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- EMDB-1596: HIV-1 Env spike maps using various alignment and classfication co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1596
タイトルHIV-1 Env spike maps using various alignment and classfication combinations
マップデータClassified HIV-1 Env spikes using different alignment and classification strategies.
試料
  • 試料: HIV-1 BaL / SUPT1-CCR5 CL.30, provided by the AIDS Vaccine Program, SAIC Frederick, Inc., NCI, Frederick, MD. Lot p3955.
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードHIV-1 / envelope spike
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zhu P / Winkler H / Chertova E / Taylor KA / Roux KH
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2008
タイトル: Cryoelectron tomography of HIV-1 envelope spikes: further evidence for tripod-like legs.
著者: Ping Zhu / Hanspeter Winkler / Elena Chertova / Kenneth A Taylor / Kenneth H Roux /
要旨: A detailed understanding of the morphology of the HIV-1 envelope (Env) spike is key to understanding viral pathogenesis and for informed vaccine design. We have previously presented a cryoelectron ...A detailed understanding of the morphology of the HIV-1 envelope (Env) spike is key to understanding viral pathogenesis and for informed vaccine design. We have previously presented a cryoelectron microscopic tomogram (cryoET) of the Env spikes on SIV virions. Several structural features were noted in the gp120 head and gp41 stalk regions. Perhaps most notable was the presence of three splayed legs projecting obliquely from the base of the spike head toward the viral membrane. Subsequently, a second 3D image of SIV spikes, also obtained by cryoET, was published by another group which featured a compact vertical stalk. We now report the cryoET analysis of HIV-1 virion-associated Env spikes using enhanced analytical cryoET procedures. More than 2,000 Env spike volumes were initially selected, aligned, and sorted into structural classes using algorithms that compensate for the "missing wedge" and do not impose any symmetry. The results show varying morphologies between structural classes: some classes showed trimers in the head domains; nearly all showed two or three legs, though unambiguous three-fold symmetry was not observed either in the heads or the legs. Subsequently, clearer evidence of trimeric head domains and three splayed legs emerged when head and leg volumes were independently aligned and classified. These data show that HIV-1, like SIV, also displays the tripod-like leg configuration, and, unexpectedly, shows considerable gp41 leg flexibility/heteromorphology. The tripod-like model for gp41 is consistent with, and helps explain, many of the unique biophysical and immunological features of this region.
履歴
登録2009年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年2月3日-
マップ公開2009年4月1日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1596.gif

emd_1596_2.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Classified HIV-1 Env spikes using different alignment and classification strategies.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.56 Å/pix.
x 64 pix.
= 355.84 Å		5.56 Å/pix.
x 64 pix.
= 355.84 Å		5.56 Å/pix.
x 64 pix.
= 355.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.56 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.36 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.12955 - 1.39125
平均 (標準偏差)-0.00000000142318 (±0.232462)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-31-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 355.84 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.565.565.56
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.840355.840355.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-31-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-1.1301.391-0.000

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添付データ

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その他

詳細[readme.txt]
Reference:
Zhu P, Winkler H, Chertova E, Taylor KA, Roux KH (2008) Cryoelectron Tomography of HIV-1
Envelope Spikes: Further Evidence for Tripod-Like Legs. PLoS Pathog 4(11): e1000203.

The folders in 1596_class_maps.zip consist of aligned and classified HIV-1 Env spikes maps using various alignment
and classification combinations as shown in figure 3 of the reference. Please refer back to
the reference for details.

A_WW: Panel A
Aligned: whole, Classified: whole
B_WH: Panel B
Aligned: whole, Classified: head
C_WL: Panel C
Aligned: whole, Classified: legs
D_HH: Panel D
Aligned: head, Classified: head
E_LL: Panel E
Aligned: legs, Classified: legs

In each subfolder,
*-cls-[1-8].map: eight classes produced for each combination

ファイル1596_class_maps.zip (36.4 MB)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 BaL / SUPT1-CCR5 CL.30, provided by the AIDS Vaccine Progra...

全体名称: HIV-1 BaL / SUPT1-CCR5 CL.30, provided by the AIDS Vaccine Program, SAIC Frederick, Inc., NCI, Frederick, MD. Lot p3955.
要素
  • 試料: HIV-1 BaL / SUPT1-CCR5 CL.30, provided by the AIDS Vaccine Program, SAIC Frederick, Inc., NCI, Frederick, MD. Lot p3955.
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1000: HIV-1 BaL / SUPT1-CCR5 CL.30, provided by the AIDS Vaccine Progra...

超分子名称: HIV-1 BaL / SUPT1-CCR5 CL.30, provided by the AIDS Vaccine Program, SAIC Frederick, Inc., NCI, Frederick, MD. Lot p3955.
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The envelope spikes are distributed on the surface of HIV-1 virions.
集合状態: Highly purified virus. The envelope spikes on the virion surface are trimer.
Number unique components: 1

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HIV-1 BaL SUPT1-CCR5 CL.30
詳細: The envelope spikes are distributed on the surface of HIV-1 virions.
NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HIV-1 BaL SUPT1-CCR5 CL.30
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

濃度2.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Originally in TNE, resuspend in PBS
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Home made. Vitrification carried out in cold room
手法: Blot for 5-6 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
撮影平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 43200
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: Protomo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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