[日本語] English
万見
- EMDB-1622: Helical reconstruction of Respiratory Syncytial Virus N-RNA helices -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1622
タイトルHelical reconstruction of Respiratory Syncytial Virus N-RNA helices
マップデータHelical reconstruction of Respiratory Syncytial Virus N-RNA nucleocapsid-like structure. (Related to PDB entry 2wj8)
試料
  • 試料: Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA
  • タンパク質・ペプチド: Nucleocapsid protein
キーワードparamyxovirus / virus / nucleocapsid / RNP / nucleoprotein
生物種Respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者MacLellan K / Yeo RP / Bhella D
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a nucleocapsid-like nucleoprotein-RNA complex of respiratory syncytial virus.
著者: Rajiv G Tawar / Stéphane Duquerroy / Clemens Vonrhein / Paloma F Varela / Laurence Damier-Piolle / Nathalie Castagné / Kirsty MacLellan / Hugues Bedouelle / Gérard Bricogne / David Bhella ...著者: Rajiv G Tawar / Stéphane Duquerroy / Clemens Vonrhein / Paloma F Varela / Laurence Damier-Piolle / Nathalie Castagné / Kirsty MacLellan / Hugues Bedouelle / Gérard Bricogne / David Bhella / Jean-François Eléouët / Félix A Rey /
要旨: The respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat infection. To help elucidate the replication mechanism of ...The respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat infection. To help elucidate the replication mechanism of this RNA virus, we determined the three-dimensional (3D) crystal structure at 3.3 A resolution of a decameric, annular ribonucleoprotein complex of the RSV nucleoprotein (N) bound to RNA. This complex mimics one turn of the viral helical nucleocapsid complex, which serves as template for viral RNA synthesis. The RNA wraps around the protein ring, with seven nucleotides contacting each N subunit, alternating rows of four and three stacked bases that are exposed and buried within a protein groove, respectively. Combined with electron microscopy data, this structure provides a detailed model for the RSV nucleocapsid, in which the bases are accessible for readout by the viral polymerase. Furthermore, the nucleoprotein structure highlights possible key sites for drug targeting.
履歴
登録2009年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年5月28日-
マップ公開2009年12月1日-
更新2012年8月29日-
現状2012年8月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 140
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 140
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1622.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical reconstruction of Respiratory Syncytial Virus N-RNA nucleocapsid-like structure. (Related to PDB entry 2wj8)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 558.08 Å		2.18 Å/pix.
x 130 pix.
= 283.4 Å		2.18 Å/pix.
x 130 pix.
= 283.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 140.0 / ムービー #1: 140
最小 - 最大0.0 - 551.369000000000028
平均 (標準偏差)41.552199999999999 (±99.010900000000007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130130256
Spacing130130256
セルA: 283.4 Å / B: 283.4 Å / C: 558.08 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z130130256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.400283.400558.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS130130256
D min/max/mean0.000551.36941.552

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA

全体名称: Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA
要素
  • 試料: Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA
  • タンパク質・ペプチド: Nucleocapsid protein

-
超分子 #1000: Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA

超分子名称: Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Nucleoprotein was expressed in insect cells / Number unique components: 1

-
分子 #1: Nucleocapsid protein

分子名称: Nucleocapsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: nucleoprotein / 集合状態: helical / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) / 別称: RSV / 細胞: SF21
分子量理論値: 43 MDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate buffered saline
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Cryo-negative staining 5 ul of protein suspension at an approximate concentration of 0.2 mg/ml was loaded onto a freshly glow-discharged Quantifoil holey carbon support film for approximately ...詳細: Cryo-negative staining 5 ul of protein suspension at an approximate concentration of 0.2 mg/ml was loaded onto a freshly glow-discharged Quantifoil holey carbon support film for approximately 10 seconds. The grid was then transferred to a droplet of 20% (w/v) ammonium molybdate solution (pH 7.4) for approximately 10 seconds, blotted for 2-3 seconds and plunged into a bath of liquid nitrogen cooled ethane slush
グリッド詳細: 400 mesh quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 手法: blot for 2 seconds, wait for 2 seconds plunge

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
アライメント法Legacy - 非点収差: objective astigmatism corrected at 200k x
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.18 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 29200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: OTHER

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 36.8 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, HELICALS, HELICALI

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る