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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16218 | |||||||||||||||
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タイトル | Triple-stranded DNA as a structural element in DNA origami large cuboid with duplex-triplex crossover object | |||||||||||||||
マップデータ | DNA origami large cuboid object with duplex - triplex crossover | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA Origami / Triplex forming Oligo / Triplex / TFO / crossover / triple - stranded DNA / DNA | |||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) / Phage M13mp18 (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.78 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Sachenbacher K / Khoshouei A / Honemann MN / Engelen W / Feigl E / Dietz H | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, オランダ, 4件
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引用 | ジャーナル: Acs Nano / 年: 2023 タイトル: Triple-Stranded DNA As a Structural Element in DNA Origami 著者: Sachenbacher K / Khoshouei A / Honemann MN / Engelen W / Feigl E / Dietz H | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16218.map.gz | 6.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16218-v30.xml emd-16218.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16218_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16218.png | 91.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16218.cif.gz | 4.5 KB | ||
その他 | emd_16218_half_map_1.map.gz emd_16218_half_map_2.map.gz | 23.4 MB 23.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16218 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16218 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16218_validation.pdf.gz | 679.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16218_full_validation.pdf.gz | 678.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16218_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16218_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16218 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16218 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | DNA origami large cuboid object with duplex - triplex crossover | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: DNA origami large cuboid object with duplex -...
ファイル | emd_16218_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DNA origami large cuboid object with duplex - triplex crossover / half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: DNA origami large cuboid object with duplex -...
ファイル | emd_16218_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | DNA origami large cuboid object with duplex - triplex crossover / half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DNA Nanostructure
全体 | 名称: DNA Nanostructure |
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要素 |
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-超分子 #1: DNA Nanostructure
超分子 | 名称: DNA Nanostructure / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-超分子 #2: Scaffold DNA single-strand
超分子 | 名称: Scaffold DNA single-strand / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Phage M13mp18 (ファージ) |
-超分子 #3: staple oligonucleotides
超分子 | 名称: staple oligonucleotides / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5 / 詳細: 5 mM MES, 5mM NaCl and 5 mM MgCl2 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |