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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of the type I-G CRISPR effector | |||||||||
![]() | Main map | |||||||||
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![]() | CRISPR effector / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | CRISPR-associated protein GSU0053 / CRISPR-associated protein GSU0053 (Cas_GSU0053) / Type I-U CRISPR-associated protein Cas7![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Shangguan Q / Graham S / Sundaramoorthy R / White MF | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of the type I-G CRISPR effector. 著者: Qilin Shangguan / Shirley Graham / Ramasubramanian Sundaramoorthy / Malcolm F White / ![]() 要旨: Type I CRISPR systems are the most common CRISPR type found in bacteria. They use a multisubunit effector, guided by crRNA, to detect and bind dsDNA targets, forming an R-loop and recruiting the Cas3 ...Type I CRISPR systems are the most common CRISPR type found in bacteria. They use a multisubunit effector, guided by crRNA, to detect and bind dsDNA targets, forming an R-loop and recruiting the Cas3 enzyme to facilitate target DNA destruction, thus providing immunity against mobile genetic elements. Subtypes have been classified into families A-G, with type I-G being the least well understood. Here, we report the composition, structure and function of the type I-G Cascade CRISPR effector from Thioalkalivibrio sulfidiphilus, revealing key new molecular details. The unique Csb2 subunit processes pre-crRNA, remaining bound to the 3' end of the mature crRNA, and seven Cas7 subunits form the backbone of the effector. Cas3 associates stably with the effector complex via the Cas8g subunit and is important for target DNA recognition. Structural analysis by cryo-Electron Microscopy reveals a strikingly curved backbone conformation with Cas8g spanning the belly of the structure. These biochemical and structural insights shed new light on the diversity of type I systems and open the way to applications in genome engineering. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 31.5 KB 31.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 30.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 128.2 MB 118.4 MB 120.4 MB 128.4 MB 120.4 MB 128.6 MB 129.8 MB 129.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 728 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 727.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8aneMC ![]() 8b2xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.008 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: First body of Multibody refinement
ファイル | emd_15540_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First body of Multibody refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Second body of Multibody refinement
ファイル | emd_15540_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Second body of Multibody refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map of body2 of Multibody
ファイル | emd_15540_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of body2 of Multibody | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_15540_additional_4.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_15540_additional_5.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map of body1 of Multibody
ファイル | emd_15540_additional_6.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of body1 of Multibody | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map for the main map
ファイル | emd_15540_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map for the main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map for the main map
ファイル | emd_15540_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map for the main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Type IG cascade core cas7 with CrRNA
全体 | 名称: Type IG cascade core cas7 with CrRNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Type IG cascade core cas7 with CrRNA
超分子 | 名称: Type IG cascade core cas7 with CrRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 35 KDa |
-分子 #1: Cas7
分子 | 名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: HL-EbGR7 |
分子量 | 理論値: 34.833082 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKLEPLLSDV PRLLMEADLV PVQGTRFQPT GFPDLGAAHY EGPDGRPMLL VESAQSMANR LETVCWDKDA DDWVVPLRGL PVVKVLDKA GKPLTNSVLE AHRLNSPYIL EGKDKTLFDL LKQELAHMEE GPVDIRKLAE TLLKVDANAV LHGVFLAKKE L AGGRLRLP ...文字列: MKLEPLLSDV PRLLMEADLV PVQGTRFQPT GFPDLGAAHY EGPDGRPMLL VESAQSMANR LETVCWDKDA DDWVVPLRGL PVVKVLDKA GKPLTNSVLE AHRLNSPYIL EGKDKTLFDL LKQELAHMEE GPVDIRKLAE TLLKVDANAV LHGVFLAKKE L AGGRLRLP RALSAFIEAE DVRVASSGGV KNDHVNPSGD TSRGFGNVPF ARDEYVSPRI KAYFNLDLAQ IRAFGLGEQV DR LLIALAL YKVRRFLVHG LRLRTACDLD CQALRVTRPE GWEVPELSEL EAALPGLIEA VAGEGRFAQP AVTIVTYEK UniProtKB: Type I-U CRISPR-associated protein Cas7 |
-分子 #2: RNA (66-MER)
分子 | 名称: RNA (66-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 21.082465 KDa |
配列 | 文字列: AUUGAAGCAA GCUGUCCCUG AUGGUCGUCA UCUACCUGCC UGGAGUCAUC CGCGGCAUUU AGCCGC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 250 mM NaCl, pH 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0001 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 3.5 blot force 4. |
詳細 | Size exclusion purified monodisperse sample in solution |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 183.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15710 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.6 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 188 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-8ane: |