interface between the A3-B3 domains of hCEACAM5 (hCEACAM5) and the antigen-binding fragment of tusamitamab (tusa Fab). We use hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry to identify the tusa Fab paratope, which involves heavy chain (HC) residues 101-109 and light chain residues 48-54 and 88-104. Using surface plasmon resonance, we demonstrate that alanine variants of HC residues 96-108 abolish binding to hCEACAM5, suggesting that these residues are critical for tusa-Fab-antigen complex formation. The cryogenic electron microscopy structure of the hCEACAM5- tusa Fab complex (3.11 Å overall resolution) reveals a discontinuous epitope involving residues in the A3-B3 domains and an N-linked mannose at residue Asn612. Conformational constraints on the epitope-paratope interface enable tusamitamab to target hCEACAM5 and distinguish CEACAM5 from other CEACAMs.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2023
タイトル: Structural insights into epitope-paratope interactions of monoclonal antibody targeting CEACAM5-expressing tumors
著者: Rak A / Kumar A / Duffi F / Gagnaire M / Rapisarda C / Bertrand T
履歴
登録2022年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16279.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16279.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo EM map for the complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å		1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å		1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-34.901577000000003 - 77.238235000000003
平均 (標準偏差)0.000000000002839 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 296.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_16279_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_16279_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : hCEACAM5-A3B3-Tusamitamab Fab complex

全体名称: hCEACAM5-A3B3-Tusamitamab Fab complex
要素
  • 複合体: hCEACAM5-A3B3-Tusamitamab Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Tusamitamab Fab heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Tusamitamab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: hCEACAM5-A3B3-Tusamitamab Fab complex

超分子名称: hCEACAM5-A3B3-Tusamitamab Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Human CEACAM5 a3-B3 domain in the comlex with the Tusamitamab Fab
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70 KDa

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分子 #1: Tusamitamab Fab heavy Chain

分子名称: Tusamitamab Fab heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 24.833652 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQESGPG LVKPGGSLSL SCAASGFVFS SYDMSWVRQT PERGLEWVAY ISSGGGITYA PSTVKGRFTV SRDNAKNTLY LQMNSLTSE DTAVYYCAAH YFGSSGPFAY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
EVQLQESGPG LVKPGGSLSL SCAASGFVFS SYDMSWVRQT PERGLEWVAY ISSGGGITYA PSTVKGRFTV SRDNAKNTLY LQMNSLTSE DTAVYYCAAH YFGSSGPFAY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTHT HHHHHH

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分子 #2: Tusamitamab Light Chain

分子名称: Tusamitamab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 23.497072 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPAS LSASVGDRVT ITCRASENIF SYLAWYQQKP GKSPKLLVYN TRTLAEGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQP EDFATYYCQ HHYGTPFTFG SGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPAS LSASVGDRVT ITCRASENIF SYLAWYQQKP GKSPKLLVYN TRTLAEGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQP EDFATYYCQ HHYGTPFTFG SGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5

分子名称: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: A3-B3 domain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.883041 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELPKPSISSN NSKPVEDKDA VAFTCEPEAQ NTTYLWWVNG QSLPVSPRLQ LSNGNRTLTL FNVTRNDARA YVCGIQNSVS ANRSDPVTL DVLYGPDTPI ISPPDSSYLS GANLNLSCHS ASNPSPQYSW RINGIPQQHT QVLFIAKITP NNNGTYACFV S NLATGRNN ...文字列:
ELPKPSISSN NSKPVEDKDA VAFTCEPEAQ NTTYLWWVNG QSLPVSPRLQ LSNGNRTLTL FNVTRNDARA YVCGIQNSVS ANRSDPVTL DVLYGPDTPI ISPPDSSYLS GANLNLSCHS ASNPSPQYSW RINGIPQQHT QVLFIAKITP NNNGTYACFV S NLATGRNN SIVKSITVSA SGTSPGLSAH HHHHH

UniProtKB: Cell adhesion molecule CEACAM5

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.87 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 X / 構成要素 - 名称: D-PBS / 詳細: Dulbeccos phosphate buffered saline
グリッドモデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5072 / 平均露光時間: 4.72 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 240000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2614488 / 詳細: Picked using blob picker
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 213470
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8bw0:
Structure of CEACAM5 A3-B3 domain in Complex with Tusamitamab Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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