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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16160 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Conformation 2 membrane arm) | |||||||||
マップデータ | Focused map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Plant / Mitochondria / Complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Klusch N / Kuehlbrandt W | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the respiratory I + III2 supercomplex from Arabidopsis thaliana at 2 A resolution 著者: Klusch N / Dreimann M / Senkler J / Rugen N / Kuehlbrandt W / Braun HP | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16160.map.gz | 105.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16160-v30.xml emd-16160.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16160_fsc.xml | 26.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16160.png | 111.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16160.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_16160_half_map_1.map.gz emd_16160_half_map_2.map.gz | 1.3 GB 1.3 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16160 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16160 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16160_validation.pdf.gz | 951.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16160_full_validation.pdf.gz | 950.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16160_validation.xml.gz | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16160_validation.cif.gz | 45.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16160 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16160 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.573 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Focused half map
ファイル | emd_16160_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focused half map
ファイル | emd_16160_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Conformat...
全体 | 名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Conformation 2 membrane arm) |
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要素 |
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-超分子 #1: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Conformat...
超分子 | 名称: Mitochondrial Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Conformation 2 membrane arm) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.18 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 215000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |