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- EMDB-15971: SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with Fabs BA.2-36, BA.2-23, EY6A a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15971
タイトルSARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with Fabs BA.2-36, BA.2-23, EY6A and COVOX-45
マップデータCryoSPARC sharpened map of delta RBD BA2-23 BA2-36 EY6A and covox045 fabs.
試料
  • 複合体: Complex of SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain with 4 Fabs
    • 複合体: SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: Antibody chains
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-23 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-23 light chain
      • タンパク質・ペプチド: COVOX-45 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: COVOX-45 light chain
      • タンパク質・ペプチド: EY6A heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: EY6A light chain
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-36 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-36 light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Duyvesteyn HME / Ren J / Stuart DI
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Rapid escape of new SARS-CoV-2 Omicron variants from BA.2-directed antibody responses.
著者: Aiste Dijokaite-Guraliuc / Raksha Das / Daming Zhou / Helen M Ginn / Chang Liu / Helen M E Duyvesteyn / Jiandong Huo / Rungtiwa Nutalai / Piyada Supasa / Muneeswaran Selvaraj / Thushan I de ...著者: Aiste Dijokaite-Guraliuc / Raksha Das / Daming Zhou / Helen M Ginn / Chang Liu / Helen M E Duyvesteyn / Jiandong Huo / Rungtiwa Nutalai / Piyada Supasa / Muneeswaran Selvaraj / Thushan I de Silva / Megan Plowright / Thomas A H Newman / Hailey Hornsby / Alexander J Mentzer / Donal Skelly / Thomas G Ritter / Nigel Temperton / Paul Klenerman / Eleanor Barnes / Susanna J Dunachie / / Cornelius Roemer / Thomas P Peacock / Neil G Paterson / Mark A Williams / David R Hall / Elizabeth E Fry / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
要旨: In November 2021, Omicron BA.1, containing a raft of new spike mutations, emerged and quickly spread globally. Intense selection pressure to escape the antibody response produced by vaccines or ...In November 2021, Omicron BA.1, containing a raft of new spike mutations, emerged and quickly spread globally. Intense selection pressure to escape the antibody response produced by vaccines or severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection then led to a rapid succession of Omicron sub-lineages with waves of BA.2 and then BA.4/5 infection. Recently, many variants have emerged such as BQ.1 and XBB, which carry up to 8 additional receptor-binding domain (RBD) amino acid substitutions compared with BA.2. We describe a panel of 25 potent monoclonal antibodies (mAbs) generated from vaccinees suffering BA.2 breakthrough infections. Epitope mapping shows potent mAb binding shifting to 3 clusters, 2 corresponding to early-pandemic binding hotspots. The RBD mutations in recent variants map close to these binding sites and knock out or severely knock down neutralization activity of all but 1 potent mAb. This recent mAb escape corresponds with large falls in neutralization titer of vaccine or BA.1, BA.2, or BA.4/5 immune serum.
履歴
登録2022年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15971.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoSPARC sharpened map of delta RBD BA2-23 BA2-36 EY6A and covox045 fabs.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292.12 Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292.12 Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7303 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.142
最小 - 最大-0.7574057 - 1.0798827
平均 (標準偏差)0.0005576215 (±0.019982925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 292.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map of delta RBD BA2-23 BA2-36 EY6A and covox045 fabs.

ファイルemd_15971_half_map_1.map
注釈Half map of delta RBD BA2-23 BA2-36 EY6A and covox045 fabs.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map of delta RBD BA2-23 BA2-36 EY6A and covox045 fabs.

ファイルemd_15971_half_map_2.map
注釈Half map of delta RBD BA2-23 BA2-36 EY6A and covox045 fabs.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain with 4 Fabs

全体名称: Complex of SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain with 4 Fabs
要素
  • 複合体: Complex of SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain with 4 Fabs
    • 複合体: SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: Antibody chains
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-23 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-23 light chain
      • タンパク質・ペプチド: COVOX-45 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: COVOX-45 light chain
      • タンパク質・ペプチド: EY6A heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: EY6A light chain
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-36 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BA.2-36 light chain

+
超分子 #1: Complex of SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain with 4 Fabs

超分子名称: Complex of SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain with 4 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain

超分子名称: SARS-CoV2 delta variant receptor binding domain / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
超分子 #3: Antibody chains

超分子名称: Antibody chains / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 22.935734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HHHHHHTNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYRYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSKPCNGVEG F NCYFPLQS ...文字列:
HHHHHHTNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYRYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSKPCNGVEG F NCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGKK

+
分子 #2: BA.2-23 heavy chain

分子名称: BA.2-23 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.781458 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCEVSGFTVT VNYMTWVRQA PGQGLEWVAM IYSGGSTFYA DSVKGRFTIS RHNSKNTLFL QMNSLRPED TAVYYCARPI VGGIAGMDVW GLGTTVTVSS

+
分子 #3: BA.2-23 light chain

分子名称: BA.2-23 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.804117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AIRMTQSPSS LSASVGDRIT ITCQASQDIN KYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTFTINSLQP EDIATYYCQ QHDNIPITFG QGTRLEIK

+
分子 #4: COVOX-45 heavy chain

分子名称: COVOX-45 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.187152 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS TYAMHWVRQA PGKGLEWVAV LSYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKG GSYAYYYYMD VWGKGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS TYAMHWVRQA PGKGLEWVAV LSYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKG GSYAYYYYMD VWGKGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDK

+
分子 #5: COVOX-45 light chain

分子名称: COVOX-45 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.599754 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGGGSGTD FTFTITSLQP EDIATYYCQ QYDNLPLTFG GGTKVDIK

+
分子 #6: EY6A heavy chain

分子名称: EY6A heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.506048 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASAFTFS SYDMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKD GGKLWVYYFD YWGQGTLVTV SS

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分子 #7: EY6A light chain

分子名称: EY6A light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.555833 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SYLNWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYSTLALTF GGGTKVEIK

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分子 #8: BA.2-36 heavy chain

分子名称: BA.2-36 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.00936 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVESGPG RVKPSQTLSL TCTVSGDSIN SGINYWNWIR QPAGKELEWI GRIFTSGTTH YNPSLKSRVT ISVDRSKNEF SLTLNSVTA ADTAVYFCGR GGTDDYVDYW GQGTLVTVSS

+
分子 #9: BA.2-36 light chain

分子名称: BA.2-36 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.679038 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQDIN SWLAWYQQKP GKAPKLLIYD ASSLHSGVPT RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFASYYCQ QYKSYRTFGR GTKVEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7nx9


詳細: RBD, BA.2-23 and EY6A from PDB 7NX9, COVOX45 from pdb 7BEL, RBD and BA.2-36 Fab from 8BBO.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 167492
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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