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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15541 | |||||||||
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タイトル | Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (two up, full) | |||||||||
マップデータ | beta | |||||||||
試料 |
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生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ni D / Lau K / Turelli P / Beckert B / Nazarov S / Myasnikov A / Trono D / Stahlberg H / Pojer F / Uchikawa E | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range 著者: Ni D / Turelli P / Beckert B / Nazarov S / Uchikawa E / Myasnikov A / Pojer F / Trono D / Stahlberg H / Lau K #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range 著者: Ni D / Turelli P / Beckert B / Nazarov S / Uchikawa E / Myasnikov A / Pojer F / Trono D / Stahlberg H / Lau K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15541.map.gz | 79.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15541-v30.xml emd-15541.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15541_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15541.png | 64.6 KB | ||
その他 | emd_15541_half_map_1.map.gz emd_15541_half_map_2.map.gz | 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15541 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15541 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15541_validation.pdf.gz | 953.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15541_full_validation.pdf.gz | 953.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15541_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15541_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15541 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15541 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | beta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3244 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: beta
ファイル | emd_15541_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | beta | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: beta
ファイル | emd_15541_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | beta | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2
全体 | 名称: Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2
超分子 | 名称: Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 430 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |