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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1588 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the native GroEL-GroES complex from Thermus thermophilus encapsulating substrate inside the cavity. | |||||||||
![]() | a EM-map of the GroEL-GroES-ADP-peptide complex from Thermus thermophilus | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
![]() | Kanno R / Koike-Takeshita A / Yokoyama K / Taguchi H / Mitsuoka K | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the native GroEL-GroES complex from thermus thermophilus encapsulating substrate inside the cavity. 著者: Ryo Kanno / Ayumi Koike-Takeshita / Ken Yokoyama / Hideki Taguchi / Kaoru Mitsuoka / ![]() 要旨: The chaperonin GroEL interacts with various proteins, leading them to adopt their correct conformations with the aid of GroES and ATP. The actual mechanism is still being debated. In this study, by ...The chaperonin GroEL interacts with various proteins, leading them to adopt their correct conformations with the aid of GroES and ATP. The actual mechanism is still being debated. In this study, by use of cryo-electron microscopy, we determined the solution structure of the Thermus thermophilus GroEL-GroES complex encapsulating its substrate proteins. We observed the averaged density of substrate proteins in the center of the GroEL-GroES cavity. The position of the averaged substrate density in the cavity suggested a repulsive interaction between a majority of the substrate proteins and the interior wall of the cavity, which is suitable for substrate release. In addition, we observed a distortion of the cis-GroEL ring, especially at the position near the substrate, which indicated that the interaction between the encapsulated proteins and the GroEL ring results in an adjustment in the cavity's shape to accommodate the substrate. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 39.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 107.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | a EM-map of the GroEL-GroES-ADP-peptide complex from Thermus thermophilus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.63 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : The GroEL-GroES-ADP-peptide complex from Thermus thermophilus
全体 | 名称: The GroEL-GroES-ADP-peptide complex from Thermus thermophilus |
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要素 |
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-超分子 #1000: The GroEL-GroES-ADP-peptide complex from Thermus thermophilus
超分子 | 名称: The GroEL-GroES-ADP-peptide complex from Thermus thermophilus タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 870 KDa |
-分子 #1: GroEL
分子 | 名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: chaperonin / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #2: GroES
分子 | 名称: GroES / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: co-chaperonin / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #4: peptide
分子 | 名称: peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #3: ADP
分子 | 名称: ADP / タイプ: ligand / ID: 3 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
凍結 | 凍結剤: METHANE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
撮影 | デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 336 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
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電子顕微鏡法 #2
Microscopy ID | 2 |
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顕微鏡 | JEOL 2200FS |
撮影 | デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 336 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction with wiener fIlter when 2D averaging |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: ![]() 1wf4 |
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精密化 | 空間: REAL |