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- EMDB-16146: SPA of Trypsin untreated Rotavirus TLP spike -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16146
タイトルSPA of Trypsin untreated Rotavirus TLP spike
マップデータ
試料
  • ウイルス: Rotavirus A (ロタウイルス A)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP4
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Inner capsid protein VP2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain ...Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Viral capsid/haemagglutinin protein / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4 / Outer capsid glycoprotein VP7 / Inner capsid protein VP2 / Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shah PNM / Stuart DI
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Wellcome Trust03141/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: Characterization of the rotavirus assembly pathway in situ using cryoelectron tomography.
著者: Pranav N M Shah / James B Gilchrist / Björn O Forsberg / Alister Burt / Andrew Howe / Shyamal Mosalaganti / William Wan / Julika Radecke / Yuriy Chaban / Geoff Sutton / David I Stuart / Mark Boyce /
要旨: Rotavirus assembly is a complex process that involves the stepwise acquisition of protein layers in distinct intracellular locations to form the fully assembled particle. Understanding and ...Rotavirus assembly is a complex process that involves the stepwise acquisition of protein layers in distinct intracellular locations to form the fully assembled particle. Understanding and visualization of the assembly process has been hampered by the inaccessibility of unstable intermediates. We characterize the assembly pathway of group A rotaviruses observed in situ within cryo-preserved infected cells through the use of cryoelectron tomography of cellular lamellae. Our findings demonstrate that the viral polymerase VP1 recruits viral genomes during particle assembly, as revealed by infecting with a conditionally lethal mutant. Additionally, pharmacological inhibition to arrest the transiently enveloped stage uncovered a unique conformation of the VP4 spike. Subtomogram averaging provided atomic models of four intermediate states, including a pre-packaging single-layered intermediate, the double-layered particle, the transiently enveloped double-layered particle, and the fully assembled triple-layered virus particle. In summary, these complementary approaches enable us to elucidate the discrete steps involved in forming an intracellular rotavirus particle.
履歴
登録2022年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年4月26日-
現状2023年4月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 367.36 Å		0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 367.36 Å		0.82 Å/pix.
x 448 pix.
= 367.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.029435914 - 0.0750895
平均 (標準偏差)0.00048916636 (±0.0045257006)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 367.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16146_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16146_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rotavirus A

全体名称: Rotavirus A (ロタウイルス A)
要素
  • ウイルス: Rotavirus A (ロタウイルス A)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP4
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Inner capsid protein VP2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Rotavirus A

超分子名称: Rotavirus A / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 28875 / 生物種: Rotavirus A / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Outer capsid protein VP4

分子名称: Outer capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A)
分子量理論値: 86.767953 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MASLIYRQLL TNSYTVDLSD EIQEIGSTKS QNVTINPGPF AQTGYAPVNW GPGEINDSTT VGPLLDGPYQ PTTFNPPVDY WMLLAPTTP GVIVEGTNNT DRWLATILIE PNVQSENRTY TIFGIQEQLT VSNTSQDQWK FIDVVKTTAN GSIGQYGPLL S SPKLYAVM ...文字列:
MASLIYRQLL TNSYTVDLSD EIQEIGSTKS QNVTINPGPF AQTGYAPVNW GPGEINDSTT VGPLLDGPYQ PTTFNPPVDY WMLLAPTTP GVIVEGTNNT DRWLATILIE PNVQSENRTY TIFGIQEQLT VSNTSQDQWK FIDVVKTTAN GSIGQYGPLL S SPKLYAVM KHNEKLYTYE GQTPNATTAH YSTTNYDSVN MTAFCDFYII PRSEESKCTE YINNGLPPIQ NTRNVVPLSL TA RDVIHYR AQANEDIVIS KTSLWKEMQY NRDITIRFKF ANTIIKSGGL GYKWSEISFK PANYQYTYTR DGEEVTAHTT CSV NGMNDF SFNGGYLPTD FVVSKFEVIK ENSYVYIDYW DDSQAFRNVV YVRSLAANLN SVMCTGGSYN FSLPVGQWPV LTGG AVSLH SAGVTLSTQF TDFVSLNSLR FRFRLAVEEP HFKLTRTRLD RLYGLPAADP NNGKEYYEIA GRFSLISLVP SNDDY QTPI ANSVTVRQDL ERQLGELREE FNALSQEIAM SQLIDLALLP LDMFSMFSGI KSTIDAAKSM ATNVMKKFKK SGLANS VST LTDSLSDAAS SISRGSSIRS IGSSASAWTD VSTQITDISS SVSSVSTQTS TISRRLRLKE MATQTEGMNF DDISAAV LK TKIDKSTQIS PNTIPDIVTE ASEKFIPNRA YRVINNDDVF EAGIDGKFFA YKVDTFEEIP FDVQKFADLV TDSPVISA I IDFKTLKNLN DNYGISRQQA FNLLRSDPRV LREFINQDNP IIRNRIEQLI MQCRL

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分子 #2: Outer capsid glycoprotein VP7

分子名称: Outer capsid glycoprotein VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A)
分子量理論値: 37.230664 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MYGIEYTTVL TFLISIILLN YILKSLTRIM DFIIYRFLFI IVILSPFLRA QNYGINLPIT GSMDIAYANS TQEEPFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTNIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM ...文字列:
MYGIEYTTVL TFLISIILLN YILKSLTRIM DFIIYRFLFI IVILSPFLRA QNYGINLPIT GSMDIAYANS TQEEPFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTNIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM DITLYYYQQT DEANKWISMG SSCTIKVCPL NTQTLGIGCL TTDATTFEEV ATAEKLVITD VVDGVNHKLD VT TATCTIR NCKKLGPREN VAVIQVGGSD ILDITADPTT APQTERMMRI NWKKWWQVFY TVVDYVDQII QVMSKRSRSL NSA AFYYRV

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分子 #3: Intermediate capsid protein VP6

分子名称: Intermediate capsid protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A)
分子量理論値: 44.910738 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MDVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIIT MNGNEFQTGG IGNLPIRNWN FNFGLLGTTL LNLDANYVET ARNTIDYFV DFVDNVCMDE MVRESQRNGI APQSDSLRKL SAIKFKRINF DNSSEYIENW NLQNRRQRTG FTFHKPNIFP Y SASFTLNR ...文字列:
MDVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIIT MNGNEFQTGG IGNLPIRNWN FNFGLLGTTL LNLDANYVET ARNTIDYFV DFVDNVCMDE MVRESQRNGI APQSDSLRKL SAIKFKRINF DNSSEYIENW NLQNRRQRTG FTFHKPNIFP Y SASFTLNR SQPAHDNLMG TMWLNAGSEI QVAGFDYSCA INAPANIQQF EHIVPLRRVL TTATITLLPD AERFSFPRVI NS ADGATTW FFNPVILRPN NVEVEFLLNG QIINTYQARF GTIVARNFDT IRLSFQLMRP PNMTPAVAVL FPNAQPFEHH ATV GLTLRI ESAVCESVLA DASETLLANV TSVRQEYAIP VGPVFPPGMN WTDLITNYSP SREDNLQRVF TVASIRSMLI K

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分子 #4: Inner capsid protein VP2

分子名称: Inner capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A)
分子量理論値: 102.412961 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MAYRKRGARR ETNLKQDERM QEKEDSKNIN NDSPKSQLSE KVLSKKEEII TDNQEEVKIS DEVKKSNKEE SKQLLEVLKT KEEHQKEVQ YEILQKTIPT FEPKESILKK LEDIKPEQAK AQTKLFRIFE PRQKPIYIAN GEKERRNRIY WKLKKDTLPD G DYDVREYF ...文字列:
MAYRKRGARR ETNLKQDERM QEKEDSKNIN NDSPKSQLSE KVLSKKEEII TDNQEEVKIS DEVKKSNKEE SKQLLEVLKT KEEHQKEVQ YEILQKTIPT FEPKESILKK LEDIKPEQAK AQTKLFRIFE PRQKPIYIAN GEKERRNRIY WKLKKDTLPD G DYDVREYF LNLYDQVLTE MPDYLLLKDM AVENKNSRDA GKVVDSETAS ICDAIFQDEE TEGAVARFIA EMRQRVQADR NV VNYPSIL HPIDYAFNEY FLQHQLVEPL NNDIIFNYIP ERIRNDVNYI LNMDRNLPST ARYIRPNLLQ DRLNLHDNFE SLW DTITTS NYILARSVVP DLKELVSTEA QIQKMSQDLQ LEALTIQSET QFLTGINSQA ANDCFKTLIA AMLSQRTMSL DFVT TNYMS LISGMWLLTV VPNDMFIRES LVACQLAIVN TIIYVAFGMQ RMHYRNGDPQ TPFQIAEQQI QNFQVANWLH FVNNN YFRQ VVIDGVLNQV LNDNIRNGHV INQLMEALMQ LSRQQFPTMP VDYKRSIQRG ILLLSNRLGQ LVDLTRLLAY SYETLM ACV TMNMQHVQTL TTEKLQLTSV TSLCMLIGNA TVIPSPQTLF HYYNVNVNFH SNYNERINDA VAIITAANRL NLYQKKM KA IVEDFLKRLH IFDVAVAPDD QMYRLRDRLR LLPVEVRRLD IFNLILMAMD QIERASDKIA QGVIIAYRDM QLERDEMY G YVNIARNLDG FQQINLEELM RTGSYAQITN MLLNNQPVAL VGALPFVTDS SVISLIAILD ATVFAQIVKL RKVDTLKPI LYKINSDSND FYLVANYDWV PISTTKVYKQ VPVQFDFRNS MHMLTSNLTF TVYSDLLAFV SADTVEPINA VAFDNMRIMN EL

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 39 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 39.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 36363
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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