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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | IstA transposase cleaved donor complex | |||||||||
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![]() | DNA Transposition / Transposase / Cleaved donor complex / DDE domain / IS21 / IstA / Insertion sequence / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
![]() | Spinola-Amilibia M / de la Gandara A / Araujo-Bazan L / Berger JM / Arias-Palomo E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: IS21 family transposase cleaved donor complex traps two right-handed superhelical crossings. 著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Lidia Araújo-Bazán / Álvaro de la Gándara / James M Berger / Ernesto Arias-Palomo / ![]() ![]() 要旨: Transposases are ubiquitous enzymes that catalyze DNA rearrangement events with broad impacts on gene expression, genome evolution, and the spread of drug-resistance in bacteria. Here, we use ...Transposases are ubiquitous enzymes that catalyze DNA rearrangement events with broad impacts on gene expression, genome evolution, and the spread of drug-resistance in bacteria. Here, we use biochemical and structural approaches to define the molecular determinants by which IstA, a transposase present in the widespread IS21 family of mobile elements, catalyzes efficient DNA transposition. Solution studies show that IstA engages the transposon terminal sequences to form a high-molecular weight complex and promote DNA integration. A 3.4 Å resolution structure of the transposase bound to transposon ends corroborates our biochemical findings and reveals that IstA self-assembles into a highly intertwined tetramer that synapses two supercoiled terminal inverted repeats. The three-dimensional organization of the IstA•DNA cleaved donor complex reveals remarkable similarities with retroviral integrases and classic transposase systems, such as Tn7 and bacteriophage Mu, and provides insights into IS21 transposition. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 85.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 72.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 69.9 MB 70.1 MB 70.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8b4hMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_15848_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15848_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15848_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : IstA transposase cleaved donor complex
全体 | 名称: IstA transposase cleaved donor complex |
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要素 |
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-超分子 #1: IstA transposase cleaved donor complex
超分子 | 名称: IstA transposase cleaved donor complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Complex of IstA transposase bound to two right IS5376 transposon ends |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 225 KDa |
-分子 #1: Putative transposase for insertion sequence element IS5376
分子 | 名称: Putative transposase for insertion sequence element IS5376 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The residues annotated as cloning artefact are the following five flanking bases of the X67861 gene コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.687723 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MITRGEFFMI KEMYERGMSI SDIARELGID RKTVRKYIHS PNPPSKSKRK QRKSKLDPFK PYLQKRMLED GVFNSEKLFF EIRQQGYTG GKTILKDYMK PFRETAKKKY TVRYETLPGE QMQVDWKEVG EVVIEGKKVK LSLFVATLGY SRMKYAVFTT S QDQEHLME ...文字列: MITRGEFFMI KEMYERGMSI SDIARELGID RKTVRKYIHS PNPPSKSKRK QRKSKLDPFK PYLQKRMLED GVFNSEKLFF EIRQQGYTG GKTILKDYMK PFRETAKKKY TVRYETLPGE QMQVDWKEVG EVVIEGKKVK LSLFVATLGY SRMKYAVFTT S QDQEHLME CLIQSFKYFG GVPKKVLFDN MKTVTDGREQ GVVKWNQRFS EFASYYGFIP KVCRPYRAQT KGKVERAIQY IM DHFYVGT AFESIEELNF LLHRWLDQVA NRKPNATTGI SPQERWAEES LKPLPLKDYD TSYLSYRKVH WDGSFSYKGE QWL LSAEYA GKEILVKERL NGDIRLYFRG EEISHVDQQK KVISFAEKIK KKQTEMAATI SPVSVEVDTR PLSVYDAFLR GESS ENLYF Q UniProtKB: Putative transposase for insertion sequence element IS5376 |
-分子 #2: DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
分子 | 名称: DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376) タイプ: dna / ID: 2 / 詳細: GB X67861 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.384814 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC) (DG) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC) (DG) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG) |
-分子 #3: DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
分子 | 名称: DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376) タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.029939 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列: (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) GENBANK: GENBANK: X67861.1 |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.119 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 3.36 sec. / 平均電子線量: 59.7 e/Å2 / 詳細: Single shot per hole |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 115.818 |
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得られたモデル | ![]() PDB-8b4h: |