+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of mouse heavy chain apoferritin solved by subtomogram averaging of 10 tilt series in Warp/M | |||||||||
![]() | full sharpened masked map | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Apoferritin / Subtomogram averaging / STA / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
![]() | Obr M / Yang W / Karia D / Koh FA / Kotecha A | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of mouse heavy chain apoferritin solved by subtomogram averaging of 10 tilt series in Warp/M 著者: Obr M / Yang W / Karia D / Koh FA / Kotecha A | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 22.7 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 154.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 110.8 MB 110.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 955.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 955.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | full sharpened masked map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.729 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_15854_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_15854_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Ferritin heavy chain
全体 | 名称: Ferritin heavy chain |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ferritin heavy chain
超分子 | 名称: Ferritin heavy chain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
詳細 | Tilt series acquired with Hagen scheme +-48 degrees with 3 increment |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 / 詳細: Imaged with TFS Selectris X and Falcon 4i |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |