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万見- EMDB-16257: Cryo-EM structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16257 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | actin-binding protein / armadillo repeat / solenoid / pleckstrin-homology domain / PROTEIN BINDING | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen Q / Rosenthal P | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, ノルウェー, 英国, 7件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector suggests a role as an elastic element to assist myosin A in generating force for gliding motility 著者: Hung YF / Chen Q / Pires I / Rosenthal P / Kursula I | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16257.map.gz | 28.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16257-v30.xml emd-16257.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16257_fsc.xml | 6.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16257.png | 36.2 KB | ||
マスクデータ | emd_16257_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16257.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_16257_half_map_1.map.gz emd_16257_half_map_2.map.gz | 28.3 MB 28.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16257 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16257 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16257_validation.pdf.gz | 658.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16257_full_validation.pdf.gz | 657.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16257_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16257_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16257 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16257 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16257.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.61 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16257_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16257_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16257_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : toxoplasma gondii glideosome-associated connector
全体 | 名称: toxoplasma gondii glideosome-associated connector |
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要素 |
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-超分子 #1: toxoplasma gondii glideosome-associated connector
超分子 | 名称: toxoplasma gondii glideosome-associated connector / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
-分子 #1: toxoplasma gondii glideosome-associated connector
分子 | 名称: toxoplasma gondii glideosome-associated connector / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: G(MSE)AIGKVKRN PDAGVATAVQ SVIQHQTFKR (MSE)LLFGLRSLA DFCSPSNQLY QENALDALDR GVLSAIQTAV TT FSDDDDL (MSE)LCASRVLWA (MSE)SVAIKEE(MSE)D PAHIARVHSE GSPVIVAVVN SSPTDPQTIE DS(MSE)NFVD NL KRAGAPVDGA ...文字列: G(MSE)AIGKVKRN PDAGVATAVQ SVIQHQTFKR (MSE)LLFGLRSLA DFCSPSNQLY QENALDALDR GVLSAIQTAV TT FSDDDDL (MSE)LCASRVLWA (MSE)SVAIKEE(MSE)D PAHIARVHSE GSPVIVAVVN SSPTDPQTIE DS(MSE)NFVD NL KRAGAPVDGA SLAGG(MSE)LSIF TKTALD(MSE)KTA KRVTAALAIA AETAEGSTAL YNAGGTSVLL TYCLDQGDLS DAGVE(MSE)VEG AFDTVRY(MSE)AG YQCTDATTLP QCIAL(MSE)DKYR GRKSASAKGS SALAA(MSE)IGPE QLQKC LNTL KTAEAGSAEY DEALVTLGS(MSE) SYISSFTDEI VRAGGVPLLI ELINSGLPQ(MSE) EGNPEKIAS(MSE) ISGA AK(MSE)LA RIASNPVNVD AIVQAGGVAT LCTAVSYCTE S(MSE)EALGALC(MSE) ALVPLASRES LAHEIVQYQT FAT VLPILY QNVESPEIAA LA(MSE)ELVATGS QHEEIQEH(MSE)L QNQAAEICSL CCQYHTADAS YQQHAISALN RLVPRL TTL HGVSEYGGIQ GVIASLNANV NNEQVALLAV QLLDNFSEVS DAKTY(MSE)SDGT CVDAVLAA(MSE)L EHEGNDLLI SAGVHCLARI ATEDDCARHL NVLDTAIQTA RGNPDGVYRV LAAISGLSRV PSLRQIFEEK NASDTILAGI SSWIECSRFE GQNRIIKAA LKTVKN(MSE)KIS GDGDLTSCFA A(MSE)CDVACLPQ VKRVVELEEP DNNILVADTA AFRDLAAT(MSE) RITGAENLER CIESVLRV(MSE)R KYPDSRRAQL NCLETLNYLA QCDGGEGVAI LSRTGGLNAV VQYLTRAP(MSE)Y LD AQIAGFT VLATSAKIDS NVGETLRKCN CLQALKVA(MSE)R THAKSKELKR TIAPLVALL(MSE) PTDALETEIQ ELLNE CASA CEKNNFPHLH ENLAALNELL ISSEGAKIAA RLGIGAH(MSE)CK YQEYISAHEQ DALAVTDYDI LGKDLFDATV SE CAHA(MSE)EQ VASTRSGRNA LIKAGNVATL ISLYESLKAP QSQYSEEAAI HCLEALRILL KSDKRSAELA FERNFVSTL CVGIDSFPHS APVLGATCAC LAA(MSE)ATTPER VQ(MSE)LTAQPAF ESLLQKLVFV IQNDPSKDNK LVA(MSE)RALQ E LVEITNDAT(MSE) ANKIAEAGAV TALFRIIDEY GDDEQLTVQA AEVLALLGAF EDLRRFYDND VRFPAQVLTA ALTKQ KNNE TAVVHLLDVL NKLATSEDRA VLRELGV(MSE)EQ VADA(MSE)RVHSE SEAVTRLGGE LFAK(MSE)GADEQ IKSL (MSE)LQII ETVESGAEDT AQTVDILCGR LAVFLAAPLE DPRDALQHTE KCLGSLVATL QTYPGSERLE GNVALVCRRL C DRCFDDAD DPYGAWAVAA SG(MSE)LAQFAG(MSE) VAGETVLANK KFLGPAYRTF TACCANAYC(MSE) PT(MSE)VEV APS FLPQTYTLLE (MSE)HKNDAETVA RVLEFLRYFA EDPTACGLIV QN(MSE)SGSSGDV VALTVLL(MSE)QQ HQNND AVVC AG(MSE)EFLGALA YTLSQAGYEP LPTLADGSVL RDCDAL(MSE)GSN SSSARQLAH(MSE) H(MSE)IEK(MSE) LLS KAYNDALIQE QALKKLT(MSE)SL KAEDDKKRFS DEERAGLYAA (MSE)ACVLLAAGG AGLTGE(MSE)EKF NGFEV VLQA IEEFGENPTV IKEVNRALQG LS(MSE)ADVN(MSE)TA RTVKEAVPKL CTEATTAIQT DAECADTFCD L(MSE)LQ LVSQE GNGRQLLQVY GLEETLQGVE NLAAYYGEDF GTQLSEKVA(MSE) IRQA(MSE)EDDQP REKTCKDVYD LLNSRVQ QG LSVAISEVAI LQEEVEFLVS Q(MSE)G(MSE)YNQEQL DHQTA(MSE)GADH QYGN(MSE)AFELL AATSANVKLL QA NEFSK(MSE)E LALIKGQADP EIVLYAVKAL TAFCKFPPAA QDTARIQGCP ALVTEACSKI NKSGLPNERK EEHLCARYF LVERTAINRN LYNKTPI(MSE)TE LINSWNDYDK GAYTTTLLRF VFRA(MSE)RRVVS DAHVEELLKA NVLQRLIGII SD VNAD(MSE)AL LPDVLFLLGS LAVVPEIKTK IGELNGIAAC TDLLQRALPK PNTAPVVTNV CLAFANICIG HKKNTEIFS KLGGPALNVK VLNDRGHEYD VCNAASVLLC NLLYKNES(MSE)K KLLGTNGAPA ALVKGLSNYD GSEEKTAIRC LESVFK AIS NLSLYTPNIQ PFLDAGIENA YSTWLSNLSE TFPDAQLETG CRTLVNLV(MSE)E NEENN(MSE)RKFG VCLLPC (MSE)AV AKQGRTDTKA LLLLLDIEAS LCRLKENAEA FAANGGIETT IRLIHQFDYD VGLLTLGIHL LGIQSAVKDS IQR (MSE)(MSE)DADV FSILVGCVEV DAEGNEVTDL VVGGLRCTRR IVRSEELAFE YCNAGGIATI ANVICKSINQ P(MSE) V(MSE)LEACR VLLGLLFYTT RSQADRQAAV EALHAQCQQR AEQ(MSE)HAQAQA DYEAGVVSEP PPEE(MSE)EVPEP D PDELANAA YGGWYQ(MSE)G(MSE)D EV(MSE)IDAILQA VCACAAVEAH AKQLRLQRVC LGLAAYFASE Q(MSE)GTSS LVG SGIEQVLTQI (MSE)TNFAGEGTT (MSE)QLSCVIINS IA(MSE)TSGD(MSE)YE EIKTSALLSA LKTSVGK (MSE)A TKKPEEKALK ETCAATLEAA SSGEDPFDAF SKTVTELDFK FTEWNVDPYP NGVHDLPSNV KEALRKGGKL KVFL PEKEK EEIRWRSSQD LNVFEWC(MSE)GN DQDYNNRIPI VRIRNVAKGL VHPALKAAAK KEPRKVAAKF T(MSE)CLFGP PN DDFPEGVELP (MSE)VAKSQKERD AFVE(MSE)(MSE)VQWR DAATYNFHHH HHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |