[日本語] English
万見
- EMDB-15667: Arp2/3 complex from lamellipodia of mouse embryonic fibroblast -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15667
タイトルArp2/3 complex from lamellipodia of mouse embryonic fibroblast
マップデータ
試料
  • 細胞: Mouse embryonic fibroblast
キーワードArp2-3 complex / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.99 Å
データ登録者Wen-Lu C / Ohad M
資金援助 スイス, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A network of mixed actin polarity in the leading edge of spreading cells.
著者: Wen-Lu Chung / Matthias Eibauer / Wenhong Li / Rajaa Boujemaa-Paterski / Benjamin Geiger / Ohad Medalia /
要旨: Physical interactions of cells with the underlying extracellular matrix (ECM) play key roles in multiple cellular processes. The actin cytoskeleton is a central driver and regulator of cellular ...Physical interactions of cells with the underlying extracellular matrix (ECM) play key roles in multiple cellular processes. The actin cytoskeleton is a central driver and regulator of cellular dynamics, that produces membrane-protrusions such as lamellipodia and filopodia. Here, we examined actin organization in expanding lamellipodia during early stages of cell spreading. To gain insight into the 3D actin organization, we plated fibroblasts on galectin-8 coated EM grids, an ECM protein presents in disease states. We then combined cryo-electron tomography with advanced image processing tools for reconstructing the structure of F-actin in the lamellipodia. This approach enabled us to resolve the polarity and orientation of filaments, and the structure of the Arp2/3 complexes associated with F-actin branches. We show that F-actin in lamellipodial protrusions forms a dense network with three distinct sub-domains. One consists primarily of radial filaments, with their barbed ends pointing towards the membrane, the other is enriched with parallel filaments that run between the radial fibers, in addition to an intermediate sub-domain. Surprisingly, a minor, yet significant (~10%) population of actin filaments, are oriented with their barbed-ends towards the cell center. Our results provide structural insights into F-actin assembly and dynamic reorganization in the leading edge of spreading cells.
履歴
登録2022年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15667.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.21 Å/pix.
x 144 pix.
= 317.736 Å		2.21 Å/pix.
x 144 pix.
= 317.736 Å		2.21 Å/pix.
x 144 pix.
= 317.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0425
最小 - 最大-0.16461827 - 0.31618044
平均 (標準偏差)-0.0001478955 (±0.03701845)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 317.73602 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15667_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15667_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Mouse embryonic fibroblast

全体名称: Mouse embryonic fibroblast
要素
  • 細胞: Mouse embryonic fibroblast

-
超分子 #1: Mouse embryonic fibroblast

超分子名称: Mouse embryonic fibroblast / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 2.46 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PyTom (ver. 0.907) / 使用したサブトモグラム数: 6149
抽出トモグラム数: 96 / 使用した粒子像数: 12829
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る