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- EMDB-15669: Jumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15669
タイトルJumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath
マップデータJumbo phage phi-kp24 tail outer sheath
試料
  • 複合体: Jumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail sheath protein
機能・相同性Putative tail sheath protein / Putative virion structural protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella phage vB_KpM_FBKp24 (ファージ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Ouyang R / Briegel A
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)84.034.014 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: High-resolution reconstruction of a Jumbo-bacteriophage infecting capsulated bacteria using hyperbranched tail fibers.
著者: Ruochen Ouyang / Ana Rita Costa / C Keith Cassidy / Aleksandra Otwinowska / Vera C J Williams / Agnieszka Latka / Phill J Stansfeld / Zuzanna Drulis-Kawa / Yves Briers / Daniël M Pelt / Stan ...著者: Ruochen Ouyang / Ana Rita Costa / C Keith Cassidy / Aleksandra Otwinowska / Vera C J Williams / Agnieszka Latka / Phill J Stansfeld / Zuzanna Drulis-Kawa / Yves Briers / Daniël M Pelt / Stan J J Brouns / Ariane Briegel /
要旨: The Klebsiella jumbo myophage ϕKp24 displays an unusually complex arrangement of tail fibers interacting with a host cell. In this study, we combine cryo-electron microscopy methods, protein ...The Klebsiella jumbo myophage ϕKp24 displays an unusually complex arrangement of tail fibers interacting with a host cell. In this study, we combine cryo-electron microscopy methods, protein structure prediction methods, molecular simulations, microbiological and machine learning approaches to explore the capsid, tail, and tail fibers of ϕKp24. We determine the structure of the capsid and tail at 4.1 Å and 3.0 Å resolution. We observe the tail fibers are branched and rearranged dramatically upon cell surface attachment. This complex configuration involves fourteen putative tail fibers with depolymerase activity that provide ϕKp24 with the ability to infect a broad panel of capsular polysaccharide (CPS) types of Klebsiella pneumoniae. Our study provides structural and functional insight into how ϕKp24 adapts to the variable surfaces of capsulated bacterial pathogens, which is useful for the development of phage therapy approaches against pan-drug resistant K. pneumoniae strains.
履歴
登録2022年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15669.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Jumbo phage phi-kp24 tail outer sheath
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 450 pix.
= 616.5 Å		1.37 Å/pix.
x 450 pix.
= 616.5 Å		1.37 Å/pix.
x 450 pix.
= 616.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0208
最小 - 最大-0.14429303 - 0.21090232
平均 (標準偏差)0.00048305813 (±0.0063263383)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 616.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: 2

ファイルemd_15669_half_map_1.map
注釈2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: 1

ファイルemd_15669_half_map_2.map
注釈1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Jumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath

全体名称: Jumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath
要素
  • 複合体: Jumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail sheath protein

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超分子 #1: Jumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath

超分子名称: Jumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The outer sheath in extension of Klebsiella Phage phi-kp24
由来(天然)生物種: Klebsiella phage vB_KpM_FBKp24 (ファージ)

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分子 #1: Putative tail sheath protein

分子名称: Putative tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage vB_KpM_FBKp24 (ファージ)
分子量理論値: 76.4025 KDa
配列文字列: MSEQITGSTP RIYYRGTKDS SVTRSTGSTT TLPLHRPLIM FFGQKGPTVP TWIDPVKFED IYGSETTNLS GVYCTHSTPF IKEAIAAGN QFMALRLEPS DIPDVATLGL SVDWVKTKID DYERNDDGTY KLDTNGDKIP LATQIDGIKF RFVLEKIETN E SGVSQYKK ...文字列:
MSEQITGSTP RIYYRGTKDS SVTRSTGSTT TLPLHRPLIM FFGQKGPTVP TWIDPVKFED IYGSETTNLS GVYCTHSTPF IKEAIAAGN QFMALRLEPS DIPDVATLGL SVDWVKTKID DYERNDDGTY KLDTNGDKIP LATQIDGIKF RFVLEKIETN E SGVSQYKK RTAKAGTIGT EATPSTITPL ADFRCRFKSS LGANTALRIW APTINSAQAA DADLQARIKS FLYRFQILTR AD KASSPTI FETIYNEPSL SVGFGENLVD PQTEVVYDFV ERIDSRYNDE DPSTYLMSPL DTPYLYQANI DSVLTAIQEL EAP FDTVSA DEDDLYQINL FGAQTVEGVP YHAVQILGVL DGGVTLTETA TNYLQGGGDG TLGNDSFNAA AYAVLSNLSN NAAF NITNY ARYPFNAFWD SGFDLKTKQT IPQLIGLRAD TWIALSTQDI SSDFNSNEEE ESIALSLMSR VSAFPDSSDF GTPAF RGMI VGGAGYYTET TRKLPVPLTL DRFRAYCRYA GASDGVLKPE YAVDEGDARK VQVVKSINNL DKSWRVRRAQ WNNNLV YVE DYDTNSQFYP GQQSFYSEQG SVLKAAIVGL CVANLNRFAF EAWRDLTGTQ KLTDDQLIER SDDAVSTRGT GAFDDRL IF TPHSEITQAD KERGYSWSMR IDFGANAFRT VMDMSSVAYT REELANG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 39.03 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 20.89 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 81869
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8au1:
Jumbo Phage phi-kp24 tail outer sheath

PDB-8bfk:
Jumbo Phage phi-kp24 tail inner tube

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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