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- EMDB-15399: Cryo-EM map of crescentin filament in complex with a megabody (st... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15399
タイトルCryo-EM map of crescentin filament in complex with a megabody (stutter mutant, C2 symmetry, large box)
マップデータ
試料
  • 複合体: Crescentin filament in complex with megabody MB13
    • 複合体: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin (stutter mutant)
    • 複合体: Crescentin-specific megabody MB13
    • タンパク質・ペプチド: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin (stutter mutant)
    • タンパク質・ペプチド: Crescentin-specific megabody MB13
キーワードcytoskeleton / cell shape / intermediate filaments / coiled coil / assembly / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア) / Camelidae (哺乳類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Liu Y / Lowe J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Filament structure and subcellular organization of the bacterial intermediate filament-like protein crescentin.
著者: Yue Liu / Fusinita van den Ent / Jan Löwe /
要旨: The protein crescentin is required for the crescent shape of the freshwater bacterium (). Crescentin forms a filamentous structure on the inner, concave side of the curved cells. It shares features ...The protein crescentin is required for the crescent shape of the freshwater bacterium (). Crescentin forms a filamentous structure on the inner, concave side of the curved cells. It shares features with eukaryotic intermediate filament (IF) proteins, including the formation of static filaments based on long and parallel coiled coils, the protein's length, structural roles in cell and organelle shape determination and the presence of a coiled coil discontinuity called the "stutter." Here, we have used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine the structure of the full-length protein and its filament, exploiting a crescentin-specific nanobody. The filament is formed by two strands, related by twofold symmetry, that each consist of two dimers, resulting in an octameric assembly. Crescentin subunits form longitudinal contacts head-to-head and tail-to-tail, making the entire filament non-polar. Using in vivo site-directed cysteine cross-linking, we demonstrated that contacts observed in the in vitro filament structure exist in cells. Electron cryotomography (cryo-ET) of cells expressing crescentin showed filaments on the concave side of the curved cells, close to the inner membrane, where they form a band. When comparing with current models of IF proteins and their filaments, which are also built from parallel coiled coil dimers and lack overall polarity, it emerges that IF proteins form head-to-tail longitudinal contacts in contrast to crescentin and hence several inter-dimer contacts in IFs have no equivalents in crescentin filaments. Our work supports the idea that intermediate filament-like proteins achieve their shared polymerization and mechanical properties through a variety of filament architectures.
#1: ジャーナル: to be published
タイトル: Assembly and organization of the bacterial intermediate filament-like protein crescentin
著者: Liu Y / Lowe J
履歴
登録2022年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15399.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.59 Å/pix.
x 600 pix.
= 954. Å		1.59 Å/pix.
x 600 pix.
= 954. Å		1.59 Å/pix.
x 600 pix.
= 954. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.59 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.002505131 - 3.2213197
平均 (標準偏差)0.00013104687 (±0.0076462543)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 954.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15399_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15399_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15399_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Crescentin filament in complex with megabody MB13

全体名称: Crescentin filament in complex with megabody MB13
要素
  • 複合体: Crescentin filament in complex with megabody MB13
    • 複合体: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin (stutter mutant)
    • 複合体: Crescentin-specific megabody MB13
    • タンパク質・ペプチド: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin (stutter mutant)
    • タンパク質・ペプチド: Crescentin-specific megabody MB13

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超分子 #1: Crescentin filament in complex with megabody MB13

超分子名称: Crescentin filament in complex with megabody MB13 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin (stutter mutant)

超分子名称: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin (stutter mutant)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア)

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超分子 #3: Crescentin-specific megabody MB13

超分子名称: Crescentin-specific megabody MB13 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Camelidae (哺乳類)

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分子 #1: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin (stutter mutant)

分子名称: Caulobacter crescentus strain NA1000 crescentin (stutter mutant)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRLLSKNSRE TKNGKPTVLG DEARAEAMQH QIESTQAIGQ RYETIHGGLD SIGRVMEHLK AIEPLIAEIR GPVSQEFEAR RAEHAELIAV RANLDQAQRQ IALIQAEERE VSARLAAAET ALGESDARRQ TQDAALEDNA LEIDRLRNAL LQSDLKVSSL DASLRDATAR ...文字列:
MRLLSKNSRE TKNGKPTVLG DEARAEAMQH QIESTQAIGQ RYETIHGGLD SIGRVMEHLK AIEPLIAEIR GPVSQEFEAR RAEHAELIAV RANLDQAQRQ IALIQAEERE VSARLAAAET ALGESDARRQ TQDAALEDNA LEIDRLRNAL LQSDLKVSSL DASLRDATAR IEHLVQDVEG LRVQAQDIDA RRGDAEAALA RANQDNALLG EEAATLKKRV DQAGLDLARL SRIETDLEAQ LAAERARVQA VENALAAHQA DSGRTIRGLE SQVEANRAEI SALQTRLETA TGRADKLEEM NGQISARLAD SSAQQKAVER RAGDLNVALE RALDRIRALE EEADGLRQRH AGVDTARATA IERADQLAKS AVAQEKALKR AEERAQQLRA RLDAMQEAQD QVRRDSATHE AKIAELQATI ERLTSEAALA EGALEAARRD RSRLQMALLG ASDGDVAASA

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分子 #2: Crescentin-specific megabody MB13

分子名称: Crescentin-specific megabody MB13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelidae (哺乳類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EVQLQESGGG LVYKEETQSG LNNYARVVEK GQYDSLEIPA QVAASWESGR DDAAVFGFID KEQLDKYVAN GGKRSDWTVK FAENRSQDGT LLGYSLLQES VDQASYMYSD NHYLAEMATI LGKPEEAKRY RQLAQQLADY INTCMFDPTT QFYYDVRIED KPLANGCAGK ...文字列:
EVQLQESGGG LVYKEETQSG LNNYARVVEK GQYDSLEIPA QVAASWESGR DDAAVFGFID KEQLDKYVAN GGKRSDWTVK FAENRSQDGT LLGYSLLQES VDQASYMYSD NHYLAEMATI LGKPEEAKRY RQLAQQLADY INTCMFDPTT QFYYDVRIED KPLANGCAGK PIVERGKGPE GWSPLFNGAA TQANADAVVK VMLDPKEFNT FVPLGTAALT NPAFGADIYW RGRVWVDQFW FGLKGMERYG YRDDALKLAD TFFRHAKGLT ADGPIQENYN PLTGAQQGAP NFSWSAAHLY MLYNDFFRKQ ASGGGSGGGG SGGGGSGNAD NYKNVINRTG APQYMKDYDY DDHQRFNPFF DLGAWHGHLL PDGPNTMGGF PGVALLTEEY INFMASNFDR LTVWQDGKKV DFTLEAYSIP GALVQKLTAK DVQVEMTLRF ATPRTSLLET KITSNKPLDL VWDGELLEKL EAKEGKPLSD KTIAGEYPDY QRKISATRDG LKVTFGKVRA TWDLLTSGES EYQVHKSLPV QTEINGNRFT SKAHINGSTT LYTTYSHLLT AQEVSKEQMQ IRDILARPAF YLTASQQRWE EYLKKGLTNP DATPEQTRVA VKAIETLNGN WRSPGGAVKF NTVTPSVTGR WFSGNQTWPW DTWKQAFAMA HFNPDIAKEN IRAVFSWQIQ PGDSVRPQDV GFVPDLIAWN LSPERGGDGG NWNERNTKPS LAAWSVMEVY NVTQDKTWVA EMYPKLVAYH DWWLRNRDHN GNGVPEYGAT RDKAHNTESG EMLFTVKKDS LRLSCASSRS IDGINIMRWY RQAPGKQRGM VAVVTGWGST NYVDSVKGRF IISRDSAKDT VYLQMNNLKP EDTAVYSCNA IYRGSEYWGQ GTQVTVSSGE NLYFQGSHHH HHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: PIPES 25mM pH 6.5, 0.05% CHAPS
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 585252
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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