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- EMDB-16027: Murine amyloid-beta filaments with the Arctic mutation (E22G) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16027
タイトルMurine amyloid-beta filaments with the Arctic mutation (E22G) from APP(NL-G-F) mouse brains | ABeta
マップデータ
試料
  • 組織: Amyloid-beta filaments extracted from the mouse brains with APP NL-G-F mutations
    • タンパク質・ペプチド: Amyloid-beta protein 40
キーワードAmyloid / amyloid-beta / Arctic mutation / APP / NL-G-F / mouse brains / filaments / E22G / E693G / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of presynapse assembly / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / cytosolic mRNA polyadenylation / ECM proteoglycans / synaptic assembly at neuromuscular junction / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of presynapse assembly / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / cytosolic mRNA polyadenylation / ECM proteoglycans / synaptic assembly at neuromuscular junction / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Platelet degranulation / ciliary rootlet / Mitochondrial protein degradation / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / collateral sprouting in absence of injury / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / central nervous system neuron differentiation / presynaptic active zone / mating behavior / neuromuscular process controlling balance / Golgi-associated vesicle / neuron remodeling / negative regulation of neuron differentiation / spindle midzone / intracellular vesicle / forebrain development / dendrite development / smooth endoplasmic reticulum / signaling receptor activator activity / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cholesterol metabolic process / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / extracellular matrix organization / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle / adult locomotory behavior / locomotory behavior / neuromuscular junction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuron cellular homeostasis / visual learning / recycling endosome / G2/M transition of mitotic cell cycle / memory / cognition / long-term synaptic potentiation / neuron differentiation / endocytosis / neuron projection development / apical part of cell / synaptic vesicle / cell-cell junction / mitotic cell cycle / heparin binding / regulation of gene expression / regulation of translation / growth cone / response to oxidative stress / neuron apoptotic process / cytoplasmic vesicle / perikaryon / gene expression / early endosome / neuron projection / receptor complex / cell adhesion / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axon / protein domain specific binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yang Y / Zhang WJ / Murzin AG / Schweighauser M / Huang M / Lovestam SKA / Peak-Chew SY / Macdonald J / Lavenir I / Ghetti B ...Yang Y / Zhang WJ / Murzin AG / Schweighauser M / Huang M / Lovestam SKA / Peak-Chew SY / Macdonald J / Lavenir I / Ghetti B / Graff C / Kumar A / Nordber A / Goedert M / Scheres SHW
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025-1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of amyloid-β filaments with the Arctic mutation (E22G) from human and mouse brains.
著者: Yang Yang / Wenjuan Zhang / Alexey G Murzin / Manuel Schweighauser / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Sew Y Peak-Chew / Takashi Saito / Takaomi C Saido / Jennifer Macdonald / Isabelle ...著者: Yang Yang / Wenjuan Zhang / Alexey G Murzin / Manuel Schweighauser / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Sew Y Peak-Chew / Takashi Saito / Takaomi C Saido / Jennifer Macdonald / Isabelle Lavenir / Bernardino Ghetti / Caroline Graff / Amit Kumar / Agneta Nordberg / Michel Goedert / Sjors H W Scheres /
要旨: The Arctic mutation, encoding E693G in the amyloid precursor protein (APP) gene [E22G in amyloid-β (Aβ)], causes dominantly inherited Alzheimer's disease. Here, we report the high-resolution cryo- ...The Arctic mutation, encoding E693G in the amyloid precursor protein (APP) gene [E22G in amyloid-β (Aβ)], causes dominantly inherited Alzheimer's disease. Here, we report the high-resolution cryo-EM structures of Aβ filaments from the frontal cortex of a previously described case (AβPParc1) with the Arctic mutation. Most filaments consist of two pairs of non-identical protofilaments that comprise residues V12-V40 (human Arctic fold A) and E11-G37 (human Arctic fold B). They have a substructure (residues F20-G37) in common with the folds of type I and type II Aβ42. When compared to the structures of wild-type Aβ42 filaments, there are subtle conformational changes in the human Arctic folds, because of the lack of a side chain at G22, which may strengthen hydrogen bonding between mutant Aβ molecules and promote filament formation. A minority of Aβ42 filaments of type II was also present, as were tau paired helical filaments. In addition, we report the cryo-EM structures of Aβ filaments with the Arctic mutation from mouse knock-in line App. Most filaments are made of two identical mutant protofilaments that extend from D1 to G37 (App murine Arctic fold). In a minority of filaments, two dimeric folds pack against each other in an anti-parallel fashion. The App murine Arctic fold differs from the human Arctic folds, but shares some substructure.
履歴
登録2022年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16027.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16027.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 240.8 Å		1.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 240.8 Å		1.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 240.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.204 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.05223707 - 0.084781475
平均 (標準偏差)0.00048409565 (±0.005094125)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 240.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16027_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16027_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16027_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Amyloid-beta filaments extracted from the mouse brains with APP N...

全体名称: Amyloid-beta filaments extracted from the mouse brains with APP NL-G-F mutations
要素
  • 組織: Amyloid-beta filaments extracted from the mouse brains with APP NL-G-F mutations
    • タンパク質・ペプチド: Amyloid-beta protein 40

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超分子 #1: Amyloid-beta filaments extracted from the mouse brains with APP N...

超分子名称: Amyloid-beta filaments extracted from the mouse brains with APP NL-G-F mutations
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Amyloid-beta protein 40

分子名称: Amyloid-beta protein 40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 4.008476 KDa
配列文字列:
DAEFRHDSGY EVHHQKLVFF AGDVGSNKGA IIGLMVG

UniProtKB: Amyloid-beta precursor protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.46009 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.347 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 39823
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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