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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15400 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of crescentin filaments in complex with a megabody (wildtype, C2, large box) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cytoskeleton / cell shape / intermediate filaments / coiled coil / assembly / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Caulobacter vibrioides (バクテリア) / Camelidae (哺乳類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu Y / Lowe J | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Filament structure and subcellular organization of the bacterial intermediate filament-like protein crescentin. 著者: Yue Liu / Fusinita van den Ent / Jan Löwe / 要旨: The protein crescentin is required for the crescent shape of the freshwater bacterium (). Crescentin forms a filamentous structure on the inner, concave side of the curved cells. It shares features ...The protein crescentin is required for the crescent shape of the freshwater bacterium (). Crescentin forms a filamentous structure on the inner, concave side of the curved cells. It shares features with eukaryotic intermediate filament (IF) proteins, including the formation of static filaments based on long and parallel coiled coils, the protein's length, structural roles in cell and organelle shape determination and the presence of a coiled coil discontinuity called the "stutter." Here, we have used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine the structure of the full-length protein and its filament, exploiting a crescentin-specific nanobody. The filament is formed by two strands, related by twofold symmetry, that each consist of two dimers, resulting in an octameric assembly. Crescentin subunits form longitudinal contacts head-to-head and tail-to-tail, making the entire filament non-polar. Using in vivo site-directed cysteine cross-linking, we demonstrated that contacts observed in the in vitro filament structure exist in cells. Electron cryotomography (cryo-ET) of cells expressing crescentin showed filaments on the concave side of the curved cells, close to the inner membrane, where they form a band. When comparing with current models of IF proteins and their filaments, which are also built from parallel coiled coil dimers and lack overall polarity, it emerges that IF proteins form head-to-tail longitudinal contacts in contrast to crescentin and hence several inter-dimer contacts in IFs have no equivalents in crescentin filaments. Our work supports the idea that intermediate filament-like proteins achieve their shared polymerization and mechanical properties through a variety of filament architectures. #1: ジャーナル: to be published タイトル: Assembly and organization of the bacterial intermediate filament-like protein crescentin 著者: Liu Y / Lowe J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15400.map.gz | 423.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15400-v30.xml emd-15400.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15400_fsc.xml | 17.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15400.png | 41.7 KB | ||
マスクデータ | emd_15400_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15400.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_15400_half_map_1.map.gz emd_15400_half_map_2.map.gz | 443.1 MB 443.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15400 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15400 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15400_validation.pdf.gz | 736.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15400_full_validation.pdf.gz | 735.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15400_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15400_validation.cif.gz | 32.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15400 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15400 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15400.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.944 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15400_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15400_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15400_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Crescentin filament in complex with megabody MB13
全体 | 名称: Crescentin filament in complex with megabody MB13 |
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要素 |
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-超分子 #1: Crescentin filament in complex with megabody MB13
超分子 | 名称: Crescentin filament in complex with megabody MB13 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin
超分子 | 名称: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) |
-超分子 #3: Crescentin-specific megabody MB13
超分子 | 名称: Crescentin-specific megabody MB13 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Camelidae (哺乳類) |
-分子 #1: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin
分子 | 名称: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRLLSKNSRE TKNGKPTVLG DEARAEAMQH QIESTQAIGQ RYETIHGGLD SIGRVMEHLK AIEPLIAEIR GPVSQEFEAR RAEHAELIAV RANLDQAQRQ IALIQAEERE VSARLAAAET ALGESDARRQ TQDAALEDNA LEIDRLRNAL LQSDLKVSSL DASLRDATAR ...文字列: MRLLSKNSRE TKNGKPTVLG DEARAEAMQH QIESTQAIGQ RYETIHGGLD SIGRVMEHLK AIEPLIAEIR GPVSQEFEAR RAEHAELIAV RANLDQAQRQ IALIQAEERE VSARLAAAET ALGESDARRQ TQDAALEDNA LEIDRLRNAL LQSDLKVSSL DASLRDATAR IEHLVQDVEG LRVQAQDIDA RRGDAEAALA RANQDNALLG EEAATLKKRV DQAGLDLARL SRIETDLEAQ LAAERARVQA VENALAAHQA DSGRTIRGLE SQVEANRAEI SALQTRLETA TGRADKLEEM NGQISARLAD SSAQQKAVER RAGDLNVALE RALDRIRALE EEADGLRQRH AGVDTARATA IERADQLAKS AVAQEKALKR AEERAQQLRA RLDAMQEAQD QVRRDHEAKI AELQATIERL TSEAALAEGA LEAARRDRSR LQMALLGASD GDVAASA GENBANK: GENBANK: ACL97278.1 |
-分子 #2: Crescentin-specific megabody MB13
分子 | 名称: Crescentin-specific megabody MB13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Camelidae (哺乳類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EVQLQESGGG LVYKEETQSG LNNYARVVEK GQYDSLEIPA QVAASWESGR DDAAVFGFID KEQLDKYVAN GGKRSDWTVK FAENRSQDGT LLGYSLLQES VDQASYMYSD NHYLAEMATI LGKPEEAKRY RQLAQQLADY INTCMFDPTT QFYYDVRIED KPLANGCAGK ...文字列: EVQLQESGGG LVYKEETQSG LNNYARVVEK GQYDSLEIPA QVAASWESGR DDAAVFGFID KEQLDKYVAN GGKRSDWTVK FAENRSQDGT LLGYSLLQES VDQASYMYSD NHYLAEMATI LGKPEEAKRY RQLAQQLADY INTCMFDPTT QFYYDVRIED KPLANGCAGK PIVERGKGPE GWSPLFNGAA TQANADAVVK VMLDPKEFNT FVPLGTAALT NPAFGADIYW RGRVWVDQFW FGLKGMERYG YRDDALKLAD TFFRHAKGLT ADGPIQENYN PLTGAQQGAP NFSWSAAHLY MLYNDFFRKQ ASGGGSGGGG SGGGGSGNAD NYKNVINRTG APQYMKDYDY DDHQRFNPFF DLGAWHGHLL PDGPNTMGGF PGVALLTEEY INFMASNFDR LTVWQDGKKV DFTLEAYSIP GALVQKLTAK DVQVEMTLRF ATPRTSLLET KITSNKPLDL VWDGELLEKL EAKEGKPLSD KTIAGEYPDY QRKISATRDG LKVTFGKVRA TWDLLTSGES EYQVHKSLPV QTEINGNRFT SKAHINGSTT LYTTYSHLLT AQEVSKEQMQ IRDILARPAF YLTASQQRWE EYLKKGLTNP DATPEQTRVA VKAIETLNGN WRSPGGAVKF NTVTPSVTGR WFSGNQTWPW DTWKQAFAMA HFNPDIAKEN IRAVFSWQIQ PGDSVRPQDV GFVPDLIAWN LSPERGGDGG NWNERNTKPS LAAWSVMEVY NVTQDKTWVA EMYPKLVAYH DWWLRNRDHN GNGVPEYGAT RDKAHNTESG EMLFTVKKDS LRLSCASSRS IDGINIMRWY RQAPGKQRGM VAVVTGWGST NYVDSVKGRF IISRDSAKDT VYLQMNNLKP EDTAVYSCNA IYRGSEYWGQ GTQVTVSSGE NLYFQGSHHH HHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: PIPES 25mM pH 6.5, 0.05% CHAPS |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |