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- EMDB-15709: Structure of a nucleosome-bound MuvB transcription factor complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15709
タイトルStructure of a nucleosome-bound MuvB transcription factor complex reveals DNA remodelling
マップデータMMBcore:NCP overall refined map at 10 Angstrom resolution
試料
  • 複合体: MuvBcore:B-MYB complex with a 167bp nucleosome
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Alfieri C
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust215458/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of a nucleosome-bound MuvB transcription factor complex reveals DNA remodelling.
著者: Marios G Koliopoulos / Reyhan Muhammad / Theodoros I Roumeliotis / Fabienne Beuron / Jyoti S Choudhary / Claudio Alfieri /
要旨: Genes encoding the core cell cycle machinery are transcriptionally regulated by the MuvB family of protein complexes in a cell cycle-specific manner. Complexes of MuvB with the transcription factors ...Genes encoding the core cell cycle machinery are transcriptionally regulated by the MuvB family of protein complexes in a cell cycle-specific manner. Complexes of MuvB with the transcription factors B-MYB and FOXM1 activate mitotic genes during cell proliferation. The mechanisms of transcriptional regulation by these complexes are still poorly characterised. Here, we combine biochemical analysis and in vitro reconstitution, with structural analysis by cryo-electron microscopy and cross-linking mass spectrometry, to functionally examine these complexes. We find that the MuvB:B-MYB complex binds and remodels nucleosomes, thereby exposing nucleosomal DNA. This remodelling activity is supported by B-MYB which directly binds the remodelled DNA. Given the remodelling activity on the nucleosome, we propose that the MuvB:B-MYB complex functions as a pioneer transcription factor complex. In this work, we rationalise prior biochemical and cellular studies and provide a molecular framework of interactions on a protein complex that is key for cell cycle regulation.
履歴
登録2022年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2022年9月14日-
現状2022年9月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15709.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15709.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MMBcore:NCP overall refined map at 10 Angstrom resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.49 Å/pix.
x 100 pix.
= 348.84 Å		3.49 Å/pix.
x 100 pix.
= 348.84 Å		3.49 Å/pix.
x 100 pix.
= 348.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.4884 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0505
最小 - 最大-0.043289997 - 0.28741992
平均 (標準偏差)-0.0004896084 (±0.011054545)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 348.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: MMB:DNA local refined map at 7.5 Angstrom resolution, sharpened more

ファイルemd_15709_additional_1.map
注釈MMB:DNA local refined map at 7.5 Angstrom resolution, sharpened more
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: MMB:DNA local refined map at 7.5 Angstrom resolution

ファイルemd_15709_additional_2.map
注釈MMB:DNA local refined map at 7.5 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: NCP147 local refined map at 6.9 Angstrom resolution

ファイルemd_15709_additional_3.map
注釈NCP147 local refined map at 6.9 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: LIN9CTD:NCP local refined map at 7.1 Angstrom resolution

ファイルemd_15709_additional_4.map
注釈LIN9CTD:NCP local refined map at 7.1 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: MMBhead local refined map at 7.5 Angstrom resolution

ファイルemd_15709_additional_5.map
注釈MMBhead local refined map at 7.5 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: NCP127 local refined map at 3.3 Angstrom resolution

ファイルemd_15709_additional_6.map
注釈NCP127 local refined map at 3.3 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: LIN9:52CC local refined map at 8.7 Angstrom resolution

ファイルemd_15709_additional_7.map
注釈LIN9:52CC local refined map at 8.7 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: MMBcore:NCP overall refined map at 10 Angstrom resolution

ファイルemd_15709_half_map_1.map
注釈MMBcore:NCP overall refined map at 10 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: MMBcore:NCP overall refined map at 10 Angstrom resolution

ファイルemd_15709_half_map_2.map
注釈MMBcore:NCP overall refined map at 10 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MuvBcore:B-MYB complex with a 167bp nucleosome

全体名称: MuvBcore:B-MYB complex with a 167bp nucleosome
要素
  • 複合体: MuvBcore:B-MYB complex with a 167bp nucleosome

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超分子 #1: MuvBcore:B-MYB complex with a 167bp nucleosome

超分子名称: MuvBcore:B-MYB complex with a 167bp nucleosome / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 400 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 237061
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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