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万見
- EMDB-1591: Structure of the anaphase promoting complex interacting with a mi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1591
タイトルStructure of the anaphase promoting complex interacting with a mitotic checkpoint complex
マップデータ3D map of the anaphase promoting complex bound to the mitotic checkpoint complex
試料
  • 試料: Anaphase promoting complex
  • タンパク質・ペプチド: APC
キーワードAnaphase-promoting complex / Spindle checkpoint / Electron cryomicroscopy / Mitotic checkpoint complex / Cdc20
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Herzog F / Primorac I / Dube P / Lenart P / Sander B / Mechtler K / Stark H / Peters JM
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure of the anaphase-promoting complex/cyclosome interacting with a mitotic checkpoint complex.
著者: Franz Herzog / Ivana Primorac / Prakash Dube / Peter Lenart / Björn Sander / Karl Mechtler / Holger Stark / Jan-Michael Peters /
要旨: Once all chromosomes are connected to the mitotic spindle (bioriented), anaphase is initiated by the protein ubiquitylation activity of the anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) and its ...Once all chromosomes are connected to the mitotic spindle (bioriented), anaphase is initiated by the protein ubiquitylation activity of the anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) and its coactivator Cdc20 (APC/C(Cdc20)). Before chromosome biorientation, anaphase is delayed by a mitotic checkpoint complex (MCC) that inhibits APC/C(Cdc20). We used single-particle electron microscopy to obtain three-dimensional models of human APC/C in various functional states: bound to MCC, to Cdc20, or to neither (apo-APC/C). These experiments revealed that MCC associates with the Cdc20 binding site on APC/C, locks the otherwise flexible APC/C in a "closed" state, and prevents binding and ubiquitylation of a wide range of different APC/C substrates. These observations clarify the structural basis for the inhibition of APC/C by spindle checkpoint proteins.
履歴
登録2009年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年2月25日-
マップ公開2009年6月11日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB_1591.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of the anaphase promoting complex bound to the mitotic checkpoint complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 380. Å		3.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 380. Å		3.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 380. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.419 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.45102 - 0.883923
平均 (標準偏差)-0.000125138 (±0.0782031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 380 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.83.83.8
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.000380.000380.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-165-165-40
NX/NY/NZ33033081
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.4510.884-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Anaphase promoting complex

全体名称: Anaphase promoting complex
要素
  • 試料: Anaphase promoting complex
  • タンパク質・ペプチド: APC

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超分子 #1000: Anaphase promoting complex

超分子名称: Anaphase promoting complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 15
分子量理論値: 1.7 MDa

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分子 #1: APC

分子名称: APC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: APC / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/ST
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細GraFix treated
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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