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- EMDB-15567: rotational state 1e of the Trypanosoma brucei mitochondrial ATP s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15567
タイトルrotational state 1e of the Trypanosoma brucei mitochondrial ATP synthase dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: mitochondrial ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
  • リガンド: x 9種
機能・相同性
機能・相同性情報


H+-transporting two-sector ATPase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / kinetoplast / ATP biosynthetic process / nuclear lumen / ciliary plasm / : / : / : / : ...H+-transporting two-sector ATPase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / kinetoplast / ATP biosynthetic process / nuclear lumen / ciliary plasm / : / : / : / : / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain ...ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase subunit p18, mitochondrial / ATP synthase subunit a / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase subunit p18, mitochondrial / ATP synthase subunit a / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / ATP synthase delta chain, mitochondrial / ATPase subunit 9, putative / Letm1 RBD domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / ATP synthase, epsilon chain, putative / ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Muehleip A / Gahura O / Zikova A / Amunts A
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An ancestral interaction module promotes oligomerization in divergent mitochondrial ATP synthases.
著者: Ondřej Gahura / Alexander Mühleip / Carolina Hierro-Yap / Brian Panicucci / Minal Jain / David Hollaus / Martina Slapničková / Alena Zíková / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial ATP synthase forms stable dimers arranged into oligomeric assemblies that generate the inner-membrane curvature essential for efficient energy conversion. Here, we report cryo-EM ...Mitochondrial ATP synthase forms stable dimers arranged into oligomeric assemblies that generate the inner-membrane curvature essential for efficient energy conversion. Here, we report cryo-EM structures of the intact ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei in ten different rotational states. The model consists of 25 subunits, including nine lineage-specific, as well as 36 lipids. The rotary mechanism is influenced by the divergent peripheral stalk, conferring a greater conformational flexibility. Proton transfer in the lumenal half-channel occurs via a chain of five ordered water molecules. The dimerization interface is formed by subunit-g that is critical for interactions but not for the catalytic activity. Although overall dimer architecture varies among eukaryotes, we find that subunit-g together with subunit-e form an ancestral oligomerization motif, which is shared between the trypanosomal and mammalian lineages. Therefore, our data defines the subunit-g/e module as a structural component determining ATP synthase oligomeric assemblies.
履歴
登録2022年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2022年10月26日-
現状2022年10月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15567.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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最小 - 最大-0.066619106 - 0.11986506
平均 (標準偏差)-1.2108467e-05 (±0.002066147)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 464.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15567_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15567_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mitochondrial ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei

全体名称: mitochondrial ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei
要素
  • 複合体: mitochondrial ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase gamma subunit
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase, epsilon chain, putative
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit p18, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: subunit-e
    • タンパク質・ペプチド: subunit-g
    • タンパク質・ペプチド: OSCP
    • タンパク質・ペプチド: ATPase subunit 9, putative
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: subunit-8
    • タンパク質・ペプチド: subunit-d
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB1
    • タンパク質・ペプチド: subunit-f
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB3
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB4
    • タンパク質・ペプチド: subunit-i/j
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB6
    • タンパク質・ペプチド: subunit-k
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB11
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB12
    • タンパク質・ペプチド: subunit-b
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG3
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

+
超分子 #1: mitochondrial ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei

超分子名称: mitochondrial ATP synthase dimer from Trypanosoma brucei
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister427

+
分子 #1: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 63.574465 KDa
配列文字列: MRRFGSKFAS GLASRCALAC PLASAATAPA GASTTSSTSS AQKSFFKTTE MIGYVHSIDG TIATLIPAPG NPGVAYNTII QIQVSPTTF AAGLVFNLEK DGRIGIILMD NITEVQSGQK VMATGQLLHI PVGAGVLGKV VNPLGHEVPV GLVTRSRRLL D STLGKVDT ...文字列:
MRRFGSKFAS GLASRCALAC PLASAATAPA GASTTSSTSS AQKSFFKTTE MIGYVHSIDG TIATLIPAPG NPGVAYNTII QIQVSPTTF AAGLVFNLEK DGRIGIILMD NITEVQSGQK VMATGQLLHI PVGAGVLGKV VNPLGHEVPV GLVTRSRRLL D STLGKVDT GAPNIVSRSP VNYNLLTGFK AVDTMIPIGR GQRELIVGDR QTGKTSIAVS TIINQVRINQ QILSKNAVIS IY VSIGQRC SNVARIHRLL QSYGALRYTT VMAATAAEPA GLQYLAPYAG VTMGEYFMNR GRHCLCVYDD LSKQAVAYRQ ISL LLRRPP GREAYPGDVF YLHSRLLERA AMLSPGKGGG SVTALPIVET LSNDVTAYIV TNVISITDGQ IYLDTKLFTG GQRP AVNIG LSVSRVGSSA QNAAMKGVAG KLKGILAEYR KLAADSVGGQ QVQTIPMIRG ARFVALFNQK QPSYFMNAIV SLYAC LNGY LDDVKVQYVK FYEYLLVHRD LGIMYGTAKN KFFYMYVQEL NYLIRFFTLN SPILHGELEE MLKQHTHLFL QHYQSK MNA IKSEKDVKAL KNLLYSCKRA V

+
分子 #2: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit beta, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 55.836879 KDa
配列文字列: MLTRFRSAVL RGAVSITGAR AASTAPVADH KGRVGHVSQV IGAVVDVHFA DGVPPVLTAL DVVDKLGRDE PLTLEIVQHL DAHTGRCIA MQTTDLLKLK AKVVSTGGNI SVPVGRETLG RIFNVLGDAI DQRGPVGEKL RMPIHAVAPK LADQAAEDAV L TTGIKVID ...文字列:
MLTRFRSAVL RGAVSITGAR AASTAPVADH KGRVGHVSQV IGAVVDVHFA DGVPPVLTAL DVVDKLGRDE PLTLEIVQHL DAHTGRCIA MQTTDLLKLK AKVVSTGGNI SVPVGRETLG RIFNVLGDAI DQRGPVGEKL RMPIHAVAPK LADQAAEDAV L TTGIKVID LILPYCKGGK IGLFGGAGVG KTVIIMELIN NVAKGHGGFS VFAGVGERTR EGTDLYLEMM QSKVIDLKGE SK CVLVYGQ MNEPPGARAR VAQSALTMAE YFRDVEGQDV LLFIDNIFRF TQANSEVSAL LGRIPAAVGY QPTLAEDLGQ LQE RITSTT KGSITSVQAV YVPADDITDP APATTFSHLD ATTVLDRAVA ESGIYPAVNP LECASRIMDP DVISVDHYNV AQDV VQMLT KYRELQDIIA VLGIDELSEE DKLIVDRARK LVKFLSQPFQ VAEVFTGMTG HYVQLDDTID SFSGLLMGTY DQVPE MAFY MVGGINSVLE KAKKMAEEAA ELEKMRRARV AQASS

+
分子 #3: ATP synthase gamma subunit

分子名称: ATP synthase gamma subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 34.472254 KDa
配列文字列: MSGKLRLYKE KLEGYNRFYS IVKTIKMVTL AKYRAAQGRI RTRDFSLRYT ELAFSKPQAS RDAVVAAKNA LVYIPITTNR GSCGALNSN IVRCIDSVVS SKMVLMPVGK RGIDSFSKLY PDEFRYGIIN DMKESMHFGY ATFVIENAYE VSKDADRYQV I FNRFVSAG ...文字列:
MSGKLRLYKE KLEGYNRFYS IVKTIKMVTL AKYRAAQGRI RTRDFSLRYT ELAFSKPQAS RDAVVAAKNA LVYIPITTNR GSCGALNSN IVRCIDSVVS SKMVLMPVGK RGIDSFSKLY PDEFRYGIIN DMKESMHFGY ATFVIENAYE VSKDADRYQV I FNRFVSAG VQRNAVYNIP SYEKWKEDLA DAASSDNQKN RYLFANALQN EEEQLIRDFF DFHAALAVLN AVGENELSEQ AA RLVAVEG QLTNISSLQQ RTSSLYNKTR QFGITAALIE ILSAMSSLEG NAMKGVRRNK FWEGAVTK

+
分子 #4: ATP synthase, epsilon chain, putative

分子名称: ATP synthase, epsilon chain, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 20.172938 KDa
配列文字列:
MFRTFGRRLV SCTLPLLQSA PHDLPEGFEF MEHKVVNKDI HAPHENLETL RLTLTRQDEF LLREEPVKCV TVTGTNGEYG IYPGHAYKI VQLNPSPLTV EYTDGTTKKY FVSGGFAHIN NEGSCDVNTV ECTLLDDLDL AIAEKELAAQ QAALGSAKDD K AKSVVEIR ISVIEAVIAA LKHH

+
分子 #5: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 8.70689 KDa
配列文字列:
MIRRSCALLS SSWRDHGISY LKYLNVCTET LHSTVKESRR AKYERWSKPC YTAQRPDGAG GQETIDKVPI HTKDY

+
分子 #6: ATP synthase subunit p18, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit p18, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 21.268279 KDa
配列文字列:
MMRRVYSPVF CSVAAARFAA TSAAKKYDLF GYEVDTNTAP WIEKIKKCKY YDEAGEVLVN MNVSNCPPDI ATYNATLQCI YQSPSKQST PVDNESKFCA MMDLLEEMQH RNRLKPNEES WTWVMKECVK SGQFRLGYCI QQVMETECKG CPADLVKANE A NAQKAKTE GKEHPGHLSQ QAGLFDVKVE

+
分子 #7: subunit-e

分子名称: subunit-e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 10.448932 KDa
配列文字列:
MSAKAAPKTL HQVRNVAYFF AAWLGVQKGY IEKSANDRLW VEHQRKVRQQ NVERQQALDS IKLMQQGVRA TTPGQLEGVP AELQQLAEA FTK

+
分子 #8: subunit-g

分子名称: subunit-g / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972
分子量理論値: 16.092668 KDa
配列文字列:
MSSTKCAVAC KIMTPLCNAA SKVQARSAKK LAALTDAGIQ KTISEHNANG TDAAVSSTKR YLAEQRQLFH YRVVRFFDEC HYIISGEYF AQYTKVNLIW DLRFLTKLVV LFLIGTVLGR QSIFPPIDPD SPLVEALVTK VNPNY

+
分子 #9: OSCP

分子名称: OSCP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 28.869924 KDa
配列文字列: MFRRLSSSAR AVVAARFYTP PEGLKKLYAS DFENSKYPLN IVPSDSVLFA KFLYKAAEEK GNFDNILSDF QKIAAAASKL PIFWERTAV VEKIPEFKQL SEPTFFTLVW MQNNGMLELI QEVAEVYETF VNAKQKKAVA KIFVAPGGEK NVEEARRVAE E LHKGLKEL ...文字列:
MFRRLSSSAR AVVAARFYTP PEGLKKLYAS DFENSKYPLN IVPSDSVLFA KFLYKAAEEK GNFDNILSDF QKIAAAASKL PIFWERTAV VEKIPEFKQL SEPTFFTLVW MQNNGMLELI QEVAEVYETF VNAKQKKAVA KIFVAPGGEK NVEEARRVAE E LHKGLKEL ADYTLVLKTV VDRTIVKGFA VELAGQYVNK AEGQQKQAGR ADEVDYTNLP APKPQKTVWD DNIETEVLRK YL DGLSQYD MEEAKYGV

+
分子 #10: ATPase subunit 9, putative

分子名称: ATPase subunit 9, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 12.39887 KDa
配列文字列:
MMRRLALQSS IRRATPFATP LVASTKALNP MCSAITIREA STVAISVQGL HYVGTGLAAI ALAGVGLGIG TIFGNLLVAC ARQPNLTKM LFNYAILGFA LTEAIGLFAL MLAFLMLFS

+
分子 #11: ATP synthase subunit a

分子名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 28.708406 KDa
配列文字列: MFLFFFCDLF WLRLLLCMYY CVWSRLCFIV YFNCLMLIFD FLLFCLFDLY LFVGLCLFLL LWFMLFNLYS LILYYCITYL NLYLLFCIV FLLYIAFLFL FCFLCDFFLF NNLLVGDSFM DVFFIRFLLC FLECFSLLCR CLSTFLRLFC NLLSSHFLLL M FFDFFYFI ...文字列:
MFLFFFCDLF WLRLLLCMYY CVWSRLCFIV YFNCLMLIFD FLLFCLFDLY LFVGLCLFLL LWFMLFNLYS LILYYCITYL NLYLLFCIV FLLYIAFLFL FCFLCDFFLF NNLLVGDSFM DVFFIRFLLC FLECFSLLCR CLSTFLRLFC NLLSSHFLLL M FFDFFYFI FVFFFYGVFC YWFILFIFVF CFCLLFYVFL YLLDLFAAIL QLFIFCNMIL QLIMDFLLFL LFV

+
分子 #12: subunit-8

分子名称: subunit-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 13.750958 KDa
配列文字列:
MLRRLGANVS NMARPMNKYA VTVSPRRHLE PMSTWYLASW AMVWYYAFFF WMPMVWTDIM VPSFVYNKLP VIHFLQEKRA EQKLRRVLD ETYTEWTEEL DQAHVTDAIT RSLNI

+
分子 #13: subunit-d

分子名称: subunit-d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 43.379324 KDa
配列文字列: MRRVSSPNIT IQSVRWISGV SPLLYFPPTT TSTTNREDQI NKNTNIAIQM IKRYKGEVPP HYTRKSSATI EQVEKEIDAL LGGAEKLRK TSTDDQPMDK LTLMERCLRH ALWSYHKEEG RYDFDQIGRW VVYTPEDEVK LAQLKREVEA KEKLAALRKR R EEEGLPGG ...文字列:
MRRVSSPNIT IQSVRWISGV SPLLYFPPTT TSTTNREDQI NKNTNIAIQM IKRYKGEVPP HYTRKSSATI EQVEKEIDAL LGGAEKLRK TSTDDQPMDK LTLMERCLRH ALWSYHKEEG RYDFDQIGRW VVYTPEDEVK LAQLKREVEA KEKLAALRKR R EEEGLPGG PVPRINWPQE YSSFIDREPV VAKRIRYDTL ASTTLERDEK QIESTLQQYR RASQDKRLDD LVDLLERFKP VL AREAIMQ RLTIKHLEGQ LGVWRYMDWC PEVRDRAELE VDITGWQWWS PLEERRLLPV RLRSVNEVRE IMSKTQAKKS AEA AERNPI VTQTSTGDNA RDRLLKEVLA LQARINQRDE VEPSQTEQKK KAHH

+
分子 #14: ATPTB1

分子名称: ATPTB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 46.883637 KDa
配列文字列: (AME)QGSWSVLKK NCSNFFPGLL AFAQQTQEAY GIWLRIYNRQ QKYGPTDFVE QSETFSPDYH KRFHSQDKNM WVDKEL CTE VSQKEVARLM TYKLDMWRMA HCAGALLATG GYAIPFGLFW LANDTWVPSS FNLTGEELRA WREAQDLYRY RSAPSYL TD ...文字列:
(AME)QGSWSVLKK NCSNFFPGLL AFAQQTQEAY GIWLRIYNRQ QKYGPTDFVE QSETFSPDYH KRFHSQDKNM WVDKEL CTE VSQKEVARLM TYKLDMWRMA HCAGALLATG GYAIPFGLFW LANDTWVPSS FNLTGEELRA WREAQDLYRY RSAPSYL TD TKWHFDFHAY PWNETQERAW DDLFEKNDVR RDPKVVRPAA EMYDGFIKFE LIRRKSLRHL CRSMNIPTFP MLARLCNG T RVRDYWNLAW CEDYMVITQR LHESMTDEEL YDYAWRRYLA PYDKNLNREQ LMERVEDYFE FLGPDFVAHG KAPNLVILT NYVLGYYNDP AYLEGDISEL DKNDYDHLAS WGKDAFLRRL EFENGPLRDQ VEAHTQRLLA ERAAIAKGDN AAAVEGRHTA

+
分子 #15: subunit-f

分子名称: subunit-f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 17.182668 KDa
配列文字列:
MVLFSTYRSS RLVSKEFLHG PVMRFRALGE YYFQRAWNGT LNWALPGEYR LYAVMIPFIY FYHRWHNDHT LDRDHVEKAM IMRWGGTLE DVRKLSAKDQ LRVRCFTDIE KLYSAYGPKD TYLQPPGDTL PGKDFYRKAG GAQAHH

+
分子 #16: ATPTB3

分子名称: ATPTB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 27.646643 KDa
配列文字列: MSKQLTFISA GATAAVLQSA SAIVSKVAGG RVQTKTAKEA GRHAVVVGPE TPIGVHTAVT EVPKSAQDPL FSGVSTVVVR AVLPRAAPD SVQLRDALDV YASAGIDTKE EVRSATEAFK KSAEVAVGKA KAKGVKRIVL VVKQASKHNC INELFKKIST E TIESAGLT ...文字列:
MSKQLTFISA GATAAVLQSA SAIVSKVAGG RVQTKTAKEA GRHAVVVGPE TPIGVHTAVT EVPKSAQDPL FSGVSTVVVR AVLPRAAPD SVQLRDALDV YASAGIDTKE EVRSATEAFK KSAEVAVGKA KAKGVKRIVL VVKQASKHNC INELFKKIST E TIESAGLT TEVVGTAAVA NQLIVNPESL GVVLLNDVAA TEQIELAFAG VVGGVSRVYH TVEGGKISAG HSFKSVALAV AQ ELRELGL SSEADKVEAA ASKNPRAVVS AL

+
分子 #17: ATPTB4

分子名称: ATPTB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 17.218723 KDa
配列文字列:
MRRTFISFSA ASAAAAAPVT STKMQTLHKL LTGEVSFKNK APVKDCNIVH QFGENWATEL SAYAKTLPAE QQKIIVRQIA RVKLTRYTV AELAAYCGDG PALLDETARA ANIEQGVAFV KAKGVEAFEK YVAEESTNAN WKPEEAKKFI EDVKAKAK

+
分子 #18: subunit-i/j

分子名称: subunit-i/j / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 12.661607 KDa
配列文字列:
MVYTRWKCDR LPVFQLKLFT QEYPMHAAVG IFTIIFLWKH MSHCSEETER KYGWWAGYPY WRDPIARRNE TKYKQMIINN DVDITHPKW TGCSVEQLEE LSRVV

+
分子 #19: ATPTB6

分子名称: ATPTB6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972
分子量理論値: 20.307389 KDa
配列文字列:
MTKYELKMQY FDEWMIRWRK FQTESDWEIE KGRQWWRRFN MAVSGALFCG LVLYTSGTAT LKRQYGLPHF FDIGVDGQAK ETMLKTLTS RWRYTPQGYG RVLITGVPTY ILFVTLEHYR ERRRMQQYLQ QNTVFGEQMR RLLSTGKIEE YLPVNIKATL P ASQQAIYN Y

+
分子 #20: subunit-k

分子名称: subunit-k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 14.531121 KDa
配列文字列:
MLRRSSAALI RRTPVRHSGG ELFVRPKLEE IPPADQCRGF FGPLNDSLKF LRLLDIKWMM NRAVAMRREY LIATPTLFTF IWMFTWKGA VIYFWGDRAP PRRMDWNTEE TGRLPLGFKP TPAPL

+
分子 #21: ATPTB11

分子名称: ATPTB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 17.929576 KDa
配列文字列:
MLRKTPLFAM ATTRKALVGN GPTFSTGGEC MNTCDIQNAF PMNDRGVRSS SPFQEPNTAI YDSYLAWTYF QPMDVHIEKL PAPEAKYYQ RHTKKPWDVS STELTEIQSR KKYFQTLGYL VAFIYLYFLM PKEKSFSGLS GPDGHWIMLP KGRPELF

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分子 #22: ATPTB12

分子名称: ATPTB12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 11.676294 KDa
配列文字列:
MSSGFHFHDV SNDAIKGMPP SEALHKHLEN AQLAHRICLA KALKAGEPPV EKCALTWGEV LIRYQAWSEY RPPFQDSVAQ AKYKKYWSK KRQEEDDKNP FK

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分子 #23: subunit-b

分子名称: subunit-b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972
分子量理論値: 12.325279 KDa
配列文字列:
MLRRLVPRVM MAPMGGATAL CTSRGYNMLV FRDPKRRPQL SEEERAKVVV NQAEWPEEFK DFDPDDPYKN SPEIIKGMSS WNLFLWGVE CAFIYQFYEL VFPKSI

+
分子 #24: ATPEG3

分子名称: ATPEG3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
分子量理論値: 12.293796 KDa
配列文字列:
MTENIEAVMS DFWSNPADHF RPNLKALTLY AERQHYVDRW LHVKERWLAP WYLPWWSPLF QLGTWYSQRS RNLFLVENHL SYRPYKFRR NDEDRNNPY

+
分子 #25: ATPEG4

分子名称: ATPEG4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 7.649776 KDa
配列文字列:
MLLGGFVPRR FSQFNRDPCW MFFIFSVGFW LGEYPAMMIK YNARDLVYDP HRYVWSHHDD HH

+
分子 #26: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #27: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #28: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #29: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: UTP
分子量理論値: 484.141 Da
Chemical component information

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM

+
分子 #30: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 14 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #31: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 3 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #32: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #33: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #34: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl...

分子名称: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: Q7G
分子量理論値: 1.165315 KDa
Chemical component information

ChemComp-Q7G:
2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32482
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8ape:
rotational state 1e of the Trypanosoma brucei mitochondrial ATP synthase dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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