[日本語] English
万見
- EMDB-15964: Subtomogram averaging of SARS-CoV-2 nsp3-4 delta Ubl1-Mac1 obtain... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15964
タイトルSubtomogram averaging of SARS-CoV-2 nsp3-4 delta Ubl1-Mac1 obtained from cryo-ET of cryo-FIB milled VeroE6 cells transfected with nsp3-4 delta Ubl1-Mac1
マップデータSubtomogram average of nsp3-4 deltaubl1-mac1 from cryo-ET of VeroE6 cells transfected with nsp3-4 deltaubl1-mac1 truncation (filtered to 40A).
試料
  • 細胞: VeroE6 cells transfected with SARS-CoV-2 nsp3-4 truncation: pCDNA3.1-HA-nsp3-deltaUbl1-Mac1-nsp4-V5
キーワードnsp3-4 protein / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Chlanda P / Zimmermann L
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateChica and Heinz Schaller Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: SARS-CoV-2 nsp3 and nsp4 are minimal constituents of a pore spanning replication organelle.
著者: Liv Zimmermann / Xiaohan Zhao / Jana Makroczyova / Moritz Wachsmuth-Melm / Vibhu Prasad / Zach Hensel / Ralf Bartenschlager / Petr Chlanda /
要旨: Coronavirus replication is associated with the remodeling of cellular membranes, resulting in the formation of double-membrane vesicles (DMVs). A DMV-spanning pore was identified as a putative portal ...Coronavirus replication is associated with the remodeling of cellular membranes, resulting in the formation of double-membrane vesicles (DMVs). A DMV-spanning pore was identified as a putative portal for viral RNA. However, the exact components and the structure of the SARS-CoV-2 DMV pore remain to be determined. Here, we investigate the structure of the DMV pore by in situ cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging. We identify non-structural protein (nsp) 3 and 4 as minimal components required for the formation of a DMV-spanning pore, which is dependent on nsp3-4 proteolytic cleavage. In addition, we show that Mac2-Mac3-DPUP-Ubl2 domains are critical for nsp3 oligomerization and crown integrity which influences membrane curvature required for biogenesis of DMVs. Altogether, SARS-CoV-2 nsp3-4 have a dual role by driving the biogenesis of replication organelles and assembly of DMV-spanning pores which we propose here to term replicopores.
履歴
登録2022年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15964.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of nsp3-4 deltaubl1-mac1 from cryo-ET of VeroE6 cells transfected with nsp3-4 deltaubl1-mac1 truncation (filtered to 40A).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 551.936 Å		2.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 551.936 Å		2.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 551.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.156 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.372
最小 - 最大-4.8052874 - 4.035927
平均 (標準偏差)0.045698907 (±0.8528839)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 551.936 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15964_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15964_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : VeroE6 cells transfected with SARS-CoV-2 nsp3-4 truncation: pCDNA...

全体名称: VeroE6 cells transfected with SARS-CoV-2 nsp3-4 truncation: pCDNA3.1-HA-nsp3-deltaUbl1-Mac1-nsp4-V5
要素
  • 細胞: VeroE6 cells transfected with SARS-CoV-2 nsp3-4 truncation: pCDNA3.1-HA-nsp3-deltaUbl1-Mac1-nsp4-V5

-
超分子 #1: VeroE6 cells transfected with SARS-CoV-2 nsp3-4 truncation: pCDNA...

超分子名称: VeroE6 cells transfected with SARS-CoV-2 nsp3-4 truncation: pCDNA3.1-HA-nsp3-deltaUbl1-Mac1-nsp4-V5
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.514) / 使用したサブトモグラム数: 1099
抽出トモグラム数: 7 / 使用した粒子像数: 1099 / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.514)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.514)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る