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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16259 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Negative stain EM structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector subdomain coil 3 | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | actin-binding protein (アクチン結合タンパク質) / armadillo repeat (アルマジロリピート) / solenoid (ソレノイド) / pleckstrin-homology domain / PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen Q / Rosenthal P | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, ノルウェー, 英国, 7件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector suggests a role as an elastic element to assist myosin A in generating force for gliding motility 著者: Hung YF / Chen Q / Pires I / Rosenthal P / Kursula I | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16259.map.gz | 986.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16259-v30.xml emd-16259.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16259_fsc.xml | 2.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16259.png | 15.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16259.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_16259_half_map_1.map.gz emd_16259_half_map_2.map.gz | 1.8 MB 1.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16259 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16259 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16259.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16259_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16259_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 3)
全体 | 名称: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 3) |
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要素 |
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-超分子 #1: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 3)
超分子 | 名称: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 3) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
-分子 #1: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 3)
分子 | 名称: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 3) タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QPREKTCKDV YDLLNSRVQ QGLSVAISEV AILQEEVEFL VSQ(MSE)G(MSE)YNQE QLDHQTA(MSE)GA DHQYGN(MSE)AFE LLAATSANVK LLQA NEFSK (MSE)ELALIKGQA DPEIVLYAVK ALTAFCKFPP AAQDTARIQG CPALVTEACS KINKSGLPNE ...文字列: QPREKTCKDV YDLLNSRVQ QGLSVAISEV AILQEEVEFL VSQ(MSE)G(MSE)YNQE QLDHQTA(MSE)GA DHQYGN(MSE)AFE LLAATSANVK LLQA NEFSK (MSE)ELALIKGQA DPEIVLYAVK ALTAFCKFPP AAQDTARIQG CPALVTEACS KINKSGLPNE RKEEHLCARY F LVERTAIN RNLYNKTPI(MSE) TELINSWNDY DKGAYTTTLL RFVFRA(MSE)RRV VSDAHVEELL KANVLQRLIG IISD VNAD(MSE) ALLPDVLFLL GSLAVVPEIK TKIGELNGIA ACTDLLQRAL PKPNTAPVVT NVCLAFANIC IGHKKNTEIF S KLGGPALN VKVLNDRGHE YDVCNAASVL LCNLLYKNES (MSE)KKLLGTNGA PAALVKGLSN YDGSEEKTAI RCLESVFK A ISNLSLYTPN IQPFLDAGIE NAYSTWLSNL SETFPDAQLE TGCRTLVNLV (MSE)ENEENN(MSE)RK FGVCLLPC (MSE) AVAKQGRTDT KALLLLLDIE ASLCRLKENA EAFAANGGIE TTIRLIHQFD YDVGLLTLGI HLLGIQSAVK DSIQR (MSE)(MSE)DA DVFSILVGCV EVDAEGNEVT DLVVGGLRCT RRIVRSEELA FEYCNAGGIA TIANVICKSI NQP(MSE) V(MSE)LEA CRVLLGLLFY TTRSQADRQA AVEALHAQCQ QRAEQ(MSE)HAQA QADYEAGVVS EPPPEE(MSE)EVP EPD PDELAN AAYGGWYQ(MSE)G (MSE)DEV(MSE)IDAIL QAVCACAAVE AHAKQLRLQR VCLGLAAYFA SEQ(MSE)GTSS L VGSGIEQVLT QI(MSE)TNFAGEG TT(MSE)QLSCVII NSIA(MSE)TSGD(MSE) YEEIKTSALL SALKTSVGK (MSE)ATKKPEEKA LKETCAATLE AAS |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: sodium silicotungstate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |